121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3918 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_0029  TonB-dependent receptor  70.73 
 
 		 716 aa  1003    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.241491  normal  0.0713753 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3918  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 728 aa  1458    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.665207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2145  TonB-dependent receptor  39.01 
 
 		 809 aa  449  1.0000000000000001e-124  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.085277  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1522  TonB-dependent receptor  35.67 
 
 		 701 aa  439  1e-121  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1044  TonB-dependent receptor  34.94 
 
 		 721 aa  426  1e-118  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2941  TonB-dependent receptor  34.57 
 
 		 701 aa  423  1e-117  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.80569  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0468  TonB-dependent receptor  34.79 
 
 		 700 aa  410  1e-113  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0286  TonB-dependent receptor  33.47 
 
 		 723 aa  390  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000746849  unclonable  0.000000000233468 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0977  TonB-dependent receptor  32.89 
 
 		 718 aa  388  1e-106  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0298  TonB-dependent receptor  33.88 
 
 		 725 aa  383  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000594671  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0401  TonB-dependent receptor  33.69 
 
 		 723 aa  383  1e-105  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000584805  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0303  TonB-dependent receptor  33.88 
 
 		 725 aa  383  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00017573  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2678  TonB-dependent receptor  32.78 
 
 		 704 aa  384  1e-105  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00160385  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0291  TonB-dependent receptor  33.88 
 
 		 725 aa  383  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000897487  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0299  TonB-dependent receptor  33.88 
 
 		 725 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00020356  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0286  TonB-dependent receptor  33.38 
 
 		 723 aa  369  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000335146  unclonable  0.000000000154672 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3733  TonB-dependent receptor  33.2 
 
 		 723 aa  366  1e-99  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000345554  unclonable  0.000038397 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06011  hypothetical protein  33.29 
 
 		 713 aa  360  4e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2840  TonB-dependent siderophore receptor  28.78 
 
 		 849 aa  220  6e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000068938  normal  0.338102 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0763  TonB-dependent receptor plug  28.3 
 
 		 783 aa  212  2e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.945699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2885  histidine kinase  27.3 
 
 		 704 aa  208  3e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000018886  decreased coverage  0.000177766 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1688  TonB-dependent receptor  26.34 
 
 		 710 aa  206  1e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00738992  normal  0.0180451 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4423.1  ferric aerobactin receptor  34.74 
 
 		 332 aa  197  8.000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4213  putative ferric aerobactin receptor  25.13 
 
 		 721 aa  196  2e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0587  hemin uptake system outer membrane receptor  26.7 
 
 		 771 aa  193  1e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.75575  normal  0.678568 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0392  TonB-dependent receptor, plug  26.09 
 
 		 717 aa  193  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.829697  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1394  TonB-dependent receptor, plug  27.01 
 
 		 713 aa  190  7e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0833322 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0558  TonB-dependent receptor plug  25.69 
 
 		 817 aa  183  8.000000000000001e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000000727933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1430  TonB-dependent receptor  26.92 
 
 		 738 aa  179  2e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1496  TonB-dependent receptor  23.9 
 
 		 716 aa  179  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5892  TonB-dependent siderophore receptor  26.38 
 
 		 843 aa  177  7e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2402  TonB-dependent receptor, plug  25.94 
 
 		 724 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000227129  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46640  siderophore receptor  26.69 
 
 		 813 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.010692  hitchhiker  0.000000903307 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1820  TonB-dependent receptor  27.94 
 
 		 697 aa  175  1.9999999999999998e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000291802  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4019  siderophore receptor  26.72 
 
 		 816 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.752702  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3260  TonB-dependent receptor  26.26 
 
 		 739 aa  174  7.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1118  TonB-dependent siderophore receptor  25.82 
 
 		 839 aa  166  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.220964  normal  0.940906 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0075  TonB-dependent receptor  24.38 
 
 		 751 aa  156  1e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.612436  normal  0.5792 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61850  putative TonB-dependent receptor  25.49 
 
 		 742 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00865386 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0582  TonB-dependent receptor, plug  25.68 
 
 		 709 aa  153  8e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000470025  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01762  hypothetical protein  24.23 
 
 		 714 aa  154  8e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4630  ferric aerobactin receptor IutA  24.87 
 
 		 732 aa  153  1e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00873  ferric siderophore receptor outer membrane signal peptide protein  25.56 
 
 		 812 aa  152  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5381  putative TonB-dependent receptor  25.06 
 
 		 764 aa  151  4e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0951  TonB-dependent siderophore receptor  24.47 
 
 		 732 aa  147  7.0000000000000006e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0918  TonB-dependent siderophore receptor  23.87 
 
 		 746 aa  147  8.000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0710  TonB-dependent siderophore receptor  24.29 
 
 		 726 aa  145  4e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0782  TonB-dependent siderophore receptor  24.12 
 
 		 726 aa  144  6e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3178  ferric aerobactin receptor IutA  24.58 
 
 		 733 aa  144  8e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.911837 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0194  TonB-dependent siderophore receptor  24.29 
 
 		 726 aa  142  1.9999999999999998e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0233266 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2193  TonB-dependent siderophore receptor  25.96 
 
 		 817 aa  140  6e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.819603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1817  TonB-dependent siderophore receptor  25.69 
 
 		 808 aa  140  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.673878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3544  TonB-dependent siderophore receptor  25.68 
 
 		 808 aa  138  5e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0279  ferric aerobactin receptor precursor  23.1 
 
 		 723 aa  131  4.0000000000000003e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652222  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3089  TonB-dependent receptor  25.04 
 
 		 758 aa  130  6e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.329983  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0587  TonB-dependent receptor  23.55 
 
 		 753 aa  127  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.210295 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0304  TonB-dependent siderophore receptor  23.05 
 
 		 745 aa  121  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0244305  normal  0.816396 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3720  TonB-dependent siderophore receptor  22.79 
 
 		 745 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00118596  normal  0.0278628 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0299  TonB-dependent siderophore receptor  22.92 
 
 		 745 aa  114  5e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000445581  hitchhiker  0.000163743 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000078  aerobactin siderophore receptor iutA  24.04 
 
 		 723 aa  113  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.709087  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1056  TonB-dependent receptor  23.8 
 
 		 698 aa  112  4.0000000000000004e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1106  TonB-dependent receptor, plug  22.68 
 
 		 755 aa  112  4.0000000000000004e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2280  TonB-dependent siderophore receptor  23.96 
 
 		 742 aa  59.3  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1004  TonB-dependent receptor  33.93 
 
 		 618 aa  57  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0684927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1021  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26.55 
 
 		 696 aa  54.7  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000037848  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0484  TonB-dependent receptor  29.31 
 
 		 723 aa  54.7  0.000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4004  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26.17 
 
 		 681 aa  53.9  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.371484 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0909  putative TonB-dependent receptor  24.62 
 
 		 711 aa  52.8  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.622893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  22.28 
 
 		 722 aa  52.4  0.00003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1053  TonB-dependent receptor  36.09 
 
 		 791 aa  52  0.00004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1424  TonB-dependent siderophore receptor  24.57 
 
 		 710 aa  52  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550485 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0952  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26.18 
 
 		 696 aa  51.6  0.00005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000391517  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3358  TonB-dependent siderophore receptor  23.05 
 
 		 808 aa  50.8  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.260724  normal  0.726447 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1912  TonB-dependent receptor  29.68 
 
 		 969 aa  50.4  0.0001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1602  TonB-dependent receptor, plug  22.53 
 
 		 652 aa  50.1  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.218944 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3905  TonB-dependent siderophore receptor  26.9 
 
 		 731 aa  50.1  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1082  TonB-dependent siderophore receptor  27.24 
 
 		 730 aa  49.3  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.68434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0435  heavy metal transport/detoxification protein  24.21 
 
 		 668 aa  49.7  0.0002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2420  TonB-dependent siderophore receptor  28.63 
 
 		 728 aa  48.9  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2982  TonB dependent receptor, putative  20.65 
 
 		 699 aa  48.5  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2646  TonB-dependent receptor plug  29.95 
 
 		 771 aa  48.5  0.0005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.994259 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5070  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  28.87 
 
 		 762 aa  48.1  0.0006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565094  normal  0.157746 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0895  TonB-dependent receptor  20.58 
 
 		 769 aa  46.6  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0618302  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4497  ferric siderophore receptor protein (TonB-dependent siderophore receptor)  21.88 
 
 		 744 aa  47  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504252  normal  0.0702404 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1648  ferric receptor CfrA  23.9 
 
 		 696 aa  47  0.001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.1522  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3731  putative ferrisiderophore receptor  26.77 
 
 		 728 aa  47  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.65412 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4079  TonB-dependent siderophore receptor  25.33 
 
 		 729 aa  47.4  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.502501  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3771  TonB-dependent receptor  23.26 
 
 		 794 aa  47  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000982846  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3686  TonB-dependent siderophore receptor  26.2 
 
 		 754 aa  46.6  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0535  TonB-dependent receptor  28.19 
 
 		 853 aa  46.2  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445687  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1110  TonB-dependent receptor  26.45 
 
 		 625 aa  46.2  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000459108  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3152  TonB-dependent receptor  27.21 
 
 		 811 aa  46.6  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.248093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1523  TonB-dependent siderophore receptor  32.81 
 
 		 727 aa  46.2  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.249023  normal  0.758259 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2500  TonB-dependent receptor  21.21 
 
 		 733 aa  46.6  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3675  TonB-dependent receptor  27.88 
 
 		 737 aa  46.2  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0831004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2215  TonB-dependent receptor  26.82 
 
 		 971 aa  45.8  0.003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.169336  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.54 
 
 		 631 aa  45.8  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0966  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.82 
 
 		 696 aa  45.8  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.942987  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0747  TonB-dependent siderophore receptor  26.45 
 
 		 806 aa  45.8  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1267  TonB-dependent receptor  46.38 
 
 		 980 aa  45.4  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>