More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BLD_0032 on replicon NC_010816
Organism: Bifidobacterium longum DJO10A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010816  BLD_1333  Integrase  99.75 
 
 
400 aa  789    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.455073  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0032  Integrase  100 
 
 
400 aa  792    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.857579  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1804  Integrase  100 
 
 
400 aa  792    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.222465  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0312  Integrase  100 
 
 
400 aa  792    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0150741  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1436  integrase family protein  26.81 
 
 
641 aa  105  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8262  integrase/recombinase  28.1 
 
 
325 aa  100  5e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.19921  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3692  integrase family protein  25.56 
 
 
412 aa  99.8  7e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8253  phage integrase family protein  29.35 
 
 
409 aa  99.8  8e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.564196  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2243  integrase family protein  30.54 
 
 
634 aa  97.1  5e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00308356 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5939  phage integrase family protein  33.45 
 
 
395 aa  93.6  5e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2214  integrase domain protein SAM domain protein  23.71 
 
 
417 aa  93.2  6e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000184093 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0243  integrase family protein  28.9 
 
 
408 aa  92.4  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0423  integrase family protein  31.34 
 
 
304 aa  92.4  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1239  phage integrase  29.39 
 
 
419 aa  90.1  6e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.183742 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0777  integrase family protein  29.58 
 
 
425 aa  85.5  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000241017 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0372  integrase family protein  26.81 
 
 
411 aa  85.5  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6461  phage integrase family protein  26.07 
 
 
412 aa  84.3  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.624578 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0740  putative integrase  29.01 
 
 
171 aa  84.7  0.000000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.650968  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  31.32 
 
 
304 aa  82.8  0.00000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4018  phage integrase family protein  33.88 
 
 
409 aa  77.8  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1215  integrase family protein  32.34 
 
 
432 aa  75.5  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2984  integrase family protein  32.34 
 
 
432 aa  75.5  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.443483  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4387  integrase family protein  32.34 
 
 
432 aa  75.5  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.864459  normal  0.927899 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4357  integrase family protein  32.34 
 
 
432 aa  75.5  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.196214  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  23.62 
 
 
284 aa  71.6  0.00000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  27.66 
 
 
301 aa  72  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  29.45 
 
 
304 aa  72  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4004  integrase family protein  27.66 
 
 
508 aa  70.5  0.00000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3698  integrase family protein  27.66 
 
 
508 aa  70.5  0.00000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1271  phage integrase  34.12 
 
 
410 aa  70.1  0.00000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.896321  normal  0.0119714 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.24 
 
 
299 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1906  integrase family protein  27.4 
 
 
295 aa  68.9  0.0000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.713326  normal  0.217947 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  26.32 
 
 
296 aa  68.9  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1133  integrase family protein  28.47 
 
 
299 aa  68.9  0.0000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2522  integrase family protein  35.76 
 
 
334 aa  67.8  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000359584  hitchhiker  0.00166754 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1237  integrase family protein  35.76 
 
 
334 aa  67.8  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.212345 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3706  integrase family protein  35.76 
 
 
334 aa  67.8  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000354013  normal  0.710204 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.75 
 
 
299 aa  67.8  0.0000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.75 
 
 
299 aa  67.8  0.0000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.75 
 
 
299 aa  67.8  0.0000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.75 
 
 
299 aa  67.8  0.0000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.24 
 
 
299 aa  67.8  0.0000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  24.82 
 
 
297 aa  67.4  0.0000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3264  phage integrase family protein  26.25 
 
 
403 aa  66.6  0.0000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.860131  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0438  phage integrase  29.55 
 
 
515 aa  67  0.0000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.37 
 
 
299 aa  66.6  0.0000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.75 
 
 
299 aa  66.6  0.0000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  29.49 
 
 
298 aa  66.6  0.0000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4899  integrase family protein  26.86 
 
 
419 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830268  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  26.02 
 
 
320 aa  65.5  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  24.31 
 
 
302 aa  65.9  0.000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  21.05 
 
 
294 aa  65.9  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  23.81 
 
 
295 aa  65.9  0.000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3247  integrase/recombinase XerC  26.47 
 
 
296 aa  65.9  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0264  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.12 
 
 
315 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0272  phage integrase family site specific recombinase  27.14 
 
 
319 aa  65.1  0.000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0295  phage integrase family site specific recombinase  27.14 
 
 
319 aa  65.1  0.000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0905  phage integrase family site specific recombinase  27.14 
 
 
319 aa  65.1  0.000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5501  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.35 
 
 
299 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345753  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0358  integrase family protein  17.78 
 
 
287 aa  65.1  0.000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4583  tyrosine recombinase XerD  27.36 
 
 
317 aa  65.5  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.422443 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  25.27 
 
 
305 aa  65.1  0.000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3569  phage integrase family protein  29.03 
 
 
300 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121799  normal  0.0892176 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  27.66 
 
 
317 aa  64.7  0.000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0770  integrase family protein  30.91 
 
 
417 aa  64.3  0.000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000130395 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8114  integrase/recombinase  27.01 
 
 
408 aa  64.3  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.200175  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.99 
 
 
301 aa  63.9  0.000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  25.18 
 
 
291 aa  63.9  0.000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  25.27 
 
 
297 aa  63.9  0.000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0602  phage integrase family protein  26.55 
 
 
412 aa  63.2  0.000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  26.28 
 
 
294 aa  63.2  0.000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.59 
 
 
299 aa  63.2  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1185  tyrosine recombinase XerD  26.52 
 
 
315 aa  63.2  0.000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0531401  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3507  phage integrase family protein  29.17 
 
 
403 aa  63.2  0.000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.646395  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1619  phage integrase family protein  27.41 
 
 
286 aa  63.2  0.000000009  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03687  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.18 
 
 
298 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.446663  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03636  hypothetical protein  25.18 
 
 
298 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.487194  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  21.8 
 
 
295 aa  62.8  0.00000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.99 
 
 
299 aa  62.8  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69710  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.3 
 
 
303 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.737312  normal  0.478185 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  27.14 
 
 
294 aa  62.4  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.18 
 
 
299 aa  62.4  0.00000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0978  phage integrase family protein  30.61 
 
 
283 aa  62.4  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4196  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.18 
 
 
298 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0689633  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4168  tyrosine recombinase XerC  25.18 
 
 
298 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06590  site-specific recombinase, integrase family  29.94 
 
 
312 aa  62  0.00000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0527476  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  26.69 
 
 
295 aa  62  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20700  site-specific recombinase, integrase family  29.94 
 
 
395 aa  62.4  0.00000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0222  integrase/recombinase XerC  26.82 
 
 
299 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6953  integrase family protein  29.34 
 
 
405 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7460  integrase family protein  27.94 
 
 
418 aa  62  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.175  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.18 
 
 
298 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0208532 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4271  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.18 
 
 
298 aa  61.6  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.48 
 
 
302 aa  61.6  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.182372  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4036  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.18 
 
 
298 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4645  phage integrase family protein  31.54 
 
 
360 aa  61.6  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9020  integrase/recombinase  26.86 
 
 
255 aa  62  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  19.35 
 
 
291 aa  61.2  0.00000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  28.06 
 
 
324 aa  61.2  0.00000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7595  integrase family protein  25 
 
 
413 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.865068 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>