More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1422 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_2539  helicase domain-containing protein  40.57 
 
 
969 aa  667    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000371025  decreased coverage  0.000313651 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1345  helicase domain protein  42.27 
 
 
953 aa  720    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1957  helicase domain-containing protein  40.51 
 
 
968 aa  664    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1422  helicase domain protein  100 
 
 
958 aa  1965    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1544  helicase-like protein  41.27 
 
 
933 aa  649    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0461  helicase domain-containing protein  40.36 
 
 
986 aa  656    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.838477  unclonable  0.0000248811 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1301  helicase domain-containing protein  97.07 
 
 
958 aa  1912    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2671  helicase domain protein  39.38 
 
 
949 aa  632  1e-180  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.672635 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1236  helicase domain-containing protein  40.89 
 
 
940 aa  629  1e-179  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.546222  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2016  helicase domain-containing protein  38.16 
 
 
948 aa  624  1e-177  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.302427 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4771  helicase domain-containing protein  39.27 
 
 
953 aa  622  1e-176  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.360251 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2591  helicase domain protein  38.17 
 
 
957 aa  613  9.999999999999999e-175  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000604323 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2730  helicase domain-containing protein  38.42 
 
 
945 aa  597  1e-169  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2648  helicase domain protein  36.79 
 
 
950 aa  597  1e-169  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3297  helicase domain protein  38.24 
 
 
946 aa  586  1e-166  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7832  helicase domain protein  36.91 
 
 
941 aa  580  1e-164  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0273  helicase domain-containing protein  38.06 
 
 
919 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1526  helicase domain-containing protein  36.12 
 
 
923 aa  545  1e-153  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.796043  normal  0.0729049 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0725  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  37.33 
 
 
949 aa  521  1e-146  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0353  helicase-like  36.51 
 
 
933 aa  515  1e-144  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1706  helicase domain protein  30.14 
 
 
952 aa  306  1.0000000000000001e-81  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.703418  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3352  hypothetical protein  33.86 
 
 
919 aa  306  1.0000000000000001e-81  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.14559  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0832  DEAD-like helicases-like  45.36 
 
 
313 aa  233  2e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.76445 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5359  helicase domain protein  30.49 
 
 
1049 aa  192  2e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.111464 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1177  helicase domain-containing protein  28.12 
 
 
1031 aa  176  2.9999999999999996e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.304258  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3846  helicase domain-containing protein  29.15 
 
 
1058 aa  173  1e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.064852 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3680  SNF2-related:helicase, C-terminal  28.4 
 
 
1045 aa  171  5e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2198  helicase domain-containing protein  27.19 
 
 
1046 aa  169  2e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.33194  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1314  helicase domain-containing protein  27.81 
 
 
982 aa  167  5.9999999999999996e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0826  helicase domain-containing protein  26.3 
 
 
1136 aa  165  3e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2726  helicase domain protein  29.23 
 
 
1057 aa  161  6e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.48932 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3187  helicase domain protein  25.72 
 
 
969 aa  160  9e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4894  helicase family protein  26.05 
 
 
952 aa  159  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3885  helicase domain-containing protein  25.93 
 
 
952 aa  159  3e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.929535  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4828  helicase family protein  25.93 
 
 
952 aa  158  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5808  helicase family protein  25.93 
 
 
952 aa  158  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1355  helicase domain-containing protein  25.56 
 
 
954 aa  157  1e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2729  helicase-like  29.05 
 
 
1165 aa  156  2e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.36993  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1416  helicase domain protein  25.42 
 
 
945 aa  154  5.9999999999999996e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1920  helicase domain protein  25.89 
 
 
971 aa  154  7e-36  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2545  helicase domain protein  26.74 
 
 
1038 aa  151  5e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0721063  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0811  helicase-like protein  27.93 
 
 
1201 aa  150  7e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0827  helicase domain-containing protein  27.93 
 
 
1201 aa  150  7e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0202  helicase domain protein  27.54 
 
 
1170 aa  150  8e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0567319 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1086  helicase-like  26.42 
 
 
829 aa  150  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1271  helicase domain-containing protein  26.45 
 
 
1177 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3088  helicase domain-containing protein  25.78 
 
 
956 aa  149  3e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.01898 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1846  helicase domain-containing protein  28.24 
 
 
1170 aa  149  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1019  helicase domain protein  27.36 
 
 
1160 aa  149  4.0000000000000006e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.180274  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1325  SNF2-related helicase  28.57 
 
 
1082 aa  148  5e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0637  helicase domain protein  26.42 
 
 
1168 aa  147  8.000000000000001e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1123  helicase domain protein  26.65 
 
 
1169 aa  147  1e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03240  DNA/RNA helicase, superfamily II, SNF2 family  27.22 
 
 
1028 aa  147  1e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0633  helicase domain-containing protein  26.46 
 
 
1169 aa  147  1e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1805  helicase domain-containing protein  26.8 
 
 
1013 aa  146  2e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3286  helicase domain protein  25.35 
 
 
988 aa  145  4e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1877  helicase domain-containing protein  27 
 
 
1172 aa  145  5e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.464999  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2324  helicase domain protein  27.26 
 
 
1095 aa  144  9.999999999999999e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2988  helicase domain-containing protein  28.48 
 
 
1167 aa  143  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.249556  normal  0.0303963 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2718  helicase domain-containing protein  27.47 
 
 
1170 aa  143  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00349209 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2099  helicase domain protein  27.79 
 
 
1194 aa  142  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1096  helicase domain-containing protein  28.22 
 
 
964 aa  140  7.999999999999999e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0233  Type III restriction enzyme, res subunit  29.15 
 
 
900 aa  140  1e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.179652  decreased coverage  0.00064314 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0680  helicase domain-containing protein  27.93 
 
 
1167 aa  140  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.272356 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3743  helicase domain protein  27.92 
 
 
973 aa  140  2e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5420  helicase domain-containing protein  27.4 
 
 
1046 aa  139  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.795016 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3376  helicase domain-containing protein  26.85 
 
 
877 aa  139  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0816  helicase domain-containing protein  27.65 
 
 
933 aa  139  3.0000000000000003e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0970467  normal  0.111384 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0196  helicase domain-containing protein  28.25 
 
 
1167 aa  139  3.0000000000000003e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.037499  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1234  helicase domain protein  26.51 
 
 
1170 aa  138  5e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0795356  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2959  helicase domain-containing protein  25 
 
 
937 aa  135  3e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.789708  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35220  DNA/RNA helicase, superfamily II, SNF2 family  27.35 
 
 
960 aa  135  3.9999999999999996e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.608461 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1301  helicase domain protein  25.04 
 
 
1062 aa  135  3.9999999999999996e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.483393  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0503  helicase domain-containing protein  27.55 
 
 
1147 aa  134  6.999999999999999e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0063  Type III restriction enzyme, res subunit  26.02 
 
 
962 aa  130  1.0000000000000001e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0017  helicase/SNF2 family domain protein  27.02 
 
 
801 aa  129  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1492  helicase domain protein  26.61 
 
 
969 aa  128  4.0000000000000003e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4276  helicase-like  26.39 
 
 
1138 aa  126  2e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.209171 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1660  helicase/SNF2 family domain protein  25.31 
 
 
805 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1801  SNF2-related protein  26.46 
 
 
572 aa  121  7e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0724538  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1123  helicase domain protein  25.73 
 
 
966 aa  120  9e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0214668  normal  0.0288722 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0745  helicase domain protein  28.5 
 
 
1094 aa  120  9.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2144  helicase domain protein  30.06 
 
 
1160 aa  119  3e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.270016  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0464  helicase domain protein  34.89 
 
 
1044 aa  115  3e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5353  helicase domain protein  25.38 
 
 
894 aa  112  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.157102 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5493  helicase-like protein  25.38 
 
 
1069 aa  112  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  normal  0.0695829 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5893  helicase domain-containing protein  25.38 
 
 
1069 aa  112  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0387  helicase domain protein  24.39 
 
 
584 aa  110  2e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.358987  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2189  type III restriction enzyme, res subunit  29.14 
 
 
1172 aa  107  1e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0659  DEAD/DEAH box helicase family protein  29.78 
 
 
440 aa  105  4e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.348224  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05330  DNA/RNA helicase, superfamily II, SNF2 family  25.77 
 
 
961 aa  105  4e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4903  type III restriction enzyme, res subunit  25.42 
 
 
963 aa  105  4e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.891445  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3658  SNF2 family helicase  24.81 
 
 
960 aa  104  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.041395  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4128  helicase domain protein  30.94 
 
 
1131 aa  105  6e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.33452  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08850  helicase domain protein  23.6 
 
 
467 aa  103  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000230967  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1609  helicase domain-containing protein  33.64 
 
 
1129 aa  103  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1596  helicase domain-containing protein  29.5 
 
 
1137 aa  102  5e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2756  helicase domain protein  25.29 
 
 
584 aa  99.8  2e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0958  SNF2-related protein  25.29 
 
 
975 aa  99.4  3e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.106346  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0985  helicase domain-containing protein  25.41 
 
 
813 aa  99  4e-19  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.033377  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>