More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9020 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011984  Avi_9020  integrase/recombinase  100 
 
 		 255 aa  521  1e-147  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8262  integrase/recombinase  98.23 
 
 		 325 aa  456  1e-127  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.19921  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5406  phage integrase family protein  34.03 
 
 		 381 aa  100  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.197458 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0423  integrase family protein  33.5 
 
 		 304 aa  98.6  8e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1239  phage integrase  40.83 
 
 		 419 aa  93.2  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.183742 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4357  integrase family protein  36.75 
 
 		 432 aa  91.7  1e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.196214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4387  integrase family protein  36.75 
 
 		 432 aa  91.7  1e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.864459  normal  0.927899 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2984  integrase family protein  36.75 
 
 		 432 aa  91.7  1e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.443483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1215  integrase family protein  36.75 
 
 		 432 aa  91.7  1e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5939  phage integrase family protein  31.69 
 
 		 395 aa  91.7  1e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8253  phage integrase family protein  34.46 
 
 		 409 aa  87  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.564196  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0243  integrase family protein  32.75 
 
 		 408 aa  86.3  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7460  integrase family protein  32.07 
 
 		 418 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0372  integrase family protein  35.16 
 
 		 411 aa  83.2  0.000000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4899  integrase family protein  31.25 
 
 		 419 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1436  integrase family protein  28.37 
 
 		 641 aa  82.4  0.000000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8114  integrase/recombinase  31.73 
 
 		 408 aa  80.9  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.200175  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4018  phage integrase family protein  36.53 
 
 		 409 aa  80.9  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7595  integrase family protein  28.86 
 
 		 413 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.865068 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6461  phage integrase family protein  33.33 
 
 		 412 aa  74.3  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.624578 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5350  integrase family protein  30.33 
 
 		 403 aa  73.6  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.467969 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2230  integrase family protein  30.33 
 
 		 403 aa  73.6  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2006  integrase family protein  30.33 
 
 		 403 aa  73.6  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.128243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0326  integrase family protein  28 
 
 		 414 aa  70.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.061717 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0669  integrase family protein  28 
 
 		 414 aa  70.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2397  site-specific recombinase, phage integrase family  28 
 
 		 414 aa  70.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0507  site-specific recombinase, phage integrase family  28 
 
 		 414 aa  70.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0835  site-specific recombinase, phage integrase family  28 
 
 		 414 aa  70.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.916453  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3507  phage integrase family protein  35.71 
 
 		 403 aa  70.5  0.00000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.646395  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3264  phage integrase family protein  31.19 
 
 		 403 aa  70.1  0.00000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.860131  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2243  integrase family protein  24.69 
 
 		 634 aa  70.1  0.00000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00308356 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2279  integrase family protein  28.45 
 
 		 394 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0687446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2214  integrase domain protein SAM domain protein  24.1 
 
 		 417 aa  68.6  0.00000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000184093 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1271  phage integrase  32.24 
 
 		 410 aa  68.6  0.00000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.896321  normal  0.0119714 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6953  integrase family protein  26.26 
 
 		 405 aa  68.6  0.00000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0438  phage integrase  39.2 
 
 		 515 aa  67.8  0.0000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3698  integrase family protein  32.51 
 
 		 508 aa  67  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4004  integrase family protein  32.51 
 
 		 508 aa  67  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  32.3 
 
 		 317 aa  65.9  0.0000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7622  integrase family protein  27.72 
 
 		 405 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.530017 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0602  phage integrase family protein  32.19 
 
 		 412 aa  65.1  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0777  integrase family protein  29.77 
 
 		 425 aa  64.7  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000241017 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  25.59 
 
 		 305 aa  63.9  0.000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0711  phage integrase  27.78 
 
 		 414 aa  64.3  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.209263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  34.85 
 
 		 304 aa  64.3  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3569  phage integrase family protein  27.09 
 
 		 300 aa  63.9  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121799  normal  0.0892176 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  32.07 
 
 		 304 aa  63.2  0.000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  26.29 
 
 		 294 aa  62.4  0.000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0312  Integrase  26.86 
 
 		 400 aa  62.4  0.000000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0150741  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0235  Integrase  30.65 
 
 		 308 aa  62.4  0.000000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.386202  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1804  Integrase  26.86 
 
 		 400 aa  62.4  0.000000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.222465  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0032  Integrase  26.86 
 
 		 400 aa  62.4  0.000000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.857579  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3665  integrase family protein  29.23 
 
 		 313 aa  62  0.000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.211751 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3981  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.69 
 
 		 300 aa  62  0.000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.105897  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  26 
 
 		 307 aa  61.6  0.00000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1333  Integrase  26.45 
 
 		 400 aa  61.6  0.00000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.455073  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  26 
 
 		 307 aa  60.8  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  28.28 
 
 		 295 aa  60.5  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2689  tyrosine recombinase XerC  26.42 
 
 		 311 aa  60.5  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.147909 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  28.93 
 
 		 302 aa  60.1  0.00000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  27.96 
 
 		 309 aa  60.5  0.00000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  25 
 
 		 284 aa  60.5  0.00000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4159  site-specific tyrosine recombinase XerC  30 
 
 		 300 aa  60.1  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.937296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  30 
 
 		 300 aa  60.1  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.225708  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4277  site-specific tyrosine recombinase XerC  30 
 
 		 300 aa  60.1  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  25.5 
 
 		 307 aa  60.5  0.00000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4336  site-specific tyrosine recombinase XerC  30 
 
 		 300 aa  60.1  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  27.27 
 
 		 295 aa  60.1  0.00000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4229  site-specific tyrosine recombinase XerC  30 
 
 		 300 aa  60.1  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5250  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.23 
 
 		 298 aa  58.9  0.00000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  28.42 
 
 		 306 aa  58.9  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0770  integrase family protein  30.23 
 
 		 417 aa  58.2  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000130395 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03687  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.92 
 
 		 298 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.446663  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3692  integrase family protein  35.96 
 
 		 412 aa  57.4  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1023  integrase family protein  28.16 
 
 		 297 aa  57.4  0.0000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0854512  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  22.56 
 
 		 295 aa  57.4  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03636  hypothetical protein  28.92 
 
 		 298 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.487194  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2788  tyrosine recombinase XerC  27.09 
 
 		 343 aa  57  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0114244  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0674  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.56 
 
 		 303 aa  57  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4168  tyrosine recombinase XerC  28.31 
 
 		 298 aa  56.2  0.0000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4330  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.31 
 
 		 298 aa  56.2  0.0000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.31 
 
 		 298 aa  56.2  0.0000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0208532 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2881  tyrosine recombinase XerC  27.09 
 
 		 343 aa  56.2  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.312354  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4036  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.31 
 
 		 298 aa  56.2  0.0000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4271  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.31 
 
 		 298 aa  56.2  0.0000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  26.78 
 
 		 294 aa  56.2  0.0000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4196  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.31 
 
 		 298 aa  56.2  0.0000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0689633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2026  integrase domain protein SAM domain protein  27.19 
 
 		 297 aa  55.8  0.0000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2695  tyrosine recombinase XerC  26.9 
 
 		 342 aa  55.8  0.0000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.400065  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5115  phage integrase family protein  28.49 
 
 		 304 aa  55.8  0.0000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.244336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  27.78 
 
 		 332 aa  55.5  0.0000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  29.75 
 
 		 302 aa  55.5  0.0000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.43 
 
 		 298 aa  55.5  0.0000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0010  tyrosine recombinase XerC  27.71 
 
 		 299 aa  55.5  0.0000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1191  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.69 
 
 		 313 aa  55.1  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.60628  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  25.97 
 
 		 302 aa  54.7  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0740  putative integrase  36.36 
 
 		 171 aa  55.1  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.650968  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  26.56 
 
 		 301 aa  54.7  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.86 
 
 		 302 aa  54.3  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.182372  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  25.87 
 
 		 302 aa  54.3  0.000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>