More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1496 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_4213  putative ferric aerobactin receptor  58.53 
 
 		 721 aa  862    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2885  histidine kinase  60.4 
 
 		 704 aa  903    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000018886  decreased coverage  0.000177766 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2402  TonB-dependent receptor, plug  57.4 
 
 		 724 aa  852    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000227129  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1496  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 716 aa  1467    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0392  TonB-dependent receptor, plug  70.61 
 
 		 717 aa  1086    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.829697  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1688  TonB-dependent receptor  73.4 
 
 		 710 aa  1100    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00738992  normal  0.0180451 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1394  TonB-dependent receptor, plug  58.54 
 
 		 713 aa  862    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0833322 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0763  TonB-dependent receptor plug  40.63 
 
 		 783 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.945699  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0558  TonB-dependent receptor plug  36.36 
 
 		 817 aa  439  9.999999999999999e-123  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000000727933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0587  hemin uptake system outer membrane receptor  31.74 
 
 		 771 aa  323  7e-87  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.75575  normal  0.678568 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2840  TonB-dependent siderophore receptor  32.1 
 
 		 849 aa  310  4e-83  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000068938  normal  0.338102 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0468  TonB-dependent receptor  31.85 
 
 		 700 aa  296  6e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06011  hypothetical protein  30.38 
 
 		 713 aa  281  2e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1430  TonB-dependent receptor  31.02 
 
 		 738 aa  279  1e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0286  TonB-dependent receptor  31.7 
 
 		 723 aa  269  1e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000746849  unclonable  0.000000000233468 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1820  TonB-dependent receptor  29.69 
 
 		 697 aa  266  7e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000291802  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2678  TonB-dependent receptor  29.74 
 
 		 704 aa  263  8.999999999999999e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00160385  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1044  TonB-dependent receptor  30.58 
 
 		 721 aa  263  1e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0977  TonB-dependent receptor  29.85 
 
 		 718 aa  259  2e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3733  TonB-dependent receptor  31.44 
 
 		 723 aa  257  6e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000345554  unclonable  0.000038397 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0286  TonB-dependent receptor  31.18 
 
 		 723 aa  255  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000335146  unclonable  0.000000000154672 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2941  TonB-dependent receptor  29.27 
 
 		 701 aa  253  9.000000000000001e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.80569  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01762  hypothetical protein  29.81 
 
 		 714 aa  250  7e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0291  TonB-dependent receptor  31.42 
 
 		 725 aa  250  7e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000897487  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0298  TonB-dependent receptor  31.42 
 
 		 725 aa  249  1e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000594671  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0299  TonB-dependent receptor  31.56 
 
 		 725 aa  249  1e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00020356  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0303  TonB-dependent receptor  31.42 
 
 		 725 aa  249  1e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00017573  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1522  TonB-dependent receptor  28.01 
 
 		 701 aa  244  3e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0401  TonB-dependent receptor  29.18 
 
 		 723 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000584805  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2145  TonB-dependent receptor  29.62 
 
 		 809 aa  233  9e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.085277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0582  TonB-dependent receptor, plug  27.02 
 
 		 709 aa  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000470025  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4019  siderophore receptor  28.99 
 
 		 816 aa  212  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.752702  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0279  ferric aerobactin receptor precursor  27.9 
 
 		 723 aa  211  4e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652222  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46640  siderophore receptor  29.11 
 
 		 813 aa  210  9e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.010692  hitchhiker  0.000000903307 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5892  TonB-dependent siderophore receptor  26.89 
 
 		 843 aa  206  1e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3178  ferric aerobactin receptor IutA  27.26 
 
 		 733 aa  204  5e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.911837 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3260  TonB-dependent receptor  26.57 
 
 		 739 aa  201  5e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1118  TonB-dependent siderophore receptor  25.94 
 
 		 839 aa  198  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.220964  normal  0.940906 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4630  ferric aerobactin receptor IutA  27.3 
 
 		 732 aa  194  7e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0587  TonB-dependent receptor  26.9 
 
 		 753 aa  192  2.9999999999999997e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.210295 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3089  TonB-dependent receptor  26.51 
 
 		 758 aa  189  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.329983  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0951  TonB-dependent siderophore receptor  26.91 
 
 		 732 aa  187  8e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0918  TonB-dependent siderophore receptor  27.42 
 
 		 746 aa  180  9e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3918  TonB-dependent receptor  23.9 
 
 		 728 aa  179  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.665207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5381  putative TonB-dependent receptor  27.53 
 
 		 764 aa  178  3e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61850  putative TonB-dependent receptor  27.65 
 
 		 742 aa  175  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00865386 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0075  TonB-dependent receptor  24.77 
 
 		 751 aa  173  1e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.612436  normal  0.5792 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000078  aerobactin siderophore receptor iutA  26.74 
 
 		 723 aa  172  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.709087  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0029  TonB-dependent receptor  25.82 
 
 		 716 aa  171  3e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.241491  normal  0.0713753 
 
 
-
 
NC_003296  RS00873  ferric siderophore receptor outer membrane signal peptide protein  25.75 
 
 		 812 aa  170  7e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193176  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4423.1  ferric aerobactin receptor  35.89 
 
 		 332 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3720  TonB-dependent siderophore receptor  26.61 
 
 		 745 aa  163  9e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00118596  normal  0.0278628 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0710  TonB-dependent siderophore receptor  25.58 
 
 		 726 aa  162  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0194  TonB-dependent siderophore receptor  25.58 
 
 		 726 aa  161  3e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0233266 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0299  TonB-dependent siderophore receptor  25.81 
 
 		 745 aa  162  3e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000445581  hitchhiker  0.000163743 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0304  TonB-dependent siderophore receptor  26.21 
 
 		 745 aa  161  5e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0244305  normal  0.816396 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0782  TonB-dependent siderophore receptor  25.58 
 
 		 726 aa  160  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1056  TonB-dependent receptor  25.21 
 
 		 698 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1106  TonB-dependent receptor, plug  25.18 
 
 		 755 aa  149  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3544  TonB-dependent siderophore receptor  23 
 
 		 808 aa  111  5e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1817  TonB-dependent siderophore receptor  24.7 
 
 		 808 aa  108  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.673878  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2193  TonB-dependent siderophore receptor  33.04 
 
 		 817 aa  107  8e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.819603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2929  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.17 
 
 		 755 aa  85.9  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.56728  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0570  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  29.59 
 
 		 675 aa  79.7  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.168599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  31.52 
 
 		 618 aa  78.2  0.0000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  21.37 
 
 		 706 aa  77.8  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1237  TonB-dependent receptor  25.81 
 
 		 736 aa  75.5  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  25.1 
 
 		 698 aa  74.7  0.000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  26.96 
 
 		 634 aa  74.3  0.000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0784  TonB-dependent siderophore receptor, putative  30 
 
 		 656 aa  73.9  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0628  TonB-dependent receptor  22.02 
 
 		 688 aa  73.6  0.00000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0963  TonB-dependent receptor  28.82 
 
 		 614 aa  73.2  0.00000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2756  colicin I receptor  31.76 
 
 		 656 aa  72.8  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.35711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1513  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 		 649 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000309269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3503  enterobactin receptor protein  33.7 
 
 		 666 aa  72  0.00000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00217636  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2845  putative TonB-dependent receptor  27.76 
 
 		 715 aa  72  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.328029 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2531  TonB-dependent receptor  27.87 
 
 		 680 aa  72  0.00000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.276329 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2469  TonB-dependent receptor  33.67 
 
 		 891 aa  71.6  0.00000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1266  TonB-dependent receptor  23.22 
 
 		 679 aa  71.2  0.00000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0152296  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2341  TonB-dependent receptor  27.81 
 
 		 764 aa  70.9  0.00000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2751  TonB-dependent receptor plug  30.13 
 
 		 722 aa  70.9  0.00000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.930878  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  21.23 
 
 		 710 aa  70.9  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2412  TonB-dependent receptor  27.53 
 
 		 662 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.115111  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2423  TonB-dependent receptor  29.45 
 
 		 662 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.075703  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4523  enterobactin receptor protein  32.2 
 
 		 663 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0249  TonB-dependent receptor  30.14 
 
 		 688 aa  69.3  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0219  enterobactin receptor protein  32.22 
 
 		 666 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0246836  normal  0.0975103 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0217  enterobactin receptor protein  32.22 
 
 		 666 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000171736  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4241  enterobactin receptor protein  32.22 
 
 		 666 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112255  hitchhiker  0.000515179 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1977  sulfate/thiosulfate import ATP-binding protein CysA 2 (Sulfate-transporting ATPase 2)  32.93 
 
 		 326 aa  70.1  0.0000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1628  TonB-dependent receptor, plug  28.09 
 
 		 680 aa  69.7  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  26.46 
 
 		 839 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0250  TonB-dependent receptor plug  24.11 
 
 		 597 aa  68.9  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  30.45 
 
 		 638 aa  68.9  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  30.61 
 
 		 642 aa  68.9  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  26.4 
 
 		 639 aa  68.9  0.0000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1559  TonB-dependent receptor plug  36.03 
 
 		 706 aa  68.9  0.0000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000264695  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  30.97 
 
 		 659 aa  68.9  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0525  B12 family TonB-dependent receptor  30.04 
 
 		 641 aa  68.6  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5070  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  28.29 
 
 		 762 aa  68.6  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565094  normal  0.157746 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>