More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003802 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_003802  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  100 
 
 		 230 aa  484  1e-136  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02690  hypothetical protein  93.04 
 
 		 230 aa  454  1e-127  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1273  pseudouridine synthase Rlu family protein  77.39 
 
 		 235 aa  387  1e-106  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1142  RNA psedouridine synthase  68.7 
 
 		 228 aa  335  3.9999999999999995e-91  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4080  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.11 
 
 		 230 aa  220  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0099  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.81 
 
 		 224 aa  214  9e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000500513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4108  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.22 
 
 		 229 aa  213  9.999999999999999e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4390  pseudouridine synthase Rlu family protein  44.78 
 
 		 224 aa  208  5e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000480203 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1318  pseudouridine synthase Rlu family protein  43.97 
 
 		 242 aa  205  4e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0399  pseudouridine synthase Rlu family protein  44.64 
 
 		 229 aa  202  4e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0325553  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  47.06 
 
 		 238 aa  201  9.999999999999999e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4781  pseudouridine synthase Rlu family protein  42.61 
 
 		 224 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134814  unclonable  0.0000000101532 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0284  pseudouridine synthase Rlu family protein  44.21 
 
 		 229 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000244017  hitchhiker  0.0000000309962 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1290  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  43.48 
 
 		 237 aa  199  1.9999999999999998e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.392817 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3738  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.18 
 
 		 228 aa  199  3e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.605712  normal  0.0272703 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0296  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.53 
 
 		 230 aa  198  5e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0300  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  45.11 
 
 		 230 aa  198  6e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0295  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.11 
 
 		 230 aa  197  9e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.859464  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0288  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.53 
 
 		 230 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0283  pseudouridine synthase Rlu family protein  44.74 
 
 		 228 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000123479 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1363  pseudouridine synthase Rlu family protein  43.17 
 
 		 238 aa  196  3e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0824413  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0092  pseudouridine synthase Rlu family protein  43.23 
 
 		 225 aa  193  2e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.752208  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3536  pseudouridine synthase RluA-like protein  46.05 
 
 		 224 aa  192  3e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0111  pseudouridine synthase RluA-like protein  45.73 
 
 		 226 aa  187  8e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3245  pseudouridine synthase  41.3 
 
 		 232 aa  179  2.9999999999999997e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1914  copper-resistance protein CopA  44.5 
 
 		 209 aa  177  1e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.290092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1929  pseudouridine synthase Rlu family protein  44.78 
 
 		 223 aa  169  3e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.975546 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_10480  predicted protein  45.25 
 
 		 178 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.00789821 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02767  tRNA pseudouridine synthase A  52.32 
 
 		 279 aa  160  1e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  36.84 
 
 		 222 aa  103  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 322 aa  100  2e-20  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  35.64 
 
 		 323 aa  100  2e-20  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.53 
 
 		 308 aa  100  3e-20  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  31.78 
 
 		 314 aa  98.2  9e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0921  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 		 344 aa  97.4  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.71 
 
 		 307 aa  97.8  1e-19  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  31.25 
 
 		 560 aa  96.7  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  36.56 
 
 		 306 aa  95.5  6e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_48756  predicted protein  36.5 
 
 		 383 aa  95.5  7e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0290752  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0921  RluA family pseudouridine synthase  32.35 
 
 		 318 aa  94.7  9e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2148  pseudouridine synthase  36.22 
 
 		 222 aa  94.7  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00375326  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.64 
 
 		 300 aa  94  2e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  36.13 
 
 		 227 aa  93.2  3e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.64 
 
 		 300 aa  93.2  3e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  29.72 
 
 		 347 aa  92.4  5e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  32.81 
 
 		 299 aa  92  6e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  33.15 
 
 		 332 aa  91.7  8e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.8 
 
 		 314 aa  92  8e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  32.06 
 
 		 306 aa  91.7  9e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  32.32 
 
 		 329 aa  91.7  9e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  39.72 
 
 		 250 aa  91.3  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  32.6 
 
 		 297 aa  90.9  1e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0864  pseudouridine synthase  33.52 
 
 		 224 aa  91.3  1e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0335511  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0783  pseudouridine synthase, RluD  28.76 
 
 		 323 aa  89.7  3e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.413607  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.68 
 
 		 332 aa  89.7  4e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  31.84 
 
 		 224 aa  89.4  4e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  34.03 
 
 		 293 aa  89  5e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  32.99 
 
 		 217 aa  89  5e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  32.02 
 
 		 244 aa  89  6e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  32.12 
 
 		 302 aa  88.6  8e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0310  RluA family pseudouridine synthase  29.47 
 
 		 303 aa  88.2  1e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  32.8 
 
 		 226 aa  88.2  1e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  32.26 
 
 		 246 aa  87.8  1e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  32.47 
 
 		 304 aa  88.2  1e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1813  pseudouridine synthase, RluA family  33 
 
 		 526 aa  87  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000000964916  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1559  pseudouridine synthase, RluA family  30.56 
 
 		 344 aa  87.4  2e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.627219  hitchhiker  0.0055148 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  32.99 
 
 		 331 aa  86.7  2e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  33.15 
 
 		 224 aa  87  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.02 
 
 		 348 aa  87.4  2e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  31.98 
 
 		 311 aa  86.7  3e-16  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10900  pseudouridine synthase, RluA family  29.72 
 
 		 320 aa  86.7  3e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.631494  unclonable  0.00000000285325 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0047  pseudouridine synthase, RluD  30.1 
 
 		 295 aa  86.7  3e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.816819 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  31.48 
 
 		 346 aa  86.7  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.95 
 
 		 296 aa  86.7  3e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0998  pseudouridine synthase, RluA family  30.77 
 
 		 547 aa  86.3  4e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.012801 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  28.57 
 
 		 320 aa  85.9  4e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.31 
 
 		 308 aa  86.3  4e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0509  P-protein  30.77 
 
 		 323 aa  85.9  5e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  36.73 
 
 		 311 aa  85.9  5e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.94 
 
 		 323 aa  85.5  6e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.91 
 
 		 368 aa  85.5  6e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.81 
 
 		 319 aa  85.5  6e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  31.77 
 
 		 305 aa  85.5  6e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2377  RluA family pseudouridine synthase  30.89 
 
 		 298 aa  85.5  6e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  28.85 
 
 		 376 aa  85.1  8e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2089  pseudouridylate synthase family protein, yabo  30.89 
 
 		 298 aa  85.1  8e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.8 
 
 		 350 aa  85.1  9e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  31.64 
 
 		 322 aa  85.1  9e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2067  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.79 
 
 		 294 aa  84.7  0.000000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.61 
 
 		 309 aa  84.3  0.000000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.95 
 
 		 301 aa  84.7  0.000000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0311  pseudouridine synthase  33.13 
 
 		 234 aa  84.3  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.148955 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  32.66 
 
 		 356 aa  83.6  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  28.23 
 
 		 314 aa  84  0.000000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  32.29 
 
 		 354 aa  84.3  0.000000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.84 
 
 		 330 aa  83.6  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  35.37 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  31.73 
 
 		 310 aa  84  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0604  pseudouridine synthase, RluD  33.97 
 
 		 341 aa  83.6  0.000000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.206987 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2968  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.62 
 
 		 224 aa  84  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.577134 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>