More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2535 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 
222 aa  444  1.0000000000000001e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  81.08 
 
 
222 aa  366  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  73.64 
 
 
222 aa  322  3e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  74.09 
 
 
222 aa  320  9.999999999999999e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  68.78 
 
 
223 aa  299  2e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  68.78 
 
 
223 aa  299  2e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  60.09 
 
 
244 aa  260  1e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  58.88 
 
 
233 aa  253  2.0000000000000002e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  50.48 
 
 
233 aa  213  9.999999999999999e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  48.11 
 
 
223 aa  198  5e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  47.37 
 
 
212 aa  189  2.9999999999999997e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  46.89 
 
 
212 aa  187  1e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  45.85 
 
 
239 aa  178  7e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  45.32 
 
 
219 aa  172  2.9999999999999996e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  45.05 
 
 
211 aa  171  5.999999999999999e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2160  GntR family transcriptional regulator  44.5 
 
 
211 aa  169  3e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0507248  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  42.72 
 
 
211 aa  166  2e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  43.54 
 
 
211 aa  165  5e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2039  GntR family transcriptional regulator  42.23 
 
 
211 aa  165  5e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  42.5 
 
 
211 aa  162  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2698  GntR family transcriptional regulator  44 
 
 
232 aa  156  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132882 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1013  GntR family transcriptional regulator  47.03 
 
 
232 aa  156  2e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.475037  normal  0.972264 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2126  transcriptional regulator, GntR family  45.5 
 
 
215 aa  149  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199216  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2806  GntR family transcriptional regulator  43.24 
 
 
215 aa  144  8.000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155753  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3397  GntR family transcriptional regulator  44.66 
 
 
211 aa  143  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00851285  normal  0.427162 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  38.73 
 
 
218 aa  131  6.999999999999999e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  35.92 
 
 
222 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
218 aa  129  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  41 
 
 
240 aa  129  3e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  35.35 
 
 
223 aa  128  6e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  37.07 
 
 
254 aa  126  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  36.76 
 
 
226 aa  125  6e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  37.32 
 
 
230 aa  125  7e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3323  transcriptional regulator  37.07 
 
 
226 aa  124  8.000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  36.15 
 
 
227 aa  124  9e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  34.36 
 
 
226 aa  124  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 
231 aa  124  1e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  34.98 
 
 
231 aa  124  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  39.49 
 
 
223 aa  122  5e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  36.99 
 
 
229 aa  121  7e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
224 aa  121  7e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  35.15 
 
 
223 aa  121  8e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
241 aa  121  8e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  36.92 
 
 
225 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  37.13 
 
 
241 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  35.1 
 
 
241 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  37.13 
 
 
241 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  31.79 
 
 
235 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  39.51 
 
 
274 aa  118  6e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
228 aa  118  9e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  36.89 
 
 
255 aa  117  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
234 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  38.83 
 
 
263 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  35.12 
 
 
230 aa  116  3e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
226 aa  115  6e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  39.25 
 
 
263 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  31.79 
 
 
235 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  36.14 
 
 
242 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 
234 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  34.63 
 
 
230 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  32.43 
 
 
229 aa  112  3e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  32.43 
 
 
229 aa  112  5e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6547  GntR family transcriptional regulator  36.62 
 
 
246 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  32.45 
 
 
229 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  34.17 
 
 
221 aa  107  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  35.12 
 
 
229 aa  107  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 
227 aa  107  2e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  33.18 
 
 
232 aa  107  2e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  32.5 
 
 
223 aa  106  4e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4050  GntR family transcriptional regulator  38.01 
 
 
230 aa  106  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2767  GntR family transcriptional regulator  36.87 
 
 
231 aa  105  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0485  GntR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
242 aa  105  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  36.27 
 
 
231 aa  105  8e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3401  transcriptional regulator, GntR family  36.36 
 
 
256 aa  105  8e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8557  transcriptional regulator, GntR family  38.12 
 
 
217 aa  104  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 
230 aa  104  1e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5914  transcriptional regulator, GntR family  35.32 
 
 
243 aa  104  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.961809  normal  0.157742 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  34.62 
 
 
231 aa  104  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  29.52 
 
 
228 aa  103  2e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7930  transcriptional regulator, GntR family  37.76 
 
 
221 aa  103  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  34.17 
 
 
219 aa  103  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  38.31 
 
 
221 aa  103  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
243 aa  103  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  36.02 
 
 
251 aa  103  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3389  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 
223 aa  102  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
267 aa  102  4e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3025  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 
225 aa  102  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.131059  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
226 aa  102  5e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  30.87 
 
 
239 aa  102  6e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  34.16 
 
 
222 aa  102  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  36 
 
 
220 aa  101  8e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  34.16 
 
 
222 aa  101  9e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  35.42 
 
 
239 aa  101  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4670  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
239 aa  101  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 
237 aa  101  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  34.65 
 
 
242 aa  101  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  31.08 
 
 
229 aa  101  1e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6398  transcriptional regulator, GntR family  40.12 
 
 
215 aa  100  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3139  GntR family transcriptional regulator  34.34 
 
 
284 aa  100  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00307264  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1377  transcriptional regulator, GntR family  37.88 
 
 
225 aa  100  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322083  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>