More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_0712 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
169 aa  332  2e-90  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  54.39 
 
 
174 aa  195  3e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  48.8 
 
 
169 aa  151  4e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  47.34 
 
 
169 aa  151  4e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0970  16S rRNA-processing protein RimM  49.12 
 
 
169 aa  150  1e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000015249  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  44.64 
 
 
167 aa  144  9e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0659  16S rRNA processing protein RimM  37.58 
 
 
170 aa  143  1e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110024  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1682  16S rRNA-processing protein RimM  44.58 
 
 
165 aa  137  7e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00118486  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1964  16S rRNA-processing protein RimM  43.98 
 
 
165 aa  135  2e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  37.35 
 
 
169 aa  132  1.9999999999999998e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  38.79 
 
 
179 aa  127  6e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1494  16S rRNA processing protein RimM  39.88 
 
 
172 aa  127  8.000000000000001e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0136988  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1199  16S rRNA processing protein RimM  36.36 
 
 
173 aa  123  1e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000995465  normal  0.109334 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  37.95 
 
 
172 aa  120  9e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  36.42 
 
 
176 aa  120  9e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3758  16S rRNA processing protein RimM  37.5 
 
 
170 aa  119  1.9999999999999998e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0504856  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3429  16S rRNA processing protein RimM  37.35 
 
 
172 aa  118  3.9999999999999996e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000572848  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1415  16S rRNA processing protein RimM  40.12 
 
 
181 aa  113  1.0000000000000001e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000206982  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  40.12 
 
 
166 aa  112  2.0000000000000002e-24  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1371  16S rRNA processing protein RimM  40.23 
 
 
179 aa  112  3e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000034435  normal  0.381877 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  34.88 
 
 
172 aa  111  5e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  37.5 
 
 
173 aa  110  8.000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  35.76 
 
 
167 aa  110  1.0000000000000001e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  34.88 
 
 
172 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1384  16S rRNA-processing protein RimM  37.43 
 
 
172 aa  109  1.0000000000000001e-23  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00157124  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  38.18 
 
 
167 aa  108  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  38.18 
 
 
167 aa  108  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07320  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 
170 aa  108  3e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238844  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  33.92 
 
 
173 aa  108  3e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  34.5 
 
 
171 aa  107  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  34.5 
 
 
171 aa  106  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  34.5 
 
 
171 aa  106  2e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  34.5 
 
 
171 aa  106  2e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  34.5 
 
 
171 aa  106  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
171 aa  106  2e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
171 aa  105  3e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  31.58 
 
 
171 aa  105  3e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  33.92 
 
 
171 aa  105  3e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  34.5 
 
 
171 aa  104  5e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1355  16S rRNA-processing protein RimM  37.43 
 
 
172 aa  103  1e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000868178  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  31.74 
 
 
168 aa  102  3e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  29.65 
 
 
177 aa  98.6  4e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  31.74 
 
 
176 aa  98.2  5e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  32.3 
 
 
174 aa  98.2  5e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1659  16S rRNA-processing protein RimM  31.4 
 
 
171 aa  97.4  8e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2307  16S rRNA processing protein RimM  32.93 
 
 
170 aa  96.7  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00013128  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1016  16S rRNA processing protein RimM  31.01 
 
 
169 aa  95.5  3e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000810353  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1803  16S rRNA processing protein RimM  35.03 
 
 
178 aa  95.9  3e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000356142  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  36.75 
 
 
184 aa  94.7  5e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0566  16S rRNA processing protein RimM  32.34 
 
 
167 aa  94  8e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00173533  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  29.82 
 
 
182 aa  93.2  2e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1301  16S rRNA processing protein RimM  40.62 
 
 
162 aa  92.4  3e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0244939  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  34.18 
 
 
172 aa  91.3  5e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0540  16S rRNA processing protein RimM  32.93 
 
 
166 aa  91.7  5e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000769846  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1535  16S rRNA processing protein RimM  31.65 
 
 
166 aa  91.3  6e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00265207  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2869  16S rRNA processing protein RimM  30.36 
 
 
173 aa  90.1  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257467  hitchhiker  0.000000637329 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  30.36 
 
 
169 aa  90.1  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  30.81 
 
 
172 aa  89.7  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0645  16S rRNA processing protein RimM  30.91 
 
 
172 aa  89  3e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0229573  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  32.89 
 
 
176 aa  89  3e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  32.89 
 
 
176 aa  89  3e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0648  16S rRNA processing protein RimM  35.15 
 
 
177 aa  88.2  4e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  36.67 
 
 
191 aa  88.2  5e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  28.32 
 
 
179 aa  87.8  6e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  26.4 
 
 
179 aa  86.7  1e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  32.1 
 
 
179 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  29.59 
 
 
173 aa  85.5  3e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  28.82 
 
 
171 aa  84  9e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1293  16S rRNA processing protein RimM  29.49 
 
 
169 aa  84  9e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000894981  normal  0.803159 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_505  16S rRNA processing protein RimM  31.14 
 
 
166 aa  84  9e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000191939  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  31.48 
 
 
179 aa  83.6  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2222  16S rRNA processing protein  28.14 
 
 
175 aa  83.6  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.646e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  29.81 
 
 
178 aa  84  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  28.99 
 
 
172 aa  83.6  0.000000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2051  16S rRNA processing protein RimM  31.14 
 
 
167 aa  83.2  0.000000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  27.33 
 
 
178 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1289  16S rRNA processing protein RimM  28.4 
 
 
182 aa  82  0.000000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.611954  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  27.33 
 
 
178 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  26.71 
 
 
175 aa  82.4  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1397  16S rRNA processing protein RimM  28.48 
 
 
168 aa  82  0.000000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000193621  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1479  16S rRNA-processing protein RimM  32.34 
 
 
173 aa  81.6  0.000000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0803  16S rRNA processing protein RimM  28.67 
 
 
167 aa  81.3  0.000000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1523  16S rRNA processing protein RimM  29.22 
 
 
167 aa  81.3  0.000000000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000298148  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  26.71 
 
 
175 aa  80.9  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0847  16S rRNA processing protein RimM  29.11 
 
 
167 aa  80.9  0.000000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  28.07 
 
 
180 aa  80.9  0.000000000000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4156  16S rRNA-processing protein RimM  27.95 
 
 
178 aa  80.9  0.000000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12723  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  29.94 
 
 
170 aa  80.5  0.00000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  31.95 
 
 
182 aa  80.1  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  22.75 
 
 
210 aa  80.1  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  26.67 
 
 
180 aa  80.1  0.00000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2999  16S rRNA processing protein RimM  28.92 
 
 
176 aa  80.1  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000783686  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3041  16S rRNA processing protein RimM  28.92 
 
 
176 aa  80.1  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000787897  normal  0.907916 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 
167 aa  80.1  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1664  16S rRNA processing protein RimM  27.81 
 
 
178 aa  79.7  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0329621  hitchhiker  0.00376352 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  26.11 
 
 
180 aa  79.7  0.00000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  29.94 
 
 
171 aa  79  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03479  16S rRNA-processing protein RimM  31.98 
 
 
182 aa  79  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  34.73 
 
 
175 aa  78.6  0.00000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002537  16S rRNA processing protein RimM  31.98 
 
 
182 aa  78.6  0.00000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00116484  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>