More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5971 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 297 aa  616  1e-175  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  58.53 
 
 		 315 aa  372  1e-102  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  58.72 
 
 		 294 aa  369  1e-101  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  57.72 
 
 		 294 aa  361  6e-99  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  54.36 
 
 		 299 aa  340  2e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  31.78 
 
 		 289 aa  152  8.999999999999999e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  28.96 
 
 		 294 aa  139  4.999999999999999e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  32.27 
 
 		 289 aa  132  9e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  29.81 
 
 		 290 aa  130  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  25.42 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  31.06 
 
 		 298 aa  130  3e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  27.52 
 
 		 290 aa  129  7.000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  27.46 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  30.08 
 
 		 294 aa  125  7e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 295 aa  124  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  31.37 
 
 		 285 aa  121  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  29.6 
 
 		 287 aa  120  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  30.56 
 
 		 282 aa  118  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  26.6 
 
 		 307 aa  116  3.9999999999999997e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 293 aa  115  8.999999999999998e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 290 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  29.18 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  27.69 
 
 		 292 aa  114  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 297 aa  112  6e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 292 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 292 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  23.16 
 
 		 292 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 281 aa  110  4.0000000000000004e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3242  helix-turn-helix domain-containing protein  28.08 
 
 		 276 aa  109  5e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2106  hypothetical protein  26.91 
 
 		 291 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.89932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  30.86 
 
 		 286 aa  108  8.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  26.3 
 
 		 311 aa  108  8.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  27.42 
 
 		 278 aa  108  9.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  27.63 
 
 		 289 aa  108  1e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 292 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  29.06 
 
 		 293 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  29.34 
 
 		 295 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  29.89 
 
 		 271 aa  107  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 283 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2210  transcriptional regulator, AraC family  30.53 
 
 		 286 aa  107  3e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.423817  normal  0.20032 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  27.38 
 
 		 304 aa  106  5e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  25.17 
 
 		 296 aa  105  7e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  27.03 
 
 		 290 aa  103  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3260  AraC family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3605  hypothetical protein  28.52 
 
 		 291 aa  103  5e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 290 aa  102  6e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  26.04 
 
 		 285 aa  102  7e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 300 aa  101  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2198  AraC family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 292 aa  101  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.983823  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07776  putative AraC family transcriptional regulatory protein  30.55 
 
 		 279 aa  101  2e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.15612  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  24.11 
 
 		 282 aa  100  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 297 aa  100  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  25.95 
 
 		 283 aa  99.8  6e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3857  AraC family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 293 aa  99.4  6e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.906339 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  25.94 
 
 		 288 aa  99.4  7e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 305 aa  99.4  7e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  23.94 
 
 		 315 aa  99.4  7e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  25.43 
 
 		 295 aa  98.2  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  26.74 
 
 		 280 aa  98.2  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  25.18 
 
 		 280 aa  97.4  3e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 295 aa  96.7  4e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5271  transcriptional regulator, AraC family  27.54 
 
 		 284 aa  95.9  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0620952  normal  0.0372935 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  26.85 
 
 		 280 aa  95.9  7e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  25.19 
 
 		 288 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 303 aa  95.5  9e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  25.48 
 
 		 303 aa  95.5  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  25.68 
 
 		 321 aa  94.7  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4935  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 319 aa  94  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.645448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3495  AraC family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 316 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.816152 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6762  transcriptional regulator, AraC family  24.29 
 
 		 287 aa  93.6  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  36.84 
 
 		 300 aa  93.6  4e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  25.77 
 
 		 292 aa  93.2  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  26.29 
 
 		 292 aa  93.2  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2362  AraC family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 290 aa  92.8  6e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.442514 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  25.56 
 
 		 295 aa  92.8  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4655  AraC family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 291 aa  92.8  6e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.70214  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2448  AraC family transcription regulator  25.18 
 
 		 299 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0683308  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0972  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  23.23 
 
 		 316 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 		 296 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  27.47 
 
 		 266 aa  91.3  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  27.73 
 
 		 293 aa  90.9  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 310 aa  91.7  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2155  helix-turn-helix domain-containing protein  22.36 
 
 		 263 aa  90.5  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 293 aa  90.1  4e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2435  AraC family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 281 aa  89.7  5e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.996011  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10660  putative transcriptional regulator  24.01 
 
 		 303 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.967663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 290 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  39 
 
 		 290 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  25.35 
 
 		 310 aa  89.4  7e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  24.64 
 
 		 329 aa  89  8e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  25.43 
 
 		 293 aa  89  9e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  25.49 
 
 		 287 aa  88.2  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2635  transcriptional regulator, AraC family  25.94 
 
 		 285 aa  88.2  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.82539 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3499  helix-turn-helix, AraC type  23.62 
 
 		 289 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  25.84 
 
 		 310 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0297  AraC family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 307 aa  88.2  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>