More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1522 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012912  Dd1591_2678  TonB-dependent receptor  62.71 
 
 		 704 aa  916    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00160385  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1522  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 701 aa  1446    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1044  TonB-dependent receptor  47.13 
 
 		 721 aa  642    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0468  TonB-dependent receptor  51.79 
 
 		 700 aa  739    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2941  TonB-dependent receptor  90.44 
 
 		 701 aa  1324    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.80569  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0977  TonB-dependent receptor  40.75 
 
 		 718 aa  544  1e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0401  TonB-dependent receptor  40.75 
 
 		 723 aa  527  1e-148  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000584805  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0286  TonB-dependent receptor  40.28 
 
 		 723 aa  520  1e-146  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000746849  unclonable  0.000000000233468 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0303  TonB-dependent receptor  39.75 
 
 		 725 aa  519  1e-146  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00017573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0291  TonB-dependent receptor  39.75 
 
 		 725 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000897487  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0299  TonB-dependent receptor  39.75 
 
 		 725 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00020356  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0298  TonB-dependent receptor  39.6 
 
 		 725 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000594671  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0286  TonB-dependent receptor  40 
 
 		 723 aa  499  1e-140  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000335146  unclonable  0.000000000154672 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3733  TonB-dependent receptor  40.14 
 
 		 723 aa  501  1e-140  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000345554  unclonable  0.000038397 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2145  TonB-dependent receptor  38.85 
 
 		 809 aa  462  1e-129  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.085277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0029  TonB-dependent receptor  36.23 
 
 		 716 aa  439  9.999999999999999e-123  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.241491  normal  0.0713753 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3918  TonB-dependent receptor  35.67 
 
 		 728 aa  439  1e-121  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.665207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06011  hypothetical protein  37.68 
 
 		 713 aa  438  1e-121  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2840  TonB-dependent siderophore receptor  30.83 
 
 		 849 aa  303  8.000000000000001e-81  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000068938  normal  0.338102 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0763  TonB-dependent receptor plug  30.68 
 
 		 783 aa  280  6e-74  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.945699  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4423.1  ferric aerobactin receptor  42.99 
 
 		 332 aa  268  2.9999999999999995e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1820  TonB-dependent receptor  29.35 
 
 		 697 aa  259  1e-67  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000291802  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0392  TonB-dependent receptor, plug  28.34 
 
 		 717 aa  255  2.0000000000000002e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.829697  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1496  TonB-dependent receptor  28.01 
 
 		 716 aa  244  3e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4213  putative ferric aerobactin receptor  27.58 
 
 		 721 aa  243  6e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1430  TonB-dependent receptor  29.22 
 
 		 738 aa  243  9e-63  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0587  hemin uptake system outer membrane receptor  29.04 
 
 		 771 aa  242  1e-62  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.75575  normal  0.678568 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01762  hypothetical protein  29.08 
 
 		 714 aa  240  5e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1688  TonB-dependent receptor  27.43 
 
 		 710 aa  240  8e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00738992  normal  0.0180451 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2885  histidine kinase  29.26 
 
 		 704 aa  239  2e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000018886  decreased coverage  0.000177766 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2402  TonB-dependent receptor, plug  28.65 
 
 		 724 aa  234  3e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000227129  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4019  siderophore receptor  27.39 
 
 		 816 aa  234  5e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.752702  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3260  TonB-dependent receptor  28.76 
 
 		 739 aa  234  5e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1394  TonB-dependent receptor, plug  27.62 
 
 		 713 aa  234  5e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0833322 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46640  siderophore receptor  27.25 
 
 		 813 aa  232  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.010692  hitchhiker  0.000000903307 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5892  TonB-dependent siderophore receptor  27.84 
 
 		 843 aa  222  9.999999999999999e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0558  TonB-dependent receptor plug  27.85 
 
 		 817 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000000727933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1118  TonB-dependent siderophore receptor  26.41 
 
 		 839 aa  217  5e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.220964  normal  0.940906 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5381  putative TonB-dependent receptor  27.89 
 
 		 764 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0587  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 		 753 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.210295 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3089  TonB-dependent receptor  26.7 
 
 		 758 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.329983  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0951  TonB-dependent siderophore receptor  27.43 
 
 		 732 aa  212  2e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0582  TonB-dependent receptor, plug  26.88 
 
 		 709 aa  209  1e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000470025  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61850  putative TonB-dependent receptor  27.62 
 
 		 742 aa  209  2e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00865386 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4630  ferric aerobactin receptor IutA  26.84 
 
 		 732 aa  203  9.999999999999999e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00873  ferric siderophore receptor outer membrane signal peptide protein  26.29 
 
 		 812 aa  202  1.9999999999999998e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0075  TonB-dependent receptor  25.79 
 
 		 751 aa  196  9e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.612436  normal  0.5792 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0918  TonB-dependent siderophore receptor  26.86 
 
 		 746 aa  193  1e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0710  TonB-dependent siderophore receptor  26.36 
 
 		 726 aa  192  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3178  ferric aerobactin receptor IutA  26.8 
 
 		 733 aa  191  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.911837 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0782  TonB-dependent siderophore receptor  26.36 
 
 		 726 aa  190  5.999999999999999e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0194  TonB-dependent siderophore receptor  26.36 
 
 		 726 aa  189  1e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0233266 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0279  ferric aerobactin receptor precursor  27.3 
 
 		 723 aa  183  9.000000000000001e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652222  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3720  TonB-dependent siderophore receptor  26.21 
 
 		 745 aa  182  2e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00118596  normal  0.0278628 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0304  TonB-dependent siderophore receptor  25.39 
 
 		 745 aa  180  8e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0244305  normal  0.816396 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0299  TonB-dependent siderophore receptor  26.01 
 
 		 745 aa  177  4e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000445581  hitchhiker  0.000163743 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000078  aerobactin siderophore receptor iutA  25.91 
 
 		 723 aa  177  6e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.709087  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2193  TonB-dependent siderophore receptor  26.72 
 
 		 817 aa  167  9e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.819603  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1056  TonB-dependent receptor  24.75 
 
 		 698 aa  167  9e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1106  TonB-dependent receptor, plug  24.93 
 
 		 755 aa  142  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1817  TonB-dependent siderophore receptor  30.67 
 
 		 808 aa  99.8  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.673878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3544  TonB-dependent siderophore receptor  30.67 
 
 		 808 aa  99  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1115  TonB-dependent receptor  23.94 
 
 		 649 aa  94  9e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.95294  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2077  TonB-dependent receptor  23.78 
 
 		 742 aa  93.2  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1262  TonB-dependent receptor  23.75 
 
 		 651 aa  87.8  6e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.612585  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1014  TonB-dependent receptor-related protein  25.15 
 
 		 647 aa  87.4  9e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4090  TonB-dependent receptor  26.28 
 
 		 705 aa  82.8  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1928  TonB-dependent receptor  25.09 
 
 		 676 aa  80.1  0.0000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00435524  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1064  TonB-dependent receptor  24.06 
 
 		 661 aa  73.6  0.00000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00188221  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  22.39 
 
 		 715 aa  72.8  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0680  outer membrane receptor FepA  36.31 
 
 		 783 aa  72.4  0.00000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0125648  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1964  TonB-dependent receptor, plug  30.12 
 
 		 618 aa  70.1  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0859  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor  23.37 
 
 		 676 aa  68.9  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.32697  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1111  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  21.98 
 
 		 754 aa  68.9  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.192516 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0217  enterobactin receptor protein  23.22 
 
 		 666 aa  68.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000171736  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4241  enterobactin receptor protein  23.22 
 
 		 666 aa  68.6  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112255  hitchhiker  0.000515179 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0219  enterobactin receptor protein  23.22 
 
 		 666 aa  68.6  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0246836  normal  0.0975103 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0519  heme transport protein HutA  22.3 
 
 		 698 aa  68.6  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0492  TonB-dependent receptor  32.08 
 
 		 762 aa  68.2  0.0000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  21.82 
 
 		 694 aa  67.8  0.0000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0815  TonB-dependent siderophore receptor  26.28 
 
 		 714 aa  67.4  0.0000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.806497  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  33.86 
 
 		 639 aa  67  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  29.19 
 
 		 618 aa  67  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4120  enterobactin receptor protein  23.09 
 
 		 666 aa  67  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000897059  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0155  TonB-dependent siderophore receptor  25.96 
 
 		 677 aa  66.2  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000133249 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1859  TonB-dependent receptor plug  31.14 
 
 		 686 aa  65.9  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000014407  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3675  TonB-dependent receptor  35.4 
 
 		 737 aa  65.9  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0831004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3738  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 665 aa  65.5  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430842  normal  0.0543439 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4379  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor  22.39 
 
 		 861 aa  65.5  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.237409 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  20.26 
 
 		 706 aa  65.9  0.000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0624  outer membrane receptor FepA  32.49 
 
 		 751 aa  65.5  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0815  TonB-dependent siderophore receptor  25.96 
 
 		 714 aa  65.5  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1358  TonB-dependent receptor, plug  28.09 
 
 		 626 aa  65.9  0.000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00131062  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0638  outer membrane receptor FepA  32.49 
 
 		 751 aa  65.1  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3442  TonB-dependent siderophore receptor  24.25 
 
 		 713 aa  65.5  0.000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.827795  normal  0.101631 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1519  TonB-dependent receptor  24.22 
 
 		 657 aa  65.1  0.000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.148558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0697  outer membrane receptor FepA  32.49 
 
 		 751 aa  65.5  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1459  TonB-dependent receptor  29.07 
 
 		 647 aa  65.1  0.000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.208108  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0852  TonB-dependent outer membrane receptor for Fe3+/colicin I  30.82 
 
 		 633 aa  65.1  0.000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000258389  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4420  TonB-dependent receptor  23.08 
 
 		 762 aa  64.7  0.000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>