90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2779 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2779  amino acid ABC transporter  100 
 
 		 269 aa  550  1e-156  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3508  amino acid ABC transporter  62.04 
 
 		 250 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1026  amino acid ABC transporter  51.1 
 
 		 270 aa  246  3e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1070  extracellular solute-binding protein  45.21 
 
 		 272 aa  243  3e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000162274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1142  extracellular solute-binding protein  44.83 
 
 		 272 aa  242  3.9999999999999997e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000284369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1182  extracellular solute-binding protein family 3  46.43 
 
 		 274 aa  242  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1074  extracellular solute-binding protein  47.04 
 
 		 272 aa  242  3.9999999999999997e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3191  extracellular solute-binding protein  46.43 
 
 		 274 aa  242  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3185  extracellular solute-binding protein  46.43 
 
 		 274 aa  242  5e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3329  extracellular solute-binding protein  46.43 
 
 		 274 aa  241  1e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3338  amino acid ABC transporter  61.11 
 
 		 260 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  52.49 
 
 		 303 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1260  amino acid ABC transporter  49.77 
 
 		 273 aa  234  9e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1008  amino acid ABC transporter  44.76 
 
 		 259 aa  225  6e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2795  extracellular solute-binding protein  48.89 
 
 		 271 aa  207  2e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4388  amino acid ABC transporter  33.72 
 
 		 259 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000078049 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69590  putative ABC-type amino acid transporter  26.81 
 
 		 293 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.233272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6012  putative lipoprotein  24.8 
 
 		 255 aa  85.5  8e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  27.1 
 
 		 270 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  24.08 
 
 		 252 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0574  putative cation efflux protein  26.52 
 
 		 243 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0793473  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  23.44 
 
 		 262 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.11 
 
 		 265 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  24.02 
 
 		 262 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  23.05 
 
 		 262 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2337  extracellular solute-binding protein  27.75 
 
 		 258 aa  63.2  0.000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.329158  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3293  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.51 
 
 		 263 aa  61.6  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000280664 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 		 269 aa  61.6  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  23.83 
 
 		 262 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  27.88 
 
 		 264 aa  60.1  0.00000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  27.23 
 
 		 262 aa  59.3  0.00000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1295  hypothetical protein  27.17 
 
 		 239 aa  59.3  0.00000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.634955  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  26.19 
 
 		 252 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  24.51 
 
 		 262 aa  57.8  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4230  hypothetical protein  22.22 
 
 		 247 aa  57.8  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  23.96 
 
 		 247 aa  57  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.89 
 
 		 243 aa  56.2  0.0000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4365  hypothetical protein  22.67 
 
 		 247 aa  56.2  0.0000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4158  extracellular solute-binding protein family 3  22.97 
 
 		 247 aa  56.2  0.0000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  23.79 
 
 		 258 aa  55.8  0.0000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  24 
 
 		 245 aa  52.8  0.000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  24.24 
 
 		 247 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  23.5 
 
 		 297 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0556  hypothetical protein  22.07 
 
 		 247 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0388  hypothetical protein  24.02 
 
 		 274 aa  51.2  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.333934 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  24.03 
 
 		 264 aa  50.4  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  21.92 
 
 		 258 aa  50.8  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  24.91 
 
 		 264 aa  50.1  0.00004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.51 
 
 		 251 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  21.78 
 
 		 270 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  24.45 
 
 		 264 aa  49.7  0.00006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  24.34 
 
 		 251 aa  49.3  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  22.75 
 
 		 253 aa  49.3  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  22.37 
 
 		 288 aa  48.9  0.00008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  23.96 
 
 		 298 aa  48.9  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3539  ABC transporter periplasmic-binding protein  25.11 
 
 		 277 aa  48.9  0.00009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  26.52 
 
 		 264 aa  48.9  0.00009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  21.55 
 
 		 245 aa  48.9  0.00009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  25.38 
 
 		 264 aa  48.5  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  25.19 
 
 		 264 aa  48.1  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0521  hypothetical protein  21.62 
 
 		 247 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.282401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  25.19 
 
 		 264 aa  48.1  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2551  extracellular solute-binding protein  22.33 
 
 		 272 aa  48.5  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03697  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.48 
 
 		 675 aa  48.1  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.65 
 
 		 245 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  25.19 
 
 		 264 aa  47.8  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4441  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.37 
 
 		 259 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1583  ABC transporter periplasmic-binding protein  22.17 
 
 		 253 aa  47  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0436102  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  22.79 
 
 		 246 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1176  extracellular solute-binding protein family 3  20.33 
 
 		 312 aa  46.2  0.0006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.975063 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  22.55 
 
 		 232 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  22.67 
 
 		 243 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2034  extracellular solute-binding protein  23.47 
 
 		 260 aa  45.8  0.0008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.530629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2944  hypothetical protein  23.73 
 
 		 246 aa  45.8  0.0008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0342  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.32 
 
 		 247 aa  44.7  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.649622  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  22.17 
 
 		 251 aa  45.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0567  hypothetical protein  20.54 
 
 		 247 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.230648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4360  hypothetical protein  25.49 
 
 		 264 aa  44.3  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.519402  hitchhiker  0.0094359 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  23.35 
 
 		 259 aa  44.7  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  22.13 
 
 		 245 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3729  periplasmic amino acid-binding protein-related protein  22.96 
 
 		 260 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1179  extracellular solute-binding protein family 3  24.79 
 
 		 385 aa  43.9  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3673  putative cation efflux protein  21.67 
 
 		 263 aa  43.5  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1879  ABC transporter  23.32 
 
 		 263 aa  43.1  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  24.77 
 
 		 265 aa  42.7  0.006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1595  extracellular solute-binding protein  23.22 
 
 		 262 aa  42.7  0.006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.614347  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1011  hypothetical protein  25.53 
 
 		 248 aa  42.7  0.007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  20.18 
 
 		 245 aa  42.7  0.007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0969  extracellular solute-binding protein  24.88 
 
 		 255 aa  42.4  0.008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2540  extracellular solute-binding protein  23.26 
 
 		 265 aa  42.4  0.008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>