More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3749 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3749  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 340 aa  665    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4041  hypothetical protein  48.49 
 
 		 366 aa  282  5.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2533  RND family efflux transporter MFP subunit  42.26 
 
 		 343 aa  212  9e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.66716  normal  0.672833 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0913  hypothetical protein  35.71 
 
 		 338 aa  199  3.9999999999999996e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0882  hypothetical protein  35.12 
 
 		 338 aa  196  7e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2977  RND family efflux transporter MFP subunit  33.22 
 
 		 401 aa  130  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.540318  normal  0.494242 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  30.2 
 
 		 360 aa  104  2e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0558  secretion protein HlyD  30 
 
 		 360 aa  104  3e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.177986  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0431  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.68 
 
 		 368 aa  104  3e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0949  RND family efflux transporter MFP subunit  29.97 
 
 		 390 aa  100  4e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01077  HlyD family secretion protein  27.13 
 
 		 376 aa  100  4e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1621  secretion protein HlyD  27.44 
 
 		 407 aa  99  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3461  secretion protein HlyD  29.48 
 
 		 384 aa  97.8  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1515  RND family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 		 405 aa  98.2  2e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0463  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.54 
 
 		 414 aa  97.4  3e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0480  RND family efflux transporter MFP subunit  27.36 
 
 		 363 aa  97.1  4e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.04 
 
 		 360 aa  95.9  9e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0769  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.62 
 
 		 322 aa  95.1  1e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.100875  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.87 
 
 		 453 aa  95.1  2e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13031  membrane fusion protein  25.57 
 
 		 353 aa  94.4  3e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.560639  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  30.88 
 
 		 376 aa  94  4e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.96 
 
 		 350 aa  93.2  6e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000250075  normal  0.807389 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_13281  membrane fusion protein  24.27 
 
 		 353 aa  92.8  8e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.403546  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.28 
 
 		 361 aa  92  1e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1235  secretion protein HlyD  24.62 
 
 		 353 aa  91.3  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.681968  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.44 
 
 		 360 aa  90.9  3e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0336  secretion protein HlyD  30.51 
 
 		 324 aa  90.5  4e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0816826  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3379  RND family efflux transporter MFP subunit  28.12 
 
 		 409 aa  90.5  4e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.189038 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  28.25 
 
 		 349 aa  90.1  5e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_13141  membrane fusion protein  23.95 
 
 		 353 aa  90.1  5e-17  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  24.01 
 
 		 368 aa  89.4  8e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  26.04 
 
 		 351 aa  88.6  1e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3408  RND family efflux transporter MFP subunit  26.89 
 
 		 389 aa  88.6  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0128497  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  26.04 
 
 		 351 aa  89  1e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1945  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.4 
 
 		 322 aa  89  1e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0549  secretion protein HlyD  28.35 
 
 		 407 aa  87.8  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  24.75 
 
 		 372 aa  87.8  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3475  secretion protein HlyD-like protein  23.64 
 
 		 373 aa  87.4  3e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.555415 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  27.07 
 
 		 354 aa  87  4e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.6 
 
 		 390 aa  87  4e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  24.42 
 
 		 372 aa  86.7  6e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4431  RND family efflux transporter MFP subunit  33.53 
 
 		 683 aa  86.7  6e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0105  RND family efflux transporter MFP subunit  24 
 
 		 348 aa  85.9  8e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1634  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.88 
 
 		 417 aa  85.9  9e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0747  secretion protein HlyD  26.45 
 
 		 357 aa  85.1  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.554021  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  24.16 
 
 		 368 aa  85.5  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0364  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.93 
 
 		 362 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  23.38 
 
 		 367 aa  85.5  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  24.86 
 
 		 400 aa  85.5  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.57 
 
 		 363 aa  84.7  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3445  RND family efflux transporter MFP subunit  28.17 
 
 		 401 aa  84.7  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.655677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.57 
 
 		 363 aa  84.7  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0621  RND family efflux transporter MFP subunit  30.03 
 
 		 311 aa  85.1  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000387759  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2938  RND family efflux transporter MFP subunit  27.3 
 
 		 444 aa  84.7  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1549  RND family efflux transporter MFP subunit  27.49 
 
 		 402 aa  84.3  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  31.45 
 
 		 381 aa  84  0.000000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  23.58 
 
 		 354 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3412  secretion protein HlyD  28.18 
 
 		 443 aa  84  0.000000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0866166  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1023  RND family efflux transporter MFP subunit  28.72 
 
 		 378 aa  84  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.866452  normal  0.121232 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  33.1 
 
 		 363 aa  84  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  24.14 
 
 		 354 aa  84  0.000000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  25.81 
 
 		 392 aa  83.2  0.000000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0950  secretion protein HlyD  27.4 
 
 		 384 aa  83.6  0.000000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.57805  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  29.39 
 
 		 365 aa  83.6  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  26.21 
 
 		 366 aa  83.2  0.000000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4428  RND family efflux transporter MFP subunit  24.2 
 
 		 349 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0322  RND family efflux transporter MFP subunit  29.59 
 
 		 353 aa  83.2  0.000000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0619651 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  28 
 
 		 390 aa  83.2  0.000000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1044  RND family efflux transporter MFP subunit  28.42 
 
 		 361 aa  83.2  0.000000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0011899  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  28.41 
 
 		 360 aa  82.8  0.000000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.87 
 
 		 357 aa  82.8  0.000000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  23.58 
 
 		 354 aa  82.8  0.000000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.39 
 
 		 368 aa  82.4  0.000000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  26.75 
 
 		 397 aa  82.4  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  26.52 
 
 		 354 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.58 
 
 		 354 aa  82  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2284  secretion protein HlyD  28.36 
 
 		 403 aa  82.4  0.00000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.831641  normal  0.154042 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5358  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.48 
 
 		 396 aa  82  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0225  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.53 
 
 		 347 aa  82  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.175978  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  23.58 
 
 		 354 aa  82  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3561  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.96 
 
 		 420 aa  82.4  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.306068  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4288  RND family efflux transporter MFP subunit  25.16 
 
 		 349 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.09 
 
 		 380 aa  81.3  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0112  RND family efflux transporter MFP subunit  23.78 
 
 		 349 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  29.78 
 
 		 354 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.65 
 
 		 351 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15871  membrane fusion protein  24.29 
 
 		 357 aa  81.6  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1145  hypothetical protein  26.71 
 
 		 371 aa  81.6  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  24.3 
 
 		 358 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0883  RND family efflux transporter MFP subunit  30.59 
 
 		 363 aa  81.6  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1840  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.93 
 
 		 365 aa  81.6  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.772932 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0096  putative macrolide-specific efflux protein MacA  23.73 
 
 		 399 aa  81.3  0.00000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  23.58 
 
 		 354 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0495  secretion protein HlyD  30.3 
 
 		 323 aa  80.9  0.00000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2237  secretion protein HlyD  28.37 
 
 		 377 aa  80.9  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  25.49 
 
 		 384 aa  80.9  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  23.31 
 
 		 368 aa  81.3  0.00000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  28.74 
 
 		 374 aa  81.3  0.00000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1672  RND family efflux transporter MFP subunit  24.07 
 
 		 429 aa  80.9  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5381  RND family efflux transporter MFP subunit  29.38 
 
 		 364 aa  80.5  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.996751  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>