More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_1446 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 332 aa  665    Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  62.7 
 
 		 317 aa  357  9.999999999999999e-98  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  57.99 
 
 		 318 aa  344  8.999999999999999e-94  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  56.49 
 
 		 327 aa  329  5.0000000000000004e-89  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  57.46 
 
 		 360 aa  325  8.000000000000001e-88  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  53.87 
 
 		 318 aa  295  6e-79  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  54.93 
 
 		 335 aa  295  8e-79  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  55.34 
 
 		 316 aa  295  9e-79  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  51.54 
 
 		 327 aa  288  8e-77  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  52.01 
 
 		 333 aa  288  9e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  50.78 
 
 		 318 aa  270  2.9999999999999997e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  46.67 
 
 		 313 aa  253  3e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  46.67 
 
 		 324 aa  251  1e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 317 aa  246  4e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  50 
 
 		 332 aa  243  3.9999999999999997e-63  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  43.67 
 
 		 317 aa  240  2.9999999999999997e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.53 
 
 		 313 aa  237  2e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  43.04 
 
 		 317 aa  237  2e-61  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  43.04 
 
 		 317 aa  237  2e-61  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 319 aa  236  5.0000000000000005e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.2 
 
 		 317 aa  232  6e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.53 
 
 		 324 aa  231  1e-59  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.16 
 
 		 339 aa  231  1e-59  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.33 
 
 		 317 aa  230  3e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 322 aa  229  5e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  45.11 
 
 		 322 aa  229  7e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  47.35 
 
 		 337 aa  227  2e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  43.85 
 
 		 319 aa  227  2e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.97 
 
 		 329 aa  223  4.9999999999999996e-57  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  46.08 
 
 		 320 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.71 
 
 		 327 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.21 
 
 		 334 aa  219  7e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  45.79 
 
 		 320 aa  216  4e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  48.7 
 
 		 314 aa  215  7e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.12 
 
 		 325 aa  211  1e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.96 
 
 		 322 aa  210  2e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.54 
 
 		 334 aa  211  2e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  43.83 
 
 		 332 aa  210  3e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.23 
 
 		 320 aa  209  4e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.02 
 
 		 324 aa  207  3e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.95 
 
 		 320 aa  206  3e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.24 
 
 		 318 aa  206  6e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.86 
 
 		 334 aa  206  7e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  45.3 
 
 		 327 aa  203  3e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.19 
 
 		 336 aa  204  3e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2870  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.51 
 
 		 326 aa  200  1.9999999999999998e-50  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.308782  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3293  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.73 
 
 		 327 aa  199  7e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0990426  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.12 
 
 		 337 aa  195  8.000000000000001e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.46 
 
 		 335 aa  195  1e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.77 
 
 		 320 aa  191  2e-47  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.96 
 
 		 322 aa  191  2e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41 
 
 		 325 aa  181  2e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.02 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.5 
 
 		 339 aa  156  4e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.64 
 
 		 337 aa  146  5e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2888  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.58 
 
 		 317 aa  145  7.0000000000000006e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00647609 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  36.2 
 
 		 318 aa  143  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.84 
 
 		 339 aa  136  5e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3440  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.76 
 
 		 336 aa  136  6.0000000000000005e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000171457  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.8 
 
 		 324 aa  135  9.999999999999999e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  40.1 
 
 		 238 aa  131  2.0000000000000002e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  35.8 
 
 		 323 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00443  repressor  34.46 
 
 		 322 aa  122  7e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0287725  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  31.58 
 
 		 316 aa  122  8e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.83 
 
 		 321 aa  122  8e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.19 
 
 		 317 aa  119  6e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.91 
 
 		 333 aa  113  4.0000000000000004e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  32.3 
 
 		 323 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.63 
 
 		 319 aa  106  6e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0743  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.38 
 
 		 328 aa  102  8e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.73 
 
 		 321 aa  97.8  2e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.1 
 
 		 229 aa  97.8  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  29.32 
 
 		 333 aa  95.9  8e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.32 
 
 		 326 aa  94.4  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.8 
 
 		 228 aa  94.4  3e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  25.3 
 
 		 311 aa  92.4  9e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.71 
 
 		 316 aa  91.3  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2577  DeoR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 238 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  30.05 
 
 		 228 aa  90.5  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3821  hypothetical protein  33.8 
 
 		 232 aa  88.6  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 231 aa  89  1e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2105  hypothetical protein  31.02 
 
 		 228 aa  88.2  2e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2094  hypothetical protein  31.02 
 
 		 228 aa  88.2  2e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  33.33 
 
 		 237 aa  87.4  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2992  helix-turn-helix, type 11  32.16 
 
 		 252 aa  86.3  7e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2425  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.25 
 
 		 245 aa  85.9  8e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0915708 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.08 
 
 		 229 aa  85.9  8e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1799  helix-turn-helix, type 11  32.26 
 
 		 229 aa  85.5  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000591723  normal  0.0198726 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.83 
 
 		 313 aa  85.1  0.000000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0831  transcriptional regulator-like  33.49 
 
 		 244 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0455803 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0554  TonB-dependent receptor  30.3 
 
 		 234 aa  84.7  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.665291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.44 
 
 		 336 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.6 
 
 		 242 aa  84.3  0.000000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2026  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.6 
 
 		 245 aa  84  0.000000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.826373  normal  0.365081 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0104  hypothetical protein  32.51 
 
 		 230 aa  84  0.000000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3553  helix-turn-helix, type 11  28.18 
 
 		 238 aa  84  0.000000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2368  helix-turn-helix, type 11  31.73 
 
 		 231 aa  83.6  0.000000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.150063 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.38 
 
 		 232 aa  83.2  0.000000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5977  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.41 
 
 		 231 aa  83.2  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  28.27 
 
 		 230 aa  82.8  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>