More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_0399 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_0399  pseudouridine synthase Rlu family protein  100 
 
 		 229 aa  472  1e-132  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0325553  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0296  pseudouridine synthase Rlu family protein  85.53 
 
 		 230 aa  407  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0288  pseudouridine synthase Rlu family protein  86.4 
 
 		 230 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0295  pseudouridine synthase Rlu family protein  85.09 
 
 		 230 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.859464  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0300  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  84.21 
 
 		 230 aa  401  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0284  pseudouridine synthase Rlu family protein  82.53 
 
 		 229 aa  392  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000244017  hitchhiker  0.0000000309962 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0283  pseudouridine synthase Rlu family protein  81.58 
 
 		 228 aa  389  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000123479 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3738  pseudouridine synthase Rlu family protein  80.7 
 
 		 228 aa  386  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.605712  normal  0.0272703 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4390  pseudouridine synthase Rlu family protein  69.87 
 
 		 224 aa  327  7e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000480203 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0111  pseudouridine synthase RluA-like protein  69.26 
 
 		 226 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0099  pseudouridine synthase Rlu family protein  70.31 
 
 		 224 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000500513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4108  pseudouridine synthase Rlu family protein  70.8 
 
 		 229 aa  325  4.0000000000000003e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0092  pseudouridine synthase Rlu family protein  65.22 
 
 		 225 aa  316  2e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.752208  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4781  pseudouridine synthase Rlu family protein  65.94 
 
 		 224 aa  315  3e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134814  unclonable  0.0000000101532 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3536  pseudouridine synthase RluA-like protein  67.69 
 
 		 224 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1142  RNA psedouridine synthase  49.34 
 
 		 228 aa  231  1e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1290  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  50.88 
 
 		 237 aa  227  1e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.392817 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4080  pseudouridine synthase Rlu family protein  50 
 
 		 230 aa  218  8.999999999999998e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1273  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.92 
 
 		 235 aa  207  9e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1318  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.22 
 
 		 242 aa  202  3e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003802  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  44.64 
 
 		 230 aa  202  4e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02690  hypothetical protein  44.21 
 
 		 230 aa  199  3e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3245  pseudouridine synthase  46.52 
 
 		 232 aa  193  1e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  47.14 
 
 		 238 aa  193  2e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1914  copper-resistance protein CopA  50.72 
 
 		 209 aa  187  1e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.290092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1363  pseudouridine synthase Rlu family protein  44.89 
 
 		 238 aa  176  3e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0824413  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1929  pseudouridine synthase Rlu family protein  44.87 
 
 		 223 aa  176  4e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.975546 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02767  tRNA pseudouridine synthase A  46.27 
 
 		 279 aa  172  5.999999999999999e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_10480  predicted protein  44.13 
 
 		 178 aa  161  7e-39  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.00789821 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  35.57 
 
 		 305 aa  102  6e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0035  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.92 
 
 		 221 aa  98.2  9e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  33.93 
 
 		 314 aa  98.2  9e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  33.87 
 
 		 304 aa  94.7  1e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  35.71 
 
 		 297 aa  92.8  3e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.42 
 
 		 543 aa  92.8  4e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3557  pseudouridine synthase, RluA family  36.51 
 
 		 297 aa  92  6e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1802  RluA family pseudouridine synthase  32.62 
 
 		 304 aa  91.7  8e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2968  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.65 
 
 		 224 aa  91.7  8e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.577134 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3623  pseudouridine synthase, RluA family  35.98 
 
 		 297 aa  90.5  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.71 
 
 		 368 aa  90.9  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3178  pseudouridine synthase, RluA family  38.1 
 
 		 295 aa  90.1  3e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  35.6 
 
 		 548 aa  89.4  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3353  RNA pseudouridine synthase family protein  36.88 
 
 		 296 aa  89  5e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0622873  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.18 
 
 		 212 aa  89  5e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.54 
 
 		 218 aa  89  5e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.73 
 
 		 300 aa  87.8  1e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.69 
 
 		 322 aa  87.8  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.25 
 
 		 300 aa  87.8  1e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND02470  conserved hypothetical protein  37.87 
 
 		 520 aa  88.2  1e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0281406  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  32.32 
 
 		 310 aa  87.8  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  36.73 
 
 		 307 aa  86.7  2e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  37.5 
 
 		 226 aa  87.4  2e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.85 
 
 		 330 aa  87  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  37.59 
 
 		 227 aa  87.4  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  36.88 
 
 		 306 aa  87  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4400  pseudouridine synthase  30.1 
 
 		 248 aa  87.4  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09301  putative pseudouridylate synthase  34.78 
 
 		 207 aa  87.4  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.47365 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0574  RluA family pseudouridine synthase  32.98 
 
 		 301 aa  86.7  3e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000115636  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0583  pseudouridine synthase, RluA family  34.15 
 
 		 305 aa  86.7  3e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  35.36 
 
 		 363 aa  85.9  4e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  39.86 
 
 		 222 aa  86.3  4e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.91 
 
 		 344 aa  85.9  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_002978  WD1162  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.59 
 
 		 276 aa  85.5  6e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0658766  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1184  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  30.89 
 
 		 307 aa  85.5  6e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.29 
 
 		 327 aa  85.5  6e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3776  pseudouridine synthase  36.24 
 
 		 243 aa  85.1  7e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  32.63 
 
 		 327 aa  85.5  7e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0047  pseudouridine synthase, RluD  35.71 
 
 		 295 aa  85.1  8e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.816819 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  38.4 
 
 		 320 aa  85.1  9e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2089  pseudouridylate synthase family protein, yabo  31.77 
 
 		 298 aa  85.1  9e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0175  RluA family pseudouridine synthase  32.98 
 
 		 296 aa  85.1  9e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.408906  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  33.15 
 
 		 346 aa  84.3  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.89 
 
 		 307 aa  84.3  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.28 
 
 		 308 aa  84.7  0.000000000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  33.85 
 
 		 560 aa  84.7  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0347  pseudouridine synthase, RluA family  29.58 
 
 		 303 aa  84.3  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1446  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  30.89 
 
 		 307 aa  84.3  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.52 
 
 		 350 aa  84.3  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.17 
 
 		 308 aa  84.7  0.000000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000579613  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 306 aa  84.3  0.000000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  36.11 
 
 		 299 aa  83.6  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  32.46 
 
 		 263 aa  84  0.000000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.75 
 
 		 307 aa  84  0.000000000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  38.71 
 
 		 319 aa  84  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  29.47 
 
 		 330 aa  83.6  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  31.64 
 
 		 319 aa  84  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  36.99 
 
 		 311 aa  84  0.000000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2377  RluA family pseudouridine synthase  31.77 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_48756  predicted protein  36.05 
 
 		 383 aa  83.6  0.000000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0290752  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  30.41 
 
 		 224 aa  84  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  36.2 
 
 		 250 aa  83.2  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0658  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 211 aa  83.2  0.000000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  30.96 
 
 		 322 aa  83.2  0.000000000000003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  39.53 
 
 		 239 aa  83.2  0.000000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0386  RluA family pseudouridine synthase  29.73 
 
 		 303 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2148  pseudouridine synthase  30.53 
 
 		 222 aa  83.2  0.000000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00375326  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  34.38 
 
 		 376 aa  83.2  0.000000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  30.21 
 
 		 302 aa  83.2  0.000000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.67 
 
 		 308 aa  83.6  0.000000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2529  pseudouridine synthase  37.91 
 
 		 578 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>