More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_3025 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_3025  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
225 aa  457  9.999999999999999e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.131059  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  42.52 
 
 
229 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2045  GntR family transcriptional regulator  36.45 
 
 
258 aa  137  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.612828 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3219  GntR family transcriptional regulator  38.12 
 
 
257 aa  135  7.000000000000001e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0764465  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
267 aa  131  6.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2226  transcriptional regulator, GntR family  34.98 
 
 
245 aa  129  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113996  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
265 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  37.5 
 
 
244 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1095  GntR family transcriptional regulator  39.6 
 
 
253 aa  124  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.103754 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17540  transcriptional regulator, GntR family  37.02 
 
 
224 aa  122  4e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.615531  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3719  GntR family transcriptional regulator  38.05 
 
 
232 aa  119  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329499  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5069  GntR family transcriptional regulator  39.02 
 
 
247 aa  118  7e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.046054  normal  0.249885 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4101  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 
247 aa  118  9e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 
223 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
223 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6216  transcriptional regulator, GntR family  34.6 
 
 
249 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.468686  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
244 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 
233 aa  112  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
225 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1271  GntR family transcriptional regulator  33.65 
 
 
234 aa  112  5e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
235 aa  112  6e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  34.03 
 
 
231 aa  111  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  34.9 
 
 
230 aa  110  3e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3197  GntR family transcriptional regulator  32.68 
 
 
242 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3082  GntR family transcriptional regulator  32.68 
 
 
241 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0349212 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  34.98 
 
 
237 aa  108  8.000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 
232 aa  108  9.000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3164  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 
242 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0161984 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  32.51 
 
 
229 aa  107  1e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 
212 aa  106  2e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6499  GntR family transcriptional regulator  31.71 
 
 
242 aa  106  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.348019  normal  0.174024 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2531  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 
242 aa  106  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3144  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 
242 aa  106  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 
228 aa  105  5e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
235 aa  105  6e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3140  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 
241 aa  105  6e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000117475 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  31.53 
 
 
212 aa  104  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  30.29 
 
 
234 aa  104  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  29.81 
 
 
235 aa  103  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  34.2 
 
 
231 aa  103  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  33.48 
 
 
232 aa  103  3e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  32.11 
 
 
214 aa  103  3e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  30.81 
 
 
223 aa  102  4e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  32.5 
 
 
222 aa  102  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2767  GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
231 aa  102  5e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  31.28 
 
 
239 aa  101  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  30.39 
 
 
231 aa  101  1e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0109  transcriptional regulator, GntR family  32.84 
 
 
229 aa  100  1e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.140287 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1267  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 
235 aa  100  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  33.84 
 
 
222 aa  100  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1538  transcriptional regulator, GntR family  31.25 
 
 
242 aa  100  3e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0494418 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  31.55 
 
 
233 aa  99  5e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 
227 aa  99  5e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 
233 aa  97.8  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 
227 aa  97.8  1e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  31.16 
 
 
226 aa  97.8  1e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  34.76 
 
 
233 aa  97.4  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  36.9 
 
 
219 aa  96.7  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
222 aa  96.3  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  30.86 
 
 
229 aa  96.3  3e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  32.87 
 
 
232 aa  96.7  3e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  31.37 
 
 
223 aa  96.3  3e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  32.24 
 
 
237 aa  96.3  4e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  30.29 
 
 
229 aa  94.4  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 
219 aa  94.4  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  29.32 
 
 
229 aa  94.7  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  29.8 
 
 
222 aa  94  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3004  transcriptional regulator  36.26 
 
 
218 aa  94  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.729807  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  29.8 
 
 
211 aa  93.6  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  32.29 
 
 
231 aa  93.2  3e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1060  GntR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
223 aa  93.2  3e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  31.78 
 
 
234 aa  92.8  4e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  29.23 
 
 
223 aa  92  7e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  32.38 
 
 
251 aa  92  7e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  28.91 
 
 
231 aa  92  7e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  30.32 
 
 
223 aa  91.7  8e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  29.84 
 
 
223 aa  91.7  9e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  30.66 
 
 
239 aa  91.3  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1252  transcriptional regulator, GntR family  31.55 
 
 
232 aa  91.3  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.148319  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  32.61 
 
 
227 aa  90.5  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  30.93 
 
 
211 aa  90.1  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3094  transcriptional regulator, GntR family  31.56 
 
 
233 aa  90.9  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00936803  normal  0.247599 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5170  transcriptional regulator, GntR family  29.44 
 
 
269 aa  90.1  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
224 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0233  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 
219 aa  90.1  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
232 aa  90.5  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  33.86 
 
 
256 aa  89.7  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
248 aa  89.4  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  32.21 
 
 
255 aa  89.4  4e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  36.22 
 
 
229 aa  89.4  4e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  32.21 
 
 
255 aa  89.4  4e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2126  transcriptional regulator, GntR family  31.79 
 
 
215 aa  89  5e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199216  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0150  transcriptional regulator, GntR family  32.16 
 
 
209 aa  89.4  5e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.80263  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  32.21 
 
 
258 aa  89.4  5e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 
233 aa  88.6  7e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  31.03 
 
 
230 aa  88.6  8e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0568  GntR family transcriptional regulator  28.3 
 
 
396 aa  88.2  9e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  31.73 
 
 
262 aa  88.2  9e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0180  transcriptional regulator, GntR family  32.99 
 
 
217 aa  88.2  9e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0673  GntR family transcriptional regulator  29.86 
 
 
233 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.990367 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>