More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3385 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3385  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 265 aa  550  1e-156  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal  0.653501 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4790  Helix-turn-helix, AraC domain protein  63.26 
 
 		 268 aa  349  3e-95  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.654902  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5555  transcriptional regulator, AraC family  59.62 
 
 		 271 aa  329  3e-89  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.417705 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4000  helix-turn-helix domain-containing protein  56.78 
 
 		 270 aa  318  7.999999999999999e-86  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1112  transcriptional regulator, AraC family  47.35 
 
 		 268 aa  242  5e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.683212  normal  0.130895 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5700  transcriptional regulator, AraC family  46.27 
 
 		 269 aa  237  2e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.554273 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0900  transcriptional regulator, AraC family  42.29 
 
 		 269 aa  218  7e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899856  normal  0.0742075 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5462  transcriptional regulator, AraC family  40.71 
 
 		 261 aa  208  8e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.265033 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0156  helix-turn-helix domain-containing protein  42.69 
 
 		 266 aa  206  2e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00245012  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0605  transcriptional regulator, AraC family  46.15 
 
 		 269 aa  202  6e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.667358  normal  0.375957 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4456  transcriptional regulator, AraC family  41.11 
 
 		 261 aa  202  6e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0480733 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3749  helix-turn-helix domain-containing protein  39.3 
 
 		 272 aa  184  1.0000000000000001e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4142  transcriptional regulator, AraC family  38.22 
 
 		 275 aa  183  3e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.776945  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1748  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  39.38 
 
 		 270 aa  183  3e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130809 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6017  transcriptional regulator, AraC family  39.45 
 
 		 270 aa  182  6e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  38.91 
 
 		 272 aa  182  6e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.111213  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4462  transcriptional regulator, AraC family  38.37 
 
 		 271 aa  181  9.000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.981211  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6177  transcriptional regulator, AraC family  39.37 
 
 		 269 aa  181  9.000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0365179 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1515  transcriptional regulator, AraC family  40.85 
 
 		 265 aa  181  1e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3893  helix-turn-helix domain-containing protein  38.91 
 
 		 272 aa  180  2.9999999999999997e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3141  transcriptional regulator, AraC family  39.51 
 
 		 271 aa  179  4e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0924  transcriptional regulator, AraC family  38.91 
 
 		 267 aa  176  3e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489543  normal  0.138497 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3802  Helix-turn-helix, AraC domain protein  41.05 
 
 		 264 aa  174  9.999999999999999e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00633295  normal  0.103646 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5386  transcriptional regulator, AraC family  38.98 
 
 		 270 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6018  transcriptional regulator, AraC family  38.43 
 
 		 267 aa  169  4e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5908  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4585  transcriptional regulator, AraC family  29.89 
 
 		 291 aa  107  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0477904  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3677  transcriptional regulator, AraC family  28.46 
 
 		 282 aa  100  3e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.627004  normal  0.14963 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4367  transcriptional regulator, AraC family  24.23 
 
 		 286 aa  92.8  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0906731 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4679  transcriptional regulator, AraC family  25.68 
 
 		 293 aa  92  8e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.603206  hitchhiker  0.000201737 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6783  transcriptional regulator, AraC family  25.91 
 
 		 293 aa  87  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1991  helix-turn-helix domain-containing protein  25 
 
 		 286 aa  84.3  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2476  transcriptional regulator, AraC family  25.12 
 
 		 286 aa  82.8  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1303  transcriptional regulator, AraC family  35.35 
 
 		 129 aa  77.8  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.239353  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0914  transcriptional regulator, AraC family  27.33 
 
 		 290 aa  72  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal  0.0677642 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42390  transcriptional regulator ExsA  23.51 
 
 		 278 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.732807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01697  hypothetical protein  21.53 
 
 		 286 aa  63.9  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 294 aa  63.2  0.000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003334  type III secretion thermoregulatory protein (LcrF,VirF,transcription regulation of virulence plasmid)  23.93 
 
 		 286 aa  61.6  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1186  AraC family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 296 aa  60.8  0.00000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4210  AraC family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000259018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1063  AraC family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 296 aa  60.8  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.81783  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  28.42 
 
 		 284 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5737  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 164 aa  60.1  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0841  transcriptional regulator, AraC family  28.41 
 
 		 176 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2898  transcriptional regulator, AraC family  28.32 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0851  helix-turn-helix domain-containing protein  37.18 
 
 		 285 aa  58.9  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.79639  normal  0.0269486 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 284 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002090  transcriptional regulator AraC/XylS family  32.98 
 
 		 265 aa  57.8  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3202  AraC family transcriptional regulator  21.8 
 
 		 303 aa  57.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.647622  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  33.71 
 
 		 284 aa  57.8  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1506  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 182 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.325288 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1500  helix-turn-helix domain-containing protein  35.06 
 
 		 319 aa  57.8  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.546441  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 281 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 281 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1056  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 306 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000221071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3941  AraC-like transcriptional regulator  21.8 
 
 		 303 aa  57.4  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0722182  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6879  transcriptional regulator, AraC family  32.58 
 
 		 291 aa  56.6  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0489024  normal  0.393248 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 304 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5909  transcriptional regulator, AraC family  32.58 
 
 		 291 aa  56.6  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.678896 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0618  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 306 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0105124  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1097  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 306 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022105  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  39.02 
 
 		 280 aa  56.2  0.0000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 277 aa  55.8  0.0000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0450  AraC family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 285 aa  55.8  0.0000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0724332  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00346  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 279 aa  56.2  0.0000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0803  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 311 aa  55.8  0.0000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3895  helix-turn-helix domain-containing protein  24.78 
 
 		 282 aa  55.8  0.0000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  34.57 
 
 		 270 aa  55.8  0.0000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3696  helix-turn-helix domain-containing protein  24.31 
 
 		 188 aa  55.8  0.0000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 270 aa  55.8  0.0000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  23.47 
 
 		 309 aa  55.8  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 299 aa  55.8  0.0000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  26.56 
 
 		 273 aa  55.8  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0164  transcriptional regulator, AraC family  24.05 
 
 		 307 aa  55.1  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0360  AraC family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 313 aa  55.5  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000460662  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2973  AraC family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 127 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.947385  normal  0.597443 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2206  AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 303 aa  54.7  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000287978  normal  0.709471 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 279 aa  55.5  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4394  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 266 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.140673 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0074  transcriptional regulator, AraC family  28.41 
 
 		 168 aa  55.5  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0082  transcriptional regulator, AraC family  28.41 
 
 		 168 aa  55.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.802043 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1262  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 290 aa  54.7  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2093  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 287 aa  54.7  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.369123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  31.46 
 
 		 294 aa  55.1  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2099  yersiniabactin transcriptional regulator YbtA  29.52 
 
 		 319 aa  54.7  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  26.17 
 
 		 308 aa  53.9  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2369  transcriptional regulator  26.37 
 
 		 368 aa  54.7  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1049  AraC family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 276 aa  54.3  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000110999  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0588  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 297 aa  54.7  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3764  transcriptional regulator, AraC family  27.64 
 
 		 304 aa  54.3  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2978  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 297 aa  53.9  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2206  AraC family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 320 aa  54.7  0.000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.933189  normal  0.0786322 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 290 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1138  helix-turn-helix domain-containing protein  30.43 
 
 		 295 aa  54.3  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 306 aa  54.3  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3214  AraC family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 290 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.727682 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 308 aa  53.9  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0669  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 297 aa  54.7  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  29.79 
 
 		 292 aa  53.5  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>