88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_0029 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3918  TonB-dependent receptor  70.07 
 
 		 728 aa  1008    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.665207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0029  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 716 aa  1420    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.241491  normal  0.0713753 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2145  TonB-dependent receptor  39.6 
 
 		 809 aa  443  1e-123  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.085277  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1522  TonB-dependent receptor  36.2 
 
 		 701 aa  442  1e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0468  TonB-dependent receptor  35.56 
 
 		 700 aa  436  1e-120  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1044  TonB-dependent receptor  36.19 
 
 		 721 aa  433  1e-120  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2941  TonB-dependent receptor  35.07 
 
 		 701 aa  431  1e-119  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.80569  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0299  TonB-dependent receptor  35.25 
 
 		 725 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00020356  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0291  TonB-dependent receptor  35.11 
 
 		 725 aa  403  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000897487  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0298  TonB-dependent receptor  35.25 
 
 		 725 aa  405  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000594671  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0303  TonB-dependent receptor  35.25 
 
 		 725 aa  405  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00017573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0977  TonB-dependent receptor  32.92 
 
 		 718 aa  402  9.999999999999999e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0401  TonB-dependent receptor  34.02 
 
 		 723 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000584805  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0286  TonB-dependent receptor  33.84 
 
 		 723 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000746849  unclonable  0.000000000233468 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2678  TonB-dependent receptor  34.26 
 
 		 704 aa  390  1e-107  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00160385  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06011  hypothetical protein  33.57 
 
 		 713 aa  383  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0286  TonB-dependent receptor  33.98 
 
 		 723 aa  381  1e-104  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000335146  unclonable  0.000000000154672 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3733  TonB-dependent receptor  33.84 
 
 		 723 aa  379  1e-103  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000345554  unclonable  0.000038397 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2840  TonB-dependent siderophore receptor  29.86 
 
 		 849 aa  253  1e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000068938  normal  0.338102 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0587  hemin uptake system outer membrane receptor  28.07 
 
 		 771 aa  209  1e-52  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.75575  normal  0.678568 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0763  TonB-dependent receptor plug  27.94 
 
 		 783 aa  204  6e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.945699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2885  histidine kinase  28.19 
 
 		 704 aa  200  7e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000018886  decreased coverage  0.000177766 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1820  TonB-dependent receptor  28.25 
 
 		 697 aa  199  2.0000000000000003e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000291802  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4213  putative ferric aerobactin receptor  27.45 
 
 		 721 aa  198  3e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4423.1  ferric aerobactin receptor  35.02 
 
 		 332 aa  196  1e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1688  TonB-dependent receptor  28.11 
 
 		 710 aa  195  2e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00738992  normal  0.0180451 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0392  TonB-dependent receptor, plug  25.75 
 
 		 717 aa  190  1e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.829697  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1394  TonB-dependent receptor, plug  27.58 
 
 		 713 aa  183  8.000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0833322 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0951  TonB-dependent siderophore receptor  27.07 
 
 		 732 aa  181  4e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0558  TonB-dependent receptor plug  27.24 
 
 		 817 aa  180  7e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000000727933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5892  TonB-dependent siderophore receptor  25.74 
 
 		 843 aa  177  4e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0582  TonB-dependent receptor, plug  25.88 
 
 		 709 aa  178  4e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000470025  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4630  ferric aerobactin receptor IutA  26.68 
 
 		 732 aa  177  6e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1430  TonB-dependent receptor  26.48 
 
 		 738 aa  177  7e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0918  TonB-dependent siderophore receptor  25.3 
 
 		 746 aa  174  5e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1496  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 		 716 aa  174  5e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46640  siderophore receptor  26.12 
 
 		 813 aa  172  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.010692  hitchhiker  0.000000903307 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4019  siderophore receptor  26.11 
 
 		 816 aa  171  6e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.752702  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2402  TonB-dependent receptor, plug  27.23 
 
 		 724 aa  169  1e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000227129  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3178  ferric aerobactin receptor IutA  26.04 
 
 		 733 aa  169  1e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.911837 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0710  TonB-dependent siderophore receptor  24.69 
 
 		 726 aa  168  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0782  TonB-dependent siderophore receptor  24.69 
 
 		 726 aa  167  6.9999999999999995e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0194  TonB-dependent siderophore receptor  24.69 
 
 		 726 aa  166  1.0000000000000001e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0233266 
 
 
-
 
NC_003296  RS00873  ferric siderophore receptor outer membrane signal peptide protein  27.4 
 
 		 812 aa  166  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0075  TonB-dependent receptor  26.3 
 
 		 751 aa  158  3e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.612436  normal  0.5792 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3260  TonB-dependent receptor  25.26 
 
 		 739 aa  157  9e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1118  TonB-dependent siderophore receptor  25.22 
 
 		 839 aa  155  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.220964  normal  0.940906 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01762  hypothetical protein  25.17 
 
 		 714 aa  149  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5381  putative TonB-dependent receptor  24.45 
 
 		 764 aa  146  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61850  putative TonB-dependent receptor  24.52 
 
 		 742 aa  146  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00865386 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0587  TonB-dependent receptor  23.83 
 
 		 753 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.210295 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1817  TonB-dependent siderophore receptor  24.4 
 
 		 808 aa  137  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.673878  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2193  TonB-dependent siderophore receptor  24.19 
 
 		 817 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.819603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3544  TonB-dependent siderophore receptor  24.19 
 
 		 808 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0304  TonB-dependent siderophore receptor  24.33 
 
 		 745 aa  135  3e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0244305  normal  0.816396 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0279  ferric aerobactin receptor precursor  21.94 
 
 		 723 aa  131  5.0000000000000004e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652222  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3720  TonB-dependent siderophore receptor  24.06 
 
 		 745 aa  130  9.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00118596  normal  0.0278628 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1056  TonB-dependent receptor  24.83 
 
 		 698 aa  127  7e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0299  TonB-dependent siderophore receptor  24.19 
 
 		 745 aa  127  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000445581  hitchhiker  0.000163743 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000078  aerobactin siderophore receptor iutA  24.14 
 
 		 723 aa  121  3.9999999999999996e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.709087  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3089  TonB-dependent receptor  23.74 
 
 		 758 aa  115  3e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.329983  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1106  TonB-dependent receptor, plug  22.19 
 
 		 755 aa  110  1e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0185  TonB-dependent receptor  25.34 
 
 		 851 aa  51.2  0.00006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1672  TonB-dependent receptor  25.34 
 
 		 853 aa  51.2  0.00006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0105669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1262  TonB-dependent receptor  21.81 
 
 		 651 aa  51.2  0.00006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.612585  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1424  TonB-dependent siderophore receptor  26.96 
 
 		 710 aa  51.2  0.00007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550485 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0908  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 		 778 aa  50.4  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1014  TonB-dependent receptor-related protein  22.63 
 
 		 647 aa  50.4  0.0001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0763  TonB-dependent receptor, putative  24.9 
 
 		 778 aa  50.4  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5045  TonB-dependent receptor  22.71 
 
 		 726 aa  49.3  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5070  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  31.03 
 
 		 762 aa  48.9  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565094  normal  0.157746 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3717  TonB-dependent siderophore receptor  28.33 
 
 		 726 aa  48.9  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1519  TonB-dependent receptor  21.4 
 
 		 657 aa  48.5  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.148558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0043  TonB-dependent receptor  24.33 
 
 		 684 aa  48.5  0.0005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2461  TonB-dependent siderophore receptor  32.2 
 
 		 713 aa  47.8  0.0008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0535  TonB-dependent receptor  30.85 
 
 		 853 aa  47.4  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445687  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3638  TonB-dependent receptor, putative  24.29 
 
 		 739 aa  46.6  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000240989 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1476  TonB-dependent receptor  20.79 
 
 		 668 aa  46.6  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5277  TonB-dependent receptor  24.36 
 
 		 755 aa  47  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00195496 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01870  putative TonB-dependent receptor  26.11 
 
 		 795 aa  46.2  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.554245 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  21.29 
 
 		 698 aa  45.8  0.003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1267  TonB-dependent receptor  31.36 
 
 		 980 aa  45.8  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2053  TonB-dependent siderophore receptor  22.68 
 
 		 719 aa  45.4  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0865  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 720 aa  44.7  0.006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0447976  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2342  TonB-dependent receptor  29.95 
 
 		 795 aa  44.7  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.198134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1716  outer membrane receptor FepA  25.35 
 
 		 746 aa  44.7  0.007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  21.17 
 
 		 715 aa  43.9  0.009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2982  TonB dependent receptor, putative  21.36 
 
 		 699 aa  43.9  0.01  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>