88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2324 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2194  exonuclease-like protein  52.02 
 
 		 855 aa  751    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.759403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2897  hypothetical protein  52.12 
 
 		 846 aa  747    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2264  exonuclease-like  51.42 
 
 		 856 aa  724    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2356  exonuclease-like protein  53.33 
 
 		 856 aa  738    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1502  exonuclease-like protein  53.09 
 
 		 856 aa  733    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2324  exonuclease-like protein  100 
 
 		 864 aa  1717    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.884454  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2640  hypothetical protein  51.73 
 
 		 883 aa  707    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0600209  normal  0.0102086 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0647  hypothetical protein  50.34 
 
 		 940 aa  585  1.0000000000000001e-165  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.34885  normal  0.818335 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1284  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  37.88 
 
 		 915 aa  383  1e-105  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.155997 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1125  hypothetical protein  35.25 
 
 		 947 aa  264  4e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.290097 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1033  hypothetical protein  34.92 
 
 		 951 aa  261  3e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.187389  normal  0.358259 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1189  hypothetical protein  34.72 
 
 		 962 aa  259  1e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2132  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit B  34.25 
 
 		 976 aa  244  7e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.687537 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2115  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  31.69 
 
 		 957 aa  236  2.0000000000000002e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0034  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  35.45 
 
 		 836 aa  213  1e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0563603 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0640  inactivated superfamily I helicase-like protein  26.95 
 
 		 991 aa  166  2.0000000000000002e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1306  hypothetical protein  28.34 
 
 		 994 aa  164  1e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.791013  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1280  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  29.41 
 
 		 958 aa  136  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2795  putative helicase/exonuclease  27.69 
 
 		 980 aa  91.7  5e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1998  helicase  28.18 
 
 		 993 aa  82  0.00000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.138335  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2952  exonuclease-like protein  26.89 
 
 		 1000 aa  75.1  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.034558  normal  0.0831314 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0158  helicase  26.77 
 
 		 991 aa  73.2  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.233932  normal  0.795485 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1709  hypothetical protein  25.97 
 
 		 896 aa  68.9  0.0000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000066453  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1525  putative helicase/exonuclease  27.44 
 
 		 997 aa  67  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.873687  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0177  putative helicase/exonuclease  27.22 
 
 		 997 aa  66.2  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.169187  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00780  hypothetical protein  28.51 
 
 		 990 aa  65.5  0.000000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4065  hypothetical protein  30.14 
 
 		 986 aa  63.5  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.633062  normal  0.255669 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0628  hypothetical protein  30.92 
 
 		 1048 aa  63.9  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.397412  normal  0.357504 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2019  double-strand break repair protein AddB  34.5 
 
 		 1052 aa  63.5  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2102  hypothetical protein  34.5 
 
 		 1052 aa  63.5  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0085  hypothetical protein  34.42 
 
 		 1016 aa  62  0.00000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.604328 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0818  double-strand break repair protein AddB  28.37 
 
 		 1052 aa  61.6  0.00000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1392  hypothetical protein  20.71 
 
 		 803 aa  61.6  0.00000007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0467  hypothetical protein  29.87 
 
 		 912 aa  61.2  0.00000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0203  hypothetical protein  29.29 
 
 		 1049 aa  60.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.587798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5094  double-strand break repair protein AddB  31.28 
 
 		 1054 aa  60.8  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.145083 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0645  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  28.51 
 
 		 989 aa  58.2  0.0000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1156  hypothetical protein  28.04 
 
 		 865 aa  57  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0987  hypothetical protein  28.3 
 
 		 911 aa  55.5  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000754464  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0722  hypothetical protein  28.25 
 
 		 930 aa  55.8  0.000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.851206  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3437  double-strand break repair helicase AddB  26.69 
 
 		 988 aa  55.1  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2680  double-strand break repair protein AddB  25.13 
 
 		 991 aa  55.1  0.000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1608  double-strand break repair protein AddB  24.77 
 
 		 1037 aa  53.9  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.62778  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0735  hypothetical protein  20.91 
 
 		 781 aa  52.8  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0912  hypothetical protein  22.83 
 
 		 890 aa  53.5  0.00002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.216262  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4953  double-strand break repair protein AddB  24.13 
 
 		 1045 aa  52.8  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.28213  normal  0.220152 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0491  double-strand break repair protein AddB  25.04 
 
 		 1040 aa  52.4  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465819 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2174  double-strand break repair protein AddB  31.15 
 
 		 1076 aa  52.4  0.00004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.229976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0137  double-strand break repair protein AddB  28.57 
 
 		 1001 aa  52.4  0.00004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0088  hypothetical protein  20.41 
 
 		 781 aa  52  0.00005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.217564  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1287  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  24.48 
 
 		 994 aa  51.2  0.00009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0078  double-strand break repair protein AddB  29.7 
 
 		 1049 aa  50.4  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1816  hypothetical protein  27.14 
 
 		 280 aa  50.4  0.0001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3243  double-strand break repair protein AddB  27.59 
 
 		 1059 aa  50.4  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0085  UvrD/REP helicase  24.69 
 
 		 1016 aa  50.4  0.0001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.60174  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1296  double-strand break repair protein AddB  33.94 
 
 		 1014 aa  50.1  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.862539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0089  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  28.27 
 
 		 1048 aa  49.7  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.476876 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2513  ATP-dependent nuclease subunit B-like  31.61 
 
 		 1029 aa  50.1  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.260712  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3621  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  27.78 
 
 		 906 aa  49.7  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.221768  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1911  hypothetical protein  22.04 
 
 		 780 aa  49.7  0.0002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13225  ATP-dependent DNA helicase  24.11 
 
 		 1055 aa  49.3  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3435  hypothetical protein  30.99 
 
 		 1018 aa  49.3  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06610  RecB family exonuclease  29.12 
 
 		 286 aa  48.9  0.0004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1243  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  28.33 
 
 		 968 aa  48.9  0.0004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0167838  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4903  double-strand break repair protein AddB  27.33 
 
 		 1047 aa  48.5  0.0005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.402113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3960  double-strand break repair protein AddB  31.05 
 
 		 1064 aa  47.8  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4439  double-strand break repair protein AddB  27.33 
 
 		 1047 aa  47.8  0.0009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.522195  normal  0.331635 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1562  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  28.49 
 
 		 957 aa  47.8  0.0009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0625  UvrD/REP helicase  26.15 
 
 		 1019 aa  47.4  0.001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.243128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1356  double-strand break repair protein AddB  26.29 
 
 		 1047 aa  47.4  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3299  double-strand break repair protein AddB  31.32 
 
 		 1015 aa  46.6  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3749  UvrD/REP helicase  28.85 
 
 		 1144 aa  46.2  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.612436  normal  0.203306 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1499  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  23.89 
 
 		 1049 aa  46.6  0.002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2833  ATP-dependent nuclease subunit B  24.91 
 
 		 1218 aa  46.6  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0972  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  23.53 
 
 		 916 aa  46.2  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00798755 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1374  hypothetical protein  21.87 
 
 		 862 aa  46.2  0.003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000886385  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1314  ATP-dependent nuclease subunit B  21.87 
 
 		 872 aa  45.8  0.003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.00191673  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0057  hypothetical protein  25.89 
 
 		 1049 aa  45.8  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0479  ATP-dependent nuclease subunit B-like  24.25 
 
 		 908 aa  45.8  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.236866  hitchhiker  0.000840779 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08480  RecB family exonuclease  25.5 
 
 		 889 aa  45.4  0.004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.198348 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0385  hypothetical protein  18.9 
 
 		 786 aa  45.8  0.004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.412498  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3583  hypothetical protein  20.99 
 
 		 853 aa  45.8  0.004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0256387  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0593  exonuclease-like protein  23.67 
 
 		 379 aa  45.1  0.006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0865179  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0821  hypothetical protein  31.72 
 
 		 279 aa  45.1  0.006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00000666708  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0386  hypothetical protein  29.03 
 
 		 1042 aa  45.1  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3822  UvrD/REP helicase  29.55 
 
 		 1060 aa  45.1  0.007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0180671  hitchhiker  0.00809927 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0765  hypothetical protein  27.79 
 
 		 1100 aa  44.7  0.008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166845 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4131  UvrD/REP helicase  29.86 
 
 		 1096 aa  44.3  0.01  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.81155  normal  0.92786 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>