More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1914 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1914  copper-resistance protein CopA  100 
 
 		 209 aa  429  1e-119  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.290092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0296  pseudouridine synthase Rlu family protein  50 
 
 		 230 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0288  pseudouridine synthase Rlu family protein  49.03 
 
 		 230 aa  190  1e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0295  pseudouridine synthase Rlu family protein  49.03 
 
 		 230 aa  189  2e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.859464  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0300  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  49.03 
 
 		 230 aa  189  2e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1142  RNA psedouridine synthase  45.63 
 
 		 228 aa  188  4e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0099  pseudouridine synthase Rlu family protein  49.5 
 
 		 224 aa  188  5e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000500513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3536  pseudouridine synthase RluA-like protein  53.47 
 
 		 224 aa  187  9e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0399  pseudouridine synthase Rlu family protein  50.72 
 
 		 229 aa  187  1e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0325553  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1318  pseudouridine synthase Rlu family protein  47.6 
 
 		 242 aa  186  2e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0092  pseudouridine synthase Rlu family protein  48.51 
 
 		 225 aa  186  3e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.752208  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3245  pseudouridine synthase  46.31 
 
 		 232 aa  185  4e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4108  pseudouridine synthase Rlu family protein  48.77 
 
 		 229 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1273  pseudouridine synthase Rlu family protein  44.98 
 
 		 235 aa  181  7e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1290  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  45.59 
 
 		 237 aa  180  1e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.392817 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4080  pseudouridine synthase Rlu family protein  48.79 
 
 		 230 aa  179  2.9999999999999997e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4781  pseudouridine synthase Rlu family protein  51.96 
 
 		 224 aa  177  8e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134814  unclonable  0.0000000101532 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  51.32 
 
 		 238 aa  177  8e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003802  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  44.5 
 
 		 230 aa  177  1e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02690  hypothetical protein  45.71 
 
 		 230 aa  176  2e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1363  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.59 
 
 		 238 aa  175  4e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0824413  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0284  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.38 
 
 		 229 aa  175  4e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000244017  hitchhiker  0.0000000309962 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0111  pseudouridine synthase RluA-like protein  49.17 
 
 		 226 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1929  pseudouridine synthase Rlu family protein  51.35 
 
 		 223 aa  172  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.975546 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0283  pseudouridine synthase Rlu family protein  47.09 
 
 		 228 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000123479 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4390  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.31 
 
 		 224 aa  171  5e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000480203 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3738  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.6 
 
 		 228 aa  171  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.605712  normal  0.0272703 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02767  tRNA pseudouridine synthase A  44.79 
 
 		 279 aa  162  4.0000000000000004e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_10480  predicted protein  49.25 
 
 		 178 aa  137  1e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.00789821 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  38.73 
 
 		 306 aa  96.7  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  39.72 
 
 		 227 aa  92.8  3e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  35.8 
 
 		 224 aa  92.4  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3178  pseudouridine synthase, RluA family  39.19 
 
 		 295 aa  92.4  5e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  36.26 
 
 		 224 aa  91.7  8e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  36.63 
 
 		 301 aa  90.9  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  36.55 
 
 		 226 aa  89.7  2e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0707  pseudouridine synthase  34.1 
 
 		 228 aa  89.4  4e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.265923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3776  pseudouridine synthase  29.41 
 
 		 243 aa  89.4  4e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  36.62 
 
 		 240 aa  88.2  8e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  37.59 
 
 		 222 aa  88.2  9e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  36.05 
 
 		 302 aa  87.4  1e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0047  pseudouridine synthase, RluD  32.93 
 
 		 295 aa  86.7  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.816819 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 		 325 aa  87  2e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  35.14 
 
 		 307 aa  85.5  5e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1989  pseudouridine synthase  29.38 
 
 		 254 aa  85.5  5e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  39.16 
 
 		 305 aa  85.5  5e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1605  pseudouridine synthase, RluA family  34.03 
 
 		 311 aa  84.7  8e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.500866 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.99 
 
 		 308 aa  84  0.000000000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0195  pseudouridine synthase, RluD  36.05 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0653986  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  40.94 
 
 		 264 aa  83.6  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  36.69 
 
 		 293 aa  84  0.000000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.8 
 
 		 301 aa  83.2  0.000000000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3219  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.69 
 
 		 242 aa  82  0.000000000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4400  pseudouridine synthase  30 
 
 		 248 aa  81.6  0.000000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0035  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.32 
 
 		 221 aa  81.6  0.000000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  36.69 
 
 		 217 aa  81.6  0.000000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.49 
 
 		 368 aa  81.3  0.000000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  33.57 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0583  pseudouridine synthase, RluA family  34.88 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  32.6 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.55 
 
 		 307 aa  81.3  0.00000000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0704  pseudouridine synthase  32.87 
 
 		 248 aa  80.9  0.00000000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  32.72 
 
 		 314 aa  81.3  0.00000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0311  pseudouridine synthase  31.79 
 
 		 234 aa  80.9  0.00000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.148955 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.43 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  31.48 
 
 		 313 aa  80.1  0.00000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22700  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.03 
 
 		 311 aa  80.1  0.00000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.17143 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2721  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 246 aa  80.1  0.00000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0403839  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2524  pseudouridylate synthase  35.9 
 
 		 230 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.349394  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  36.96 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  31.47 
 
 		 246 aa  80.1  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0259  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  31.69 
 
 		 290 aa  80.1  0.00000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_48756  predicted protein  39.55 
 
 		 383 aa  80.1  0.00000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0290752  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  32.4 
 
 		 249 aa  79.7  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3623  pseudouridine synthase, RluA family  36.96 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1294  pseudouridine synthase, RluA family  31.41 
 
 		 310 aa  79.3  0.00000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.377146  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3265  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 		 302 aa  79  0.00000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.53 
 
 		 316 aa  79  0.00000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  32.4 
 
 		 239 aa  79  0.00000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  34.75 
 
 		 560 aa  78.6  0.00000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3188  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 		 307 aa  78.6  0.00000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3557  pseudouridine synthase, RluA family  37.68 
 
 		 297 aa  78.6  0.00000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1162  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.94 
 
 		 276 aa  78.6  0.00000000000007  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0658766  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0022  RNA pseudouridylate synthase family protein  33.16 
 
 		 300 aa  78.6  0.00000000000007  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  32.95 
 
 		 239 aa  78.2  0.00000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2529  pseudouridine synthase  37.97 
 
 		 578 aa  78.2  0.00000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4330  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 245 aa  78.2  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697869 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  35.17 
 
 		 306 aa  78.2  0.00000000000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  33.6 
 
 		 347 aa  78.2  0.00000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0631  pseudouridine synthase  31.15 
 
 		 269 aa  78.2  0.00000000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.299089  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3353  RNA pseudouridine synthase family protein  34.56 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0622873  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0024  RNA pseudouridine synthase family protein  33.51 
 
 		 300 aa  77.8  0.0000000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.76 
 
 		 218 aa  77.8  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.54 
 
 		 332 aa  77.8  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3519  pseudouridine synthase  33.12 
 
 		 234 aa  77.8  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.108825 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.7 
 
 		 214 aa  77.4  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0283  pseudouridine synthase, RluD  30.72 
 
 		 343 aa  77.8  0.0000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.131037 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.51 
 
 		 300 aa  77.8  0.0000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1736  pseudouridine synthase  34.87 
 
 		 222 aa  77.8  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175202  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  34 
 
 		 234 aa  77.4  0.0000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>