More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccur_12020 on replicon NC_013170
Organism: Cryptobacterium curtum DSM 15641



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013170  Ccur_12020  pseudouridylate synthase I  100 
 
 		 273 aa  556  1e-157  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1051  tRNA pseudouridine synthase A  58.66 
 
 		 255 aa  295  8e-79  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000873816  hitchhiker  0.00519599 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21360  pseudouridylate synthase I  58.2 
 
 		 271 aa  292  3e-78  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0418388  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  54.51 
 
 		 294 aa  250  2e-65  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  40.71 
 
 		 263 aa  169  3e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  33.98 
 
 		 248 aa  167  2e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  33.98 
 
 		 248 aa  166  2.9999999999999998e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  39.37 
 
 		 262 aa  163  3e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  39.37 
 
 		 262 aa  163  3e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  41.57 
 
 		 264 aa  162  4.0000000000000004e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  39.53 
 
 		 261 aa  162  5.0000000000000005e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  39.53 
 
 		 261 aa  162  5.0000000000000005e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  42.16 
 
 		 266 aa  162  6e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  40.71 
 
 		 264 aa  162  8.000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  40.31 
 
 		 262 aa  161  9e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  40.31 
 
 		 270 aa  161  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  43.08 
 
 		 269 aa  161  1e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  37.8 
 
 		 245 aa  160  2e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 		 261 aa  160  2e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  41.41 
 
 		 262 aa  160  2e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 261 aa  159  3e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  39.33 
 
 		 261 aa  159  3e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  40.71 
 
 		 264 aa  160  3e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1859  tRNA pseudouridine synthase ACD  35.32 
 
 		 245 aa  159  4e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.411434  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  39.53 
 
 		 261 aa  158  9e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  38.65 
 
 		 252 aa  158  1e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  41.31 
 
 		 282 aa  157  1e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 261 aa  157  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  39.53 
 
 		 261 aa  157  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  40.31 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  40.31 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  37.69 
 
 		 274 aa  157  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  37.4 
 
 		 245 aa  157  2e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  40.31 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  40.31 
 
 		 270 aa  156  3e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  40.31 
 
 		 270 aa  156  4e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  40.31 
 
 		 270 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  40.31 
 
 		 270 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  40.31 
 
 		 270 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  40.31 
 
 		 270 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  40.31 
 
 		 270 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  41.67 
 
 		 274 aa  156  4e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  40.31 
 
 		 270 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  40.31 
 
 		 270 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  40.31 
 
 		 270 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  40.31 
 
 		 270 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 247 aa  155  6e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  39.53 
 
 		 261 aa  155  7e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  39.53 
 
 		 261 aa  155  9e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  38.28 
 
 		 259 aa  154  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.22 
 
 		 246 aa  154  1e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  41.67 
 
 		 274 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  41.34 
 
 		 259 aa  155  1e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  39.53 
 
 		 261 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  42.8 
 
 		 274 aa  154  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  42.25 
 
 		 252 aa  154  2e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  38.34 
 
 		 261 aa  154  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  37.94 
 
 		 261 aa  153  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  34.38 
 
 		 244 aa  154  2e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 		 276 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  42.69 
 
 		 274 aa  153  4e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  35.34 
 
 		 252 aa  153  4e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  38.34 
 
 		 261 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  37.94 
 
 		 261 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  37.8 
 
 		 245 aa  152  8e-36  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16880  pseudouridylate synthase I  42.01 
 
 		 297 aa  152  8e-36  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  38.91 
 
 		 262 aa  151  8.999999999999999e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  39.06 
 
 		 287 aa  151  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  39.54 
 
 		 289 aa  150  1e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  37.01 
 
 		 261 aa  151  1e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  37.08 
 
 		 274 aa  150  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  40.71 
 
 		 283 aa  150  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  38.34 
 
 		 261 aa  150  3e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  36.43 
 
 		 244 aa  149  4e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  41.86 
 
 		 259 aa  149  4e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  37.94 
 
 		 261 aa  149  4e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  38.61 
 
 		 284 aa  149  5e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  39.23 
 
 		 246 aa  149  5e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  38.37 
 
 		 285 aa  149  5e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  34.72 
 
 		 252 aa  149  6e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  38.91 
 
 		 244 aa  148  7e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  35 
 
 		 252 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  37.83 
 
 		 274 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  38.98 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  35 
 
 		 247 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  35.02 
 
 		 248 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  39.53 
 
 		 256 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 271 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  37.98 
 
 		 285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 271 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  41.41 
 
 		 268 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  40.68 
 
 		 271 aa  146  3e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0364  tRNA pseudouridine synthase A  37.93 
 
 		 267 aa  146  3e-34  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  34.72 
 
 		 252 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2159  tRNA pseudouridine synthase A  39.38 
 
 		 260 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0844535 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  36.72 
 
 		 245 aa  146  4.0000000000000006e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2487  tRNA pseudouridine synthase A  40.38 
 
 		 252 aa  145  5e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  36.82 
 
 		 258 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  34.34 
 
 		 247 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>