More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0392 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_4213  putative ferric aerobactin receptor  56.37 
 
 		 721 aa  832    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1496  TonB-dependent receptor  70.61 
 
 		 716 aa  1086    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2885  histidine kinase  61.18 
 
 		 704 aa  888    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000018886  decreased coverage  0.000177766 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1688  TonB-dependent receptor  70.38 
 
 		 710 aa  1042    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00738992  normal  0.0180451 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2402  TonB-dependent receptor, plug  58.55 
 
 		 724 aa  844    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000227129  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0392  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 		 717 aa  1466    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.829697  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1394  TonB-dependent receptor, plug  55.87 
 
 		 713 aa  827    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0833322 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0763  TonB-dependent receptor plug  40.46 
 
 		 783 aa  498  1e-139  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.945699  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0558  TonB-dependent receptor plug  34.94 
 
 		 817 aa  444  1e-123  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000000727933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2840  TonB-dependent siderophore receptor  32.06 
 
 		 849 aa  328  1.0000000000000001e-88  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000068938  normal  0.338102 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0587  hemin uptake system outer membrane receptor  32.29 
 
 		 771 aa  325  2e-87  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.75575  normal  0.678568 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0468  TonB-dependent receptor  30.87 
 
 		 700 aa  300  6e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1430  TonB-dependent receptor  30.77 
 
 		 738 aa  298  3e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06011  hypothetical protein  30.32 
 
 		 713 aa  285  2.0000000000000002e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1820  TonB-dependent receptor  29.66 
 
 		 697 aa  280  6e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000291802  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0286  TonB-dependent receptor  30.38 
 
 		 723 aa  280  6e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000746849  unclonable  0.000000000233468 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1044  TonB-dependent receptor  29.71 
 
 		 721 aa  271  2.9999999999999997e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2941  TonB-dependent receptor  29.99 
 
 		 701 aa  268  2e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.80569  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3733  TonB-dependent receptor  30.34 
 
 		 723 aa  268  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000345554  unclonable  0.000038397 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0286  TonB-dependent receptor  29.95 
 
 		 723 aa  264  4.999999999999999e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000335146  unclonable  0.000000000154672 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2678  TonB-dependent receptor  28.53 
 
 		 704 aa  263  6.999999999999999e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00160385  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0401  TonB-dependent receptor  28.95 
 
 		 723 aa  262  2e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000584805  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0977  TonB-dependent receptor  28.63 
 
 		 718 aa  261  4e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0298  TonB-dependent receptor  27.94 
 
 		 725 aa  258  3e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000594671  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0303  TonB-dependent receptor  27.94 
 
 		 725 aa  258  3e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00017573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0299  TonB-dependent receptor  27.68 
 
 		 725 aa  256  8e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00020356  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0291  TonB-dependent receptor  27.81 
 
 		 725 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000897487  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1522  TonB-dependent receptor  28.34 
 
 		 701 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2145  TonB-dependent receptor  29.73 
 
 		 809 aa  254  4.0000000000000004e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.085277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01762  hypothetical protein  29.03 
 
 		 714 aa  252  2e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46640  siderophore receptor  28.51 
 
 		 813 aa  237  4e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.010692  hitchhiker  0.000000903307 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4019  siderophore receptor  28.44 
 
 		 816 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.752702  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5892  TonB-dependent siderophore receptor  28.94 
 
 		 843 aa  228  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3260  TonB-dependent receptor  27.19 
 
 		 739 aa  224  4e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0279  ferric aerobactin receptor precursor  29.16 
 
 		 723 aa  222  1.9999999999999999e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652222  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1118  TonB-dependent siderophore receptor  26.57 
 
 		 839 aa  214  2.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.220964  normal  0.940906 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0582  TonB-dependent receptor, plug  27.34 
 
 		 709 aa  213  1e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000470025  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3089  TonB-dependent receptor  27.17 
 
 		 758 aa  211  4e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.329983  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0951  TonB-dependent siderophore receptor  27.57 
 
 		 732 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00873  ferric siderophore receptor outer membrane signal peptide protein  27.1 
 
 		 812 aa  198  3e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3178  ferric aerobactin receptor IutA  27.09 
 
 		 733 aa  195  2e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.911837 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0587  TonB-dependent receptor  26.88 
 
 		 753 aa  196  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.210295 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3918  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 		 728 aa  193  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.665207  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4630  ferric aerobactin receptor IutA  27.36 
 
 		 732 aa  192  2e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0075  TonB-dependent receptor  23.32 
 
 		 751 aa  190  7e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.612436  normal  0.5792 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000078  aerobactin siderophore receptor iutA  27.79 
 
 		 723 aa  189  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.709087  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0029  TonB-dependent receptor  26.03 
 
 		 716 aa  189  2e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.241491  normal  0.0713753 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0918  TonB-dependent siderophore receptor  27.56 
 
 		 746 aa  187  6e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0194  TonB-dependent siderophore receptor  26.68 
 
 		 726 aa  177  7e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0233266 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0710  TonB-dependent siderophore receptor  26.68 
 
 		 726 aa  177  9e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0782  TonB-dependent siderophore receptor  26.54 
 
 		 726 aa  173  7.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5381  putative TonB-dependent receptor  26.56 
 
 		 764 aa  171  5e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61850  putative TonB-dependent receptor  26.56 
 
 		 742 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00865386 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0304  TonB-dependent siderophore receptor  24.75 
 
 		 745 aa  163  9e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0244305  normal  0.816396 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1106  TonB-dependent receptor, plug  25.25 
 
 		 755 aa  163  1e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0299  TonB-dependent siderophore receptor  24.61 
 
 		 745 aa  162  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000445581  hitchhiker  0.000163743 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3720  TonB-dependent siderophore receptor  24.33 
 
 		 745 aa  161  4e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00118596  normal  0.0278628 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4423.1  ferric aerobactin receptor  33.45 
 
 		 332 aa  150  9e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1056  TonB-dependent receptor  24.38 
 
 		 698 aa  139  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3544  TonB-dependent siderophore receptor  24.19 
 
 		 808 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2193  TonB-dependent siderophore receptor  24.05 
 
 		 817 aa  122  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.819603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1817  TonB-dependent siderophore receptor  24.72 
 
 		 808 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.673878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2929  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.55 
 
 		 755 aa  103  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.56728  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  22.83 
 
 		 706 aa  92  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  22.96 
 
 		 710 aa  87.8  7e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1741  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26.03 
 
 		 661 aa  86.3  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000016514  normal  0.0458944 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4857  outer membrane heme/hemoglobin receptor ChuA  24.68 
 
 		 660 aa  83.6  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.803267 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3802  outer membrane heme/hemoglobin receptor ChuA  24.2 
 
 		 660 aa  84  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.241464 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2153  TonB-dependent receptor  25.66 
 
 		 828 aa  80.9  0.00000000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.453581  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0570  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  30.31 
 
 		 675 aa  80.5  0.00000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.168599  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0719  TonB-dependent receptor, putative  21.94 
 
 		 747 aa  80.1  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2412  TonB-dependent receptor  24.62 
 
 		 662 aa  79.7  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.115111  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1935  TonB-dependent receptor  24.68 
 
 		 662 aa  77.8  0.0000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00717608  normal  0.914131 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2423  TonB-dependent receptor  24.49 
 
 		 662 aa  77.8  0.0000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.075703  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1358  TonB-dependent receptor, plug  28.74 
 
 		 626 aa  77.4  0.0000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00131062  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1006  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  24.47 
 
 		 759 aa  76.3  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000158  TonB-dependent heme and hemoglobin receptor HutA  20.96 
 
 		 693 aa  76.3  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00497898  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2845  putative TonB-dependent receptor  31.22 
 
 		 715 aa  76.3  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.328029 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  20.3 
 
 		 706 aa  76.3  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  22.15 
 
 		 706 aa  75.9  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1806  TonB-dependent receptor  22.6 
 
 		 649 aa  76.3  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  22.32 
 
 		 706 aa  76.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1043  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  24.73 
 
 		 862 aa  75.9  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  22.15 
 
 		 706 aa  75.5  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4218  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  24.47 
 
 		 862 aa  75.9  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  22.32 
 
 		 706 aa  75.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2341  TonB-dependent receptor  29.44 
 
 		 764 aa  75.9  0.000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  22.02 
 
 		 721 aa  75.5  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1005  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  24.38 
 
 		 862 aa  75.1  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2171  TonB-dependent receptor  22.76 
 
 		 649 aa  74.7  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0934  putative outer membrane receptor  27.31 
 
 		 655 aa  73.9  0.000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0628  TonB-dependent receptor  22.64 
 
 		 688 aa  73.6  0.00000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1237  TonB-dependent receptor  28.41 
 
 		 736 aa  73.2  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2169  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  28.95 
 
 		 694 aa  72.4  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108589 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3638  TonB-dependent receptor, putative  21.85 
 
 		 739 aa  71.2  0.00000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000240989 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2699  TonB-dependent receptor  35.33 
 
 		 886 aa  70.9  0.00000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.475317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2624  TonB-dependent receptor  35.33 
 
 		 886 aa  70.9  0.00000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0750923  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2263  TonB-dependent receptor  32.09 
 
 		 882 aa  70.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.594677  normal  0.894337 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2389  TonB-dependent receptor plug  26.56 
 
 		 615 aa  70.1  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000607441  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1861  TonB-dependent receptor  22.88 
 
 		 653 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0473101  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>