More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0111 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_0111  pseudouridine synthase RluA-like protein  100 
 
 
226 aa  472  1e-132  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0399  pseudouridine synthase Rlu family protein  70.56 
 
 
229 aa  333  9e-91  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0325553  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0296  pseudouridine synthase Rlu family protein  71.43 
 
 
230 aa  333  2e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0295  pseudouridine synthase Rlu family protein  71.43 
 
 
230 aa  332  4e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.859464  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0288  pseudouridine synthase Rlu family protein  71 
 
 
230 aa  332  4e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0283  pseudouridine synthase Rlu family protein  70.56 
 
 
228 aa  329  2e-89  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  1.23479e-09 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0300  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  70.56 
 
 
230 aa  328  3e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3738  pseudouridine synthase Rlu family protein  70.13 
 
 
228 aa  328  6e-89  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.605712  normal  0.0272703 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0284  pseudouridine synthase Rlu family protein  69.7 
 
 
229 aa  325  4e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  2.44017e-05  hitchhiker  3.09962e-08 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0099  pseudouridine synthase Rlu family protein  69.47 
 
 
224 aa  322  4e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000500513  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0092  pseudouridine synthase Rlu family protein  68.58 
 
 
225 aa  320  1e-86  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.752208  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4390  pseudouridine synthase Rlu family protein  68.14 
 
 
224 aa  317  7e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  decreased coverage  4.80203e-06 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4108  pseudouridine synthase Rlu family protein  71.3 
 
 
229 aa  317  1e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4781  pseudouridine synthase Rlu family protein  67.26 
 
 
224 aa  306  1e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134814  unclonable  1.01532e-08 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3536  pseudouridine synthase RluA-like protein  63.72 
 
 
224 aa  277  9e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4080  pseudouridine synthase Rlu family protein  52.4 
 
 
230 aa  231  5e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1290  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  47.09 
 
 
237 aa  220  1e-56  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.392817 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1318  pseudouridine synthase Rlu family protein  49.3 
 
 
242 aa  216  2e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1142  RNA psedouridine synthase  48.66 
 
 
228 aa  216  3e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1273  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.89 
 
 
235 aa  205  5e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  46.96 
 
 
238 aa  204  9e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3245  pseudouridine synthase  46.22 
 
 
232 aa  195  4e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003802  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  43.42 
 
 
230 aa  193  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1363  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.95 
 
 
238 aa  192  5e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0824413  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02690  hypothetical protein  42.54 
 
 
230 aa  189  2e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1914  copper-resistance protein CopA  46.7 
 
 
209 aa  176  4e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.290092  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1929  pseudouridine synthase Rlu family protein  44.49 
 
 
223 aa  173  2e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.975546 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02767  tRNA pseudouridine synthase A  48.19 
 
 
279 aa  166  3e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_10480  predicted protein  43.58 
 
 
178 aa  150  1e-35  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00789821 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  37.11 
 
 
305 aa  108  9e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  37.57 
 
 
250 aa  102  5e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_002978  WD1162  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.66 
 
 
276 aa  100  2e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0658766  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.02 
 
 
300 aa  99.8  4e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  4.47138e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.66 
 
 
308 aa  97.8  1e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  35.98 
 
 
227 aa  97.4  2e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.02 
 
 
300 aa  97.1  2e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  2.04845e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.33 
 
 
307 aa  96.7  2e-19  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  36.41 
 
 
297 aa  95.5  6e-19  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.41 
 
 
350 aa  94.4  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  31.8 
 
 
246 aa  94.7  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  29.87 
 
 
304 aa  94  2e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0347  pseudouridine synthase, RluA family  30.88 
 
 
303 aa  93.6  2e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  32.29 
 
 
560 aa  93.2  3e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  32.65 
 
 
222 aa  92.4  5e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.73 
 
 
333 aa  92  6e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  35 
 
 
363 aa  92  6e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1453  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  33.16 
 
 
285 aa  91.7  8e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006686  CND02470  conserved hypothetical protein  37.14 
 
 
520 aa  91.7  9e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0281406  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0176  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  31.77 
 
 
302 aa  91.7  9e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.06 
 
 
322 aa  91.3  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  30.56 
 
 
302 aa  91.3  1e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.71 
 
 
330 aa  91.3  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.17 
 
 
308 aa  90.9  1e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  33.69 
 
 
226 aa  91.3  1e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  29.26 
 
 
313 aa  90.5  2e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  34.81 
 
 
239 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  32.43 
 
 
299 aa  90.1  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  34.44 
 
 
239 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0035  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.99 
 
 
221 aa  89.7  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2721  pseudouridine synthase  31.34 
 
 
246 aa  89.7  3e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0403839  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0574  RluA family pseudouridine synthase  30.81 
 
 
301 aa  89.4  4e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  1.15636e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  32.81 
 
 
249 aa  89.7  4e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1798  pseudouridine synthase, RluA family  36.76 
 
 
349 aa  89  5e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.53 
 
 
332 aa  88.6  6e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  35.16 
 
 
346 aa  89  6e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.5 
 
 
322 aa  89  6e-17  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.07 
 
 
319 aa  89  6e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.02 
 
 
306 aa  88.6  7e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  32.68 
 
 
321 aa  88.6  7e-17  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0583  pseudouridine synthase, RluA family  37.27 
 
 
305 aa  88.6  8e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  30.54 
 
 
299 aa  88.2  9e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  33.51 
 
 
345 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  30.16 
 
 
293 aa  87.8  1e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  33.67 
 
 
311 aa  87.8  1e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  34.59 
 
 
343 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  34.59 
 
 
343 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0386  RluA family pseudouridine synthase  30.32 
 
 
303 aa  88.2  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.99 
 
 
316 aa  87.4  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  31.88 
 
 
319 aa  86.7  2e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  29.36 
 
 
306 aa  86.7  2e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.54 
 
 
314 aa  87.4  2e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2968  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.87 
 
 
224 aa  87.4  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.577134 
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_48756  predicted protein  39.24 
 
 
383 aa  87  2e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0290752  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0023  putative ribosomal pseudouridine synthase  29.63 
 
 
300 aa  86.7  2e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.835317  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  31.03 
 
 
314 aa  87  2e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  29.82 
 
 
306 aa  87.4  2e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  31.4 
 
 
298 aa  86.7  3e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  31.75 
 
 
320 aa  86.3  3e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.11 
 
 
301 aa  86.7  3e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0283  pseudouridine synthase, RluD  31.79 
 
 
343 aa  86.3  3e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.131037 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  32.22 
 
 
354 aa  86.7  3e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1495  pseudouridine synthase, RluA family  30.94 
 
 
354 aa  86.3  4e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 
314 aa  85.9  5e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  39.86 
 
 
329 aa  85.9  5e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  31.67 
 
 
320 aa  85.9  5e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  2.67472e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  31.34 
 
 
325 aa  85.9  5e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.49 
 
 
330 aa  85.9  5e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30 
 
 
309 aa  85.5  6e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  29.44 
 
 
339 aa  85.5  6e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2148  pseudouridine synthase  30.53 
 
 
222 aa  85.5  7e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00375326  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>