More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5105 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_5105  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 197 aa  375  1e-103  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37010  transcriptional regulator  50.78 
 
 		 195 aa  154  8e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.545642 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2726  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 203 aa  72.8  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00544157 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5623  putative transcriptional regulator, TetR family  34.41 
 
 		 180 aa  72  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.118423  normal  0.282365 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2263  TetR family transcriptional regulator  38 
 
 		 222 aa  71.6  0.000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.632681  normal  0.89343 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7473  TetR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 217 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5678  TetR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 217 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6042  TetR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 217 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0589764 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1369  TetR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 208 aa  68.6  0.00000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0395  transcriptional regulator  40 
 
 		 175 aa  68.2  0.00000000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01162  transcription regulator, TetR family protein  36.36 
 
 		 201 aa  67.4  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1611  regulatory protein TetR  37.37 
 
 		 222 aa  67  0.0000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2986  regulatory protein, TetR  35.2 
 
 		 241 aa  66.2  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1331  transcriptional regulator, TetR family  32.2 
 
 		 201 aa  65.9  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2464  transcriptional regulator, TetR family  37.43 
 
 		 193 aa  65.5  0.0000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.943089 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1032  transcriptional regulator, TetR family  36.97 
 
 		 207 aa  65.1  0.0000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1098  regulatory protein TetR  45.95 
 
 		 206 aa  63.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171966  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1227  transcriptional regulator, TetR family  47 
 
 		 206 aa  63.2  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.43068  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2518  transcriptional regulator, TetR family  42.24 
 
 		 191 aa  62.4  0.000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0208752  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3070  TetR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 211 aa  61.6  0.000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.519807  normal  0.499995 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2233  transcriptional regulator, TetR family  32.11 
 
 		 196 aa  60.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.943574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3824  TetR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 234 aa  60.8  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2448  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 204 aa  60.5  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0199857  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2896  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 150 aa  60.1  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000335686 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1309  TetR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 222 aa  60.5  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.488116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0778  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 200 aa  59.3  0.00000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2424  TetR family transcriptional regulator  29 
 
 		 195 aa  59.3  0.00000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.351018  normal  0.169274 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2539  transcriptional regulator, TetR family  31.9 
 
 		 196 aa  59.3  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4675  regulatory protein TetR  33.33 
 
 		 190 aa  59.7  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0439  TetR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 199 aa  58.9  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1596  hypothetical protein  31.19 
 
 		 205 aa  58.9  0.00000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0318645  normal  0.570188 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4758  TetR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 236 aa  58.9  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0120  transcriptional regulator, TetR family  36.28 
 
 		 193 aa  58.5  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.654836  normal  0.0157031 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0252  transcriptional regulator  30 
 
 		 224 aa  58.5  0.00000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4154  TetR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 234 aa  58.5  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0726195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6886  TetR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 239 aa  58.2  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0975429  normal  0.0518769 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0784  TetR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 204 aa  58.2  0.00000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.42035  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3204  TetR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 211 aa  58.2  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.109794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4924  TetR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 216 aa  57.8  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0122195 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5606  putative transcriptional regulator, TetR family  29.27 
 
 		 189 aa  57.8  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0377477  normal  0.125627 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4652  TetR family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.104872  hitchhiker  0.00491998 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3517  TetR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 236 aa  57.4  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0435497  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4723  TetR family transcriptional regulator  54.24 
 
 		 230 aa  57.4  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.72626  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4572  TetR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 234 aa  57.4  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.224675 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 190 aa  57.8  0.0000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2723  transcriptional regulator, TetR family  36.04 
 
 		 224 aa  57.8  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0252111  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1304  transcriptional regulator, TetR family  38.24 
 
 		 234 aa  56.6  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2633  transcriptional regulator, TetR family  35.83 
 
 		 204 aa  57  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.487613  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3038  TetR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 186 aa  56.6  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.815569  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0045  transcriptional regulator  25.32 
 
 		 181 aa  57.4  0.0000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0375278  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2955  TetR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 203 aa  57  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3786  DNA-binding transcriptional repressor FabR  33.56 
 
 		 212 aa  57  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5643  putative TetR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 232 aa  56.2  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.375487 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2871  TetR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 213 aa  56.2  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4031  DNA-binding transcriptional repressor FabR  31.47 
 
 		 199 aa  56.2  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.224768  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05790  transcriptional regulator  31.86 
 
 		 215 aa  56.2  0.0000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.415819 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1405  transcriptional regulator, TetR family  34 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.408275 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2132  TetR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 231 aa  56.6  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.273159  normal  0.36697 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5083  regulatory protein TetR  29.34 
 
 		 184 aa  55.8  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.749425  normal  0.163121 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2722  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 237 aa  55.8  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2354  TetR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 205 aa  55.8  0.0000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0147944  normal  0.332572 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0239  TetR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 229 aa  55.8  0.0000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1759  TetR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 199 aa  55.5  0.0000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5494  transcriptional regulator, TetR family  40.23 
 
 		 141 aa  55.5  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.769028  normal  0.39499 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 324 aa  55.5  0.0000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2591  transcriptional regulator, TetR family  30.54 
 
 		 192 aa  55.5  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.266738 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0129  DNA-binding transcriptional repressor FabR  32.88 
 
 		 218 aa  55.5  0.0000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.555645  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5863  transcriptional regulator, TetR family  35.35 
 
 		 222 aa  55.1  0.0000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 190 aa  55.1  0.0000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1805  TetR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 235 aa  55.5  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.604953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2655  TetR family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 226 aa  55.1  0.0000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4058  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 218 aa  55.1  0.0000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.555533  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4140  TetR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.278605 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4078  DNA-binding transcriptional repressor FabR  30.41 
 
 		 204 aa  54.7  0.0000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00684362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0175  DNA-binding transcriptional repressor FabR  30.41 
 
 		 204 aa  54.7  0.0000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0116142  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0179  DNA-binding transcriptional repressor FabR  30.41 
 
 		 204 aa  54.7  0.0000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00396424  normal  0.0559762 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4180  DNA-binding transcriptional repressor FabR  30.41 
 
 		 204 aa  54.7  0.0000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0026827  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0195  DNA-binding transcriptional repressor FabR  32.88 
 
 		 213 aa  54.7  0.0000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.685771  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03848  DNA-binding transcriptional repressor  32.88 
 
 		 234 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0143191  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4023  transcriptional regulator, TetR family  32.88 
 
 		 234 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4410  DNA-binding transcriptional repressor FabR  32.88 
 
 		 234 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0500651  normal  0.0177189 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0139  DNA-binding transcriptional repressor FabR  32.88 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0390891  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3704  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 202 aa  54.3  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0120  DNA-binding transcriptional repressor FabR  32.88 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102544  normal  0.553113 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0230  DNA-binding transcriptional repressor FabR  33.86 
 
 		 205 aa  53.9  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000220471  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4024  TetR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 207 aa  54.3  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.563014  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0189  DNA-binding transcriptional repressor FabR  32.88 
 
 		 213 aa  54.3  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.368893  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5718  transcriptional regulator, TetR family  34.3 
 
 		 212 aa  54.3  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.283499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0124  DNA-binding transcriptional repressor FabR  29.38 
 
 		 205 aa  54.3  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000427607  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0782  transcriptional regulator, TetR family  33.98 
 
 		 295 aa  54.3  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.876045  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4504  DNA-binding transcriptional repressor FabR  32.88 
 
 		 215 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00559066  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4076  DNA-binding transcriptional repressor FabR  32.88 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4053  DNA-binding transcriptional repressor FabR  32.88 
 
 		 234 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.506107  normal  0.0185922 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3010  transcriptional regulator, TetR family  28.99 
 
 		 196 aa  53.9  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.798857 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4773  DNA-binding transcriptional repressor FabR  32.88 
 
 		 212 aa  53.9  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00222933  hitchhiker  0.00284138 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03797  hypothetical protein  32.88 
 
 		 234 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0112282  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5426  DNA-binding transcriptional repressor FabR  32.88 
 
 		 234 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0614494  normal  0.10498 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4449  DNA-binding transcriptional repressor FabR  32.88 
 
 		 215 aa  53.9  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.563556  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4197  DNA-binding transcriptional repressor FabR  32.88 
 
 		 215 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00988726  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2105  transcriptional regulator, TetR family  39.64 
 
 		 202 aa  53.1  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.143952  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>