More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1118 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS00873  ferric siderophore receptor outer membrane signal peptide protein  64.77 
 
 		 812 aa  1039    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4019  siderophore receptor  65.91 
 
 		 816 aa  1095    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.752702  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5892  TonB-dependent siderophore receptor  58.11 
 
 		 843 aa  942    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1118  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 		 839 aa  1709    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.220964  normal  0.940906 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46640  siderophore receptor  65.65 
 
 		 813 aa  1092    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.010692  hitchhiker  0.000000903307 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2840  TonB-dependent siderophore receptor  40 
 
 		 849 aa  505  1e-141  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000068938  normal  0.338102 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0582  TonB-dependent receptor, plug  40 
 
 		 709 aa  502  1e-140  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000470025  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1430  TonB-dependent receptor  37.33 
 
 		 738 aa  435  1e-120  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3089  TonB-dependent receptor  30.89 
 
 		 758 aa  309  1.0000000000000001e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.329983  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1106  TonB-dependent receptor, plug  31.58 
 
 		 755 aa  301  4e-80  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1820  TonB-dependent receptor  33.1 
 
 		 697 aa  297  5e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000291802  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0075  TonB-dependent receptor  30.93 
 
 		 751 aa  293  9e-78  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.612436  normal  0.5792 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2145  TonB-dependent receptor  30.81 
 
 		 809 aa  276  2.0000000000000002e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.085277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4630  ferric aerobactin receptor IutA  27.38 
 
 		 732 aa  261  3e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0918  TonB-dependent siderophore receptor  27.85 
 
 		 746 aa  258  2e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3178  ferric aerobactin receptor IutA  27.8 
 
 		 733 aa  253  1e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.911837 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0587  hemin uptake system outer membrane receptor  30.2 
 
 		 771 aa  253  1e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.75575  normal  0.678568 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0194  TonB-dependent siderophore receptor  27.31 
 
 		 726 aa  251  3e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0233266 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0782  TonB-dependent siderophore receptor  27.31 
 
 		 726 aa  251  5e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0710  TonB-dependent siderophore receptor  27.31 
 
 		 726 aa  251  5e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0951  TonB-dependent siderophore receptor  28.16 
 
 		 732 aa  250  6e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2193  TonB-dependent siderophore receptor  28.5 
 
 		 817 aa  248  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.819603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3544  TonB-dependent siderophore receptor  28.38 
 
 		 808 aa  246  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1817  TonB-dependent siderophore receptor  28.34 
 
 		 808 aa  243  1e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.673878  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2678  TonB-dependent receptor  29.04 
 
 		 704 aa  234  5e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00160385  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5381  putative TonB-dependent receptor  28.38 
 
 		 764 aa  232  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0977  TonB-dependent receptor  28.09 
 
 		 718 aa  229  2e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61850  putative TonB-dependent receptor  28.18 
 
 		 742 aa  228  4e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00865386 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0299  TonB-dependent siderophore receptor  27.07 
 
 		 745 aa  227  7e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000445581  hitchhiker  0.000163743 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0401  TonB-dependent receptor  26.54 
 
 		 723 aa  227  8e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000584805  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0763  TonB-dependent receptor plug  28.45 
 
 		 783 aa  226  1e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.945699  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0304  TonB-dependent siderophore receptor  26.97 
 
 		 745 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0244305  normal  0.816396 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3720  TonB-dependent siderophore receptor  26.56 
 
 		 745 aa  219  1e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00118596  normal  0.0278628 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0291  TonB-dependent receptor  26.39 
 
 		 725 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000897487  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0298  TonB-dependent receptor  26.39 
 
 		 725 aa  218  4e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000594671  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3733  TonB-dependent receptor  26.82 
 
 		 723 aa  218  5e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000345554  unclonable  0.000038397 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0303  TonB-dependent receptor  26.39 
 
 		 725 aa  217  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00017573  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1522  TonB-dependent receptor  26.41 
 
 		 701 aa  217  7e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0286  TonB-dependent receptor  26.4 
 
 		 723 aa  217  7e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000746849  unclonable  0.000000000233468 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0299  TonB-dependent receptor  26.39 
 
 		 725 aa  216  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00020356  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01762  hypothetical protein  28.33 
 
 		 714 aa  216  9.999999999999999e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0392  TonB-dependent receptor, plug  26.6 
 
 		 717 aa  215  2.9999999999999995e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.829697  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0286  TonB-dependent receptor  26.54 
 
 		 723 aa  214  5.999999999999999e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000335146  unclonable  0.000000000154672 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0279  ferric aerobactin receptor precursor  26.74 
 
 		 723 aa  212  2e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652222  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0468  TonB-dependent receptor  26.21 
 
 		 700 aa  210  9e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0558  TonB-dependent receptor plug  28.07 
 
 		 817 aa  207  5e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000000727933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1394  TonB-dependent receptor, plug  27.14 
 
 		 713 aa  205  2e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0833322 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2941  TonB-dependent receptor  25.28 
 
 		 701 aa  204  4e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.80569  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1688  TonB-dependent receptor  25.37 
 
 		 710 aa  204  5e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00738992  normal  0.0180451 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1496  TonB-dependent receptor  25.9 
 
 		 716 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000078  aerobactin siderophore receptor iutA  25.64 
 
 		 723 aa  192  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.709087  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1044  TonB-dependent receptor  25.7 
 
 		 721 aa  192  2.9999999999999997e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2402  TonB-dependent receptor, plug  26.51 
 
 		 724 aa  187  5e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000227129  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4213  putative ferric aerobactin receptor  24.16 
 
 		 721 aa  186  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2885  histidine kinase  27.05 
 
 		 704 aa  185  3e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000018886  decreased coverage  0.000177766 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1056  TonB-dependent receptor  24.73 
 
 		 698 aa  184  9.000000000000001e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3260  TonB-dependent receptor  26.2 
 
 		 739 aa  176  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06011  hypothetical protein  25.71 
 
 		 713 aa  175  2.9999999999999996e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3918  TonB-dependent receptor  25.82 
 
 		 728 aa  166  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.665207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0029  TonB-dependent receptor  25.44 
 
 		 716 aa  158  5.0000000000000005e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.241491  normal  0.0713753 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4423.1  ferric aerobactin receptor  29.69 
 
 		 332 aa  143  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0587  TonB-dependent receptor  22.54 
 
 		 753 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.210295 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4379  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor  25 
 
 		 861 aa  110  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.237409 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0897  TonB-dependent siderophore receptor  32.62 
 
 		 809 aa  109  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.448435  normal  0.28892 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1105  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor:TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  23.76 
 
 		 859 aa  107  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3544  TonB-dependent siderophore receptor  32.95 
 
 		 844 aa  103  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.40142  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0867  FecA-like outer membrane receptor  31.56 
 
 		 809 aa  102  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.272294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0911  TonB-dependent siderophore receptor  32.87 
 
 		 809 aa  101  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.11228 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4218  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  27.47 
 
 		 862 aa  97.1  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0885  TonB-dependent siderophore receptor  31.77 
 
 		 794 aa  95.9  3e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.436888  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2920  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor signal peptide protein  22.64 
 
 		 801 aa  95.5  4e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1284  TonB-dependent outer membrane heme receptor  22.53 
 
 		 857 aa  95.1  4e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1988  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 1020 aa  95.1  5e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4311  TonB-dependent siderophore receptor  31.34 
 
 		 809 aa  94.7  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0939329 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3784  TonB-dependent siderophore receptor  32.4 
 
 		 807 aa  94.7  7e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.894959 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1043  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  26.42 
 
 		 862 aa  94.4  8e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1005  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  26.5 
 
 		 862 aa  90.9  8e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4752  TonB-dependent siderophore receptor  32.5 
 
 		 799 aa  88.6  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0186383  normal  0.142458 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4217  outer membrane ferripyoverdine receptor  30.68 
 
 		 812 aa  86.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1585  TonB-dependent siderophore receptor  29.77 
 
 		 828 aa  86.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.927871  normal  0.219293 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2675  TonB-dependent siderophore receptor  28.81 
 
 		 802 aa  84.3  0.000000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  24.86 
 
 		 646 aa  83.6  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1206  TonB-dependent siderophore receptor, putative  28.2 
 
 		 833 aa  82  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.843883  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3124  TonB-dependent receptor  31.48 
 
 		 973 aa  82  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.308275 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0121  TonB-dependent siderophore receptor  28.14 
 
 		 797 aa  81.6  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37490  putative TonB-dependent receptor  29.88 
 
 		 883 aa  80.9  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0134389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  23.41 
 
 		 675 aa  80.5  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5426  outer membrane hemin receptor  24.74 
 
 		 764 aa  79.7  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1449  TonB-dependent siderophore receptor  34 
 
 		 822 aa  79.7  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62350  putative haem/haemoglobin uptake outer membrane receptor PhuR precursor  24.42 
 
 		 764 aa  79.3  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1132  TonB-dependent receptor plug  28.94 
 
 		 930 aa  78.6  0.0000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.746055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3666  TonB-dependent siderophore receptor  29.15 
 
 		 828 aa  78.2  0.0000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.476594 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3699  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  39.07 
 
 		 1186 aa  77.8  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0724462  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1038  TonB-dependent siderophore receptor  27.88 
 
 		 782 aa  77.4  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1848  TonB-dependent siderophore receptor  24.35 
 
 		 826 aa  77  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.817483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  24.73 
 
 		 706 aa  76.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1207  iron(III) dicitrate transport protein fecA  28.25 
 
 		 782 aa  76.6  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  24.6 
 
 		 721 aa  76.6  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  24.69 
 
 		 700 aa  76.6  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0179  TonB-dependent siderophore receptor  26.57 
 
 		 828 aa  76.6  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.267617 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>