More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3089 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_0075  TonB-dependent receptor  62.53 
 
 		 751 aa  974    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.612436  normal  0.5792 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3089  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 758 aa  1550    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.329983  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1106  TonB-dependent receptor, plug  39.46 
 
 		 755 aa  536  1e-151  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61850  putative TonB-dependent receptor  32.18 
 
 		 742 aa  348  3e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00865386 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5381  putative TonB-dependent receptor  32.18 
 
 		 764 aa  346  7e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0918  TonB-dependent siderophore receptor  33.02 
 
 		 746 aa  333  5e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0951  TonB-dependent siderophore receptor  33.42 
 
 		 732 aa  333  6e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4630  ferric aerobactin receptor IutA  31.33 
 
 		 732 aa  332  1e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3178  ferric aerobactin receptor IutA  31.87 
 
 		 733 aa  329  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.911837 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46640  siderophore receptor  32.04 
 
 		 813 aa  329  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.010692  hitchhiker  0.000000903307 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4019  siderophore receptor  31.99 
 
 		 816 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.752702  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0710  TonB-dependent siderophore receptor  32.61 
 
 		 726 aa  321  3e-86  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0194  TonB-dependent siderophore receptor  32.61 
 
 		 726 aa  321  3e-86  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0233266 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0782  TonB-dependent siderophore receptor  32.61 
 
 		 726 aa  319  1e-85  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2840  TonB-dependent siderophore receptor  31.98 
 
 		 849 aa  314  2.9999999999999996e-84  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000068938  normal  0.338102 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0279  ferric aerobactin receptor precursor  31.55 
 
 		 723 aa  313  6.999999999999999e-84  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652222  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3720  TonB-dependent siderophore receptor  30.58 
 
 		 745 aa  312  1e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00118596  normal  0.0278628 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0304  TonB-dependent siderophore receptor  30.27 
 
 		 745 aa  311  4e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0244305  normal  0.816396 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000078  aerobactin siderophore receptor iutA  30.5 
 
 		 723 aa  310  5e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.709087  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1118  TonB-dependent siderophore receptor  31.2 
 
 		 839 aa  308  2.0000000000000002e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.220964  normal  0.940906 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0299  TonB-dependent siderophore receptor  30.32 
 
 		 745 aa  308  3e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000445581  hitchhiker  0.000163743 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5892  TonB-dependent siderophore receptor  30.83 
 
 		 843 aa  297  5e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00873  ferric siderophore receptor outer membrane signal peptide protein  30.71 
 
 		 812 aa  295  1e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193176  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1430  TonB-dependent receptor  31.44 
 
 		 738 aa  295  2e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1817  TonB-dependent siderophore receptor  31.09 
 
 		 808 aa  290  8e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.673878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3544  TonB-dependent siderophore receptor  30.81 
 
 		 808 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2193  TonB-dependent siderophore receptor  30.54 
 
 		 817 aa  284  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.819603  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1056  TonB-dependent receptor  30.61 
 
 		 698 aa  280  6e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0582  TonB-dependent receptor, plug  28.29 
 
 		 709 aa  249  1e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000470025  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1820  TonB-dependent receptor  29.3 
 
 		 697 aa  240  6.999999999999999e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000291802  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0977  TonB-dependent receptor  27.31 
 
 		 718 aa  228  4e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0286  TonB-dependent receptor  28.78 
 
 		 723 aa  227  8e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000746849  unclonable  0.000000000233468 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06011  hypothetical protein  28.3 
 
 		 713 aa  218  2.9999999999999998e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0286  TonB-dependent receptor  27.36 
 
 		 723 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000335146  unclonable  0.000000000154672 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3733  TonB-dependent receptor  27.64 
 
 		 723 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000345554  unclonable  0.000038397 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0291  TonB-dependent receptor  26.96 
 
 		 725 aa  218  4e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000897487  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0303  TonB-dependent receptor  26.96 
 
 		 725 aa  217  5e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00017573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0299  TonB-dependent receptor  26.92 
 
 		 725 aa  217  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00020356  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0298  TonB-dependent receptor  26.83 
 
 		 725 aa  216  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000594671  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1522  TonB-dependent receptor  26.7 
 
 		 701 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2941  TonB-dependent receptor  26.31 
 
 		 701 aa  211  4e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.80569  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0401  TonB-dependent receptor  26.4 
 
 		 723 aa  211  4e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000584805  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0392  TonB-dependent receptor, plug  27.17 
 
 		 717 aa  211  5e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.829697  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2885  histidine kinase  28.86 
 
 		 704 aa  207  8e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000018886  decreased coverage  0.000177766 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4213  putative ferric aerobactin receptor  27.06 
 
 		 721 aa  204  6e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2145  TonB-dependent receptor  27.76 
 
 		 809 aa  202  1.9999999999999998e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.085277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0587  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 		 753 aa  195  3e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.210295 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01762  hypothetical protein  26.03 
 
 		 714 aa  191  4e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1688  TonB-dependent receptor  27.81 
 
 		 710 aa  189  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00738992  normal  0.0180451 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1496  TonB-dependent receptor  26.51 
 
 		 716 aa  189  2e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2402  TonB-dependent receptor, plug  27.39 
 
 		 724 aa  188  3e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000227129  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0763  TonB-dependent receptor plug  27.76 
 
 		 783 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.945699  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0587  hemin uptake system outer membrane receptor  26.64 
 
 		 771 aa  185  2.0000000000000003e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.75575  normal  0.678568 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1044  TonB-dependent receptor  26.92 
 
 		 721 aa  182  2e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2678  TonB-dependent receptor  25.2 
 
 		 704 aa  181  4.999999999999999e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00160385  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0468  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 		 700 aa  177  6e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3260  TonB-dependent receptor  28.02 
 
 		 739 aa  170  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1394  TonB-dependent receptor, plug  24.97 
 
 		 713 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0833322 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0558  TonB-dependent receptor plug  24.44 
 
 		 817 aa  139  2e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000000727933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3918  TonB-dependent receptor  25.04 
 
 		 728 aa  130  7.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.665207  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4423.1  ferric aerobactin receptor  29.37 
 
 		 332 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0029  TonB-dependent receptor  23.74 
 
 		 716 aa  115  3e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.241491  normal  0.0713753 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0645  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  22.76 
 
 		 750 aa  96.3  2e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0446508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1559  TonB-dependent receptor plug  24.22 
 
 		 706 aa  95.1  4e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000264695  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1005  TonB-dependent receptor  22.03 
 
 		 699 aa  85.5  0.000000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.828736  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1043  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  21.95 
 
 		 862 aa  82.4  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1005  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  23.06 
 
 		 862 aa  80.9  0.00000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4555  TonB-dependent receptor  27.56 
 
 		 734 aa  78.2  0.0000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000444386  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1006  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  21.37 
 
 		 759 aa  77.8  0.0000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1237  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 736 aa  77.4  0.0000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  27.71 
 
 		 634 aa  77.4  0.000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0492  TonB-dependent receptor  33.99 
 
 		 762 aa  76.6  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  32.34 
 
 		 618 aa  75.9  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3638  TonB-dependent receptor, putative  22.54 
 
 		 739 aa  75.5  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000240989 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  30.42 
 
 		 1023 aa  74.3  0.000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4857  outer membrane heme/hemoglobin receptor ChuA  29.58 
 
 		 660 aa  73.6  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.803267 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  23.28 
 
 		 688 aa  73.6  0.00000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3802  outer membrane heme/hemoglobin receptor ChuA  30.04 
 
 		 660 aa  73.6  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.241464 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6730  TonB-dependent receptor  26.33 
 
 		 733 aa  73.6  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.23656 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3535  TonB-dependent receptor  38.19 
 
 		 681 aa  73.2  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.243459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4218  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  22.63 
 
 		 862 aa  72.4  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0650  hemin receptor precursor  30.71 
 
 		 676 aa  71.6  0.00000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.332086 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  32.95 
 
 		 616 aa  71.2  0.00000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1926  TonB-dependent receptor  31.06 
 
 		 627 aa  71.2  0.00000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.201933  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3801  TonB-dependent hemin receptor HmuR  30.71 
 
 		 676 aa  70.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0122148  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3889  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  30.71 
 
 		 676 aa  70.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000356309  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1741  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  28.69 
 
 		 661 aa  69.7  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000016514  normal  0.0458944 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  24.59 
 
 		 694 aa  69.7  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1105  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor:TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  22.53 
 
 		 859 aa  69.7  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  37.06 
 
 		 616 aa  69.7  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  32.62 
 
 		 628 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  30.46 
 
 		 613 aa  68.9  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0094  TonB-dependent receptor  33.54 
 
 		 649 aa  69.3  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3675  TonB-dependent receptor  28.78 
 
 		 737 aa  68.9  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0831004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1506  TonB-dependent receptor  30.43 
 
 		 707 aa  68.9  0.0000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1524  TonB-dependent receptor plug  33.33 
 
 		 605 aa  68.6  0.0000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  33.33 
 
 		 617 aa  68.6  0.0000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2169  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  27.53 
 
 		 694 aa  68.6  0.0000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108589 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3743  outer membrane receptor FepA  27.67 
 
 		 766 aa  68.2  0.0000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.325826  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2461  TonB-dependent receptor, plug  34.66 
 
 		 662 aa  68.2  0.0000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.160214  normal  0.0971358 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>