116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9162 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_2221  helicase, C-terminal  36.63 
 
 		 1669 aa  854    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.332048 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2546  helicase, C-terminal  36.47 
 
 		 1669 aa  863    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.26749 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4295  helicase-like  33.98 
 
 		 1726 aa  793    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4914  helicase  33.49 
 
 		 1706 aa  717    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4476  helicase-like  71.14 
 
 		 1703 aa  2461    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4656  N-6 DNA methylase  78.8 
 
 		 1700 aa  2673    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4316  methyltransferase type 11  81.49 
 
 		 1516 aa  2511    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4173  helicase domain-containing protein  34.81 
 
 		 1575 aa  751    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4301  helicase, C-terminal  33.88 
 
 		 1649 aa  751    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.182147 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1578  helicase domain-containing protein  36.75 
 
 		 1642 aa  879    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.149983 
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0010  cpp14  30.93 
 
 		 1932 aa  692    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0437256  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0264  hypothetical protein  77.71 
 
 		 1748 aa  2659    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4742  N-6 DNA methylase  81.37 
 
 		 1702 aa  2839    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4893  DEAD-like helicase  77.25 
 
 		 1417 aa  2202    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4973  helicase domain-containing protein  76.6 
 
 		 1697 aa  2610    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.664795 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3732  helicase domain-containing protein  54.07 
 
 		 1693 aa  1750    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253895  normal  0.261793 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4540  helicase domain protein  34.81 
 
 		 1606 aa  763    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3177  helicase domain protein  34.13 
 
 		 2077 aa  904    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8079  helicase SNF2 family  77.66 
 
 		 470 aa  717    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.48311  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8083  helicase  78.47 
 
 		 1211 aa  1867    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0239915  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9162  helicase SNF2 family  100 
 
 		 1697 aa  3445    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9541  helicase SNF2 family  82.67 
 
 		 1701 aa  2839    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.398827  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a002  DNA methylase/helicase  30.63 
 
 		 1934 aa  680    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0978124  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1824  helicase domain protein  33.05 
 
 		 2098 aa  762    Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1280  SNF2 family protein  27.81 
 
 		 2274 aa  616  9.999999999999999e-175  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.459246  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4933  helicase domain protein  30.82 
 
 		 1956 aa  598  1e-169  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5280  methyltransferase type 11  32.81 
 
 		 1594 aa  590  1e-167  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.00107926  unclonable  0.0024977 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4747  helicase domain-containing protein  33.5 
 
 		 1925 aa  582  1e-164  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.099466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4259  helicase domain-containing protein  27.48 
 
 		 2570 aa  582  1e-164  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0160  Cpp14  27.29 
 
 		 2117 aa  535  1e-150  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.296407  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6722  Methyltransferase type 11  28.2 
 
 		 1674 aa  514  1e-144  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2730  helicase domain protein  33.33 
 
 		 1722 aa  470  9.999999999999999e-131  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.52816  normal  0.452434 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5796  helicase domain-containing protein  35.12 
 
 		 976 aa  430  1e-118  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00607211  hitchhiker  2.23463e-19 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0870  SNF2-related protein  31.49 
 
 		 2005 aa  399  1e-109  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6184  helicase domain protein  57.09 
 
 		 284 aa  307  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0111751 
 
 
-
 
NC_002950  PG1500  hypothetical protein  31.78 
 
 		 763 aa  238  7e-61  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00538454 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4475  helicase domain-containing protein  29.7 
 
 		 761 aa  231  6e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0387  putative DNA methylase  28.47 
 
 		 766 aa  201  9e-50  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4314  adenine-specific DNA methylase-like protein  60.32 
 
 		 246 aa  198  9e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.1972  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0847  hypothetical protein  33.58 
 
 		 526 aa  134  1.0000000000000001e-29  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000203105 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5797  methyltransferase type 11  40.72 
 
 		 577 aa  127  1e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.295406  hitchhiker  4.23938e-17 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0796  hypothetical protein  31.82 
 
 		 339 aa  95.5  9e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3075  DEAD-like helicase  25.58 
 
 		 1328 aa  90.5  2e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1466  SNF2 family helicase  22.33 
 
 		 1379 aa  86.7  0.000000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.942792  normal  0.0166873 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2349  hypothetical protein  28.93 
 
 		 341 aa  85.9  0.000000000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0743518  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7033  hypothetical protein  54.95 
 
 		 97 aa  85.5  0.000000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1570  hypothetical protein  28.51 
 
 		 341 aa  84  0.00000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.447914  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3018  helicase domain-containing protein  33.33 
 
 		 678 aa  77.8  0.000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5353  helicase domain protein  39.08 
 
 		 894 aa  67  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.157102 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1468  adenine-specific DNA methylase  28.92 
 
 		 254 aa  63.9  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00771536 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1826  hypothetical protein  23.23 
 
 		 442 aa  62.4  0.00000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0240  helicase domain-containing protein  29.38 
 
 		 1116 aa  60.5  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.956133  hitchhiker  0.00192271 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5420  helicase domain-containing protein  36.08 
 
 		 1046 aa  57  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.795016 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1544  helicase-like protein  27.35 
 
 		 933 aa  55.1  0.00001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0233  Type III restriction enzyme, res subunit  32.77 
 
 		 900 aa  54.3  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.179652  decreased coverage  0.00064314 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4142  N-6 DNA methylase  24.79 
 
 		 503 aa  54.7  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011774  BCG9842_A0072  RecQ helicase, putative  31.48 
 
 		 468 aa  54.3  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2648  helicase domain protein  34.94 
 
 		 950 aa  53.9  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0329  type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like protein  28.64 
 
 		 557 aa  53.1  0.00004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0461  helicase domain-containing protein  26.42 
 
 		 986 aa  53.1  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.838477  unclonable  0.0000248811 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1957  helicase domain-containing protein  27.35 
 
 		 968 aa  53.1  0.00005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0503  helicase domain-containing protein  31.19 
 
 		 1147 aa  52.4  0.00007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1422  helicase domain protein  29.63 
 
 		 958 aa  52.4  0.00008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2172  helicase-like  32 
 
 		 922 aa  51.6  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.338314  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1301  helicase domain-containing protein  29.63 
 
 		 958 aa  51.6  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2324  helicase domain protein  26.97 
 
 		 1095 aa  51.6  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1345  helicase domain protein  33.73 
 
 		 953 aa  51.6  0.0001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0545  helicase-like  33.33 
 
 		 910 aa  51.2  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1514  methyltransferase small  31.3 
 
 		 466 aa  51.2  0.0002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.271049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0012  helicase-like protein  30.4 
 
 		 924 aa  50.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0279  hypothetical protein  33.33 
 
 		 285 aa  50.4  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.313315  normal  0.062823 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0805  N-6 DNA methylase  30.07 
 
 		 484 aa  50.4  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.614419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1282  N-6 DNA methylase  23.53 
 
 		 481 aa  50.1  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2539  helicase domain-containing protein  27.68 
 
 		 969 aa  49.7  0.0005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000371025  decreased coverage  0.000313651 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1352  helicase-like  30.6 
 
 		 928 aa  49.3  0.0006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0512  type I restriction modification system M subunit (site-specific DNA-methyltransferase subunit)  22.06 
 
 		 489 aa  49.3  0.0006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1599  helicase domain protein  37.14 
 
 		 889 aa  49.3  0.0006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0244124  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0199  N-6 DNA methylase  22.86 
 
 		 506 aa  49.3  0.0006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.471881  decreased coverage  0.000223426 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2591  helicase domain protein  31.03 
 
 		 957 aa  48.9  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000604323 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1130  N-6 DNA methylase  28 
 
 		 553 aa  47.8  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7832  helicase domain protein  32.5 
 
 		 941 aa  48.1  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1236  helicase domain-containing protein  32.14 
 
 		 940 aa  47.8  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.546222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2095  N-6 DNA methylase  31.2 
 
 		 506 aa  47.4  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.866989  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2730  helicase domain-containing protein  30.53 
 
 		 945 aa  47.8  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1271  helicase domain-containing protein  25.93 
 
 		 1177 aa  47.8  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2725  N-6 DNA methylase  24.38 
 
 		 554 aa  47.8  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0427  type I restriction-modification system, M subunit  26.49 
 
 		 827 aa  47.4  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3118  helicase-like  29.27 
 
 		 1065 aa  47  0.003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.482312  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4237  helicase-like  29.27 
 
 		 1065 aa  47  0.003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  0.00803691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4383  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like protein  29.56 
 
 		 489 aa  47  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.348907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3376  helicase domain-containing protein  34 
 
 		 877 aa  47  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1019  helicase domain protein  31.39 
 
 		 1160 aa  47  0.003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.180274  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2778  N-6 DNA methylase  25 
 
 		 405 aa  47  0.003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  3.63238e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1660  helicase/SNF2 family domain protein  32.09 
 
 		 805 aa  46.6  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0251  helicase  39.34 
 
 		 541 aa  47  0.004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.432976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0147  methyltransferase small domain-containing protein  28.68 
 
 		 235 aa  46.6  0.004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0686995  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2671  helicase domain protein  30.17 
 
 		 949 aa  46.6  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.672635 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0017  helicase/SNF2 family domain protein  34.83 
 
 		 801 aa  46.2  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3226  N-6 DNA methylase  31.07 
 
 		 481 aa  46.2  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3534  EcoEI R domain-containing protein  31.07 
 
 		 481 aa  46.2  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0122101  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>