More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_3957 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 322 aa  661    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  81.39 
 
 		 318 aa  545  1e-154  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  77.12 
 
 		 320 aa  523  1e-147  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  75.71 
 
 		 323 aa  514  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  74.76 
 
 		 323 aa  510  1e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  75 
 
 		 330 aa  501  1e-141  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  76.03 
 
 		 323 aa  498  1e-140  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  76.34 
 
 		 323 aa  499  1e-140  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  75.71 
 
 		 323 aa  496  1e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  75.56 
 
 		 319 aa  488  1e-137  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  75.56 
 
 		 319 aa  489  1e-137  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  73.04 
 
 		 327 aa  488  1e-137  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  75.56 
 
 		 319 aa  486  1e-136  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  70.81 
 
 		 322 aa  486  1e-136  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  73.9 
 
 		 321 aa  476  1e-133  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  67.19 
 
 		 326 aa  427  1e-118  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  67.84 
 
 		 285 aa  416  9.999999999999999e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  47.25 
 
 		 327 aa  295  6e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  45.69 
 
 		 323 aa  278  8e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  47.57 
 
 		 321 aa  277  2e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  45.37 
 
 		 313 aa  276  4e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  42.99 
 
 		 311 aa  251  1e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  42.99 
 
 		 311 aa  251  1e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 313 aa  251  1e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 313 aa  250  2e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 313 aa  250  2e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  42.95 
 
 		 313 aa  250  3e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 313 aa  250  3e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 311 aa  249  4e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 306 aa  231  1e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  42.63 
 
 		 310 aa  230  3e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  42.43 
 
 		 314 aa  223  3e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  42.39 
 
 		 335 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 321 aa  206  6e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  46.36 
 
 		 243 aa  186  7e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  33.55 
 
 		 309 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  35.6 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  35.53 
 
 		 313 aa  167  2.9999999999999998e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2409  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 306 aa  163  3e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2285  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000341943  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  31.78 
 
 		 314 aa  159  8e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2402  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 306 aa  159  9e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.298095  unclonable  0.0000087148 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  34.48 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 318 aa  156  4e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3586  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.28 
 
 		 321 aa  155  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4078  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.89 
 
 		 319 aa  155  1e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3945  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 315 aa  154  1e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  32.69 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0266  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0296308 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5142  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.55 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.276657 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03595  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.55 
 
 		 319 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4283  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.55 
 
 		 319 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4020  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.59 
 
 		 321 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4211  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.55 
 
 		 319 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03539  hypothetical protein  32.55 
 
 		 319 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4220  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.55 
 
 		 319 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 342 aa  153  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3925  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.55 
 
 		 319 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4256  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 319 aa  153  4e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4129  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33 
 
 		 319 aa  153  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.176556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4057  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33 
 
 		 319 aa  153  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.873373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4072  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33 
 
 		 319 aa  153  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  30.84 
 
 		 316 aa  153  4e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4236  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33 
 
 		 319 aa  153  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.253513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  31.55 
 
 		 341 aa  151  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4179  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.67 
 
 		 319 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 297 aa  150  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 323 aa  150  4e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 297 aa  150  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 301 aa  149  5e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0274  LysR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 323 aa  149  5e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  30.23 
 
 		 300 aa  149  8e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  31.55 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 432 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  30.94 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 314 aa  147  3e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 318 aa  147  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1755  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 317 aa  147  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 299 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  34.94 
 
 		 298 aa  146  5e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 310 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0265  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 312 aa  144  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318169 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1318  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001149  putative LysR-family transcriptional regulator YidZ  34.07 
 
 		 322 aa  144  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0365295  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0925  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 323 aa  144  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  29.39 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 298 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  32.36 
 
 		 310 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 306 aa  143  3e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 316 aa  142  6e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 329 aa  142  9.999999999999999e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 298 aa  142  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>