More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_3245 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_3245  pseudouridine synthase  100 
 
 
232 aa  471  1e-132  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1290  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  50.44 
 
 
237 aa  214  7e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.392817 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0099  pseudouridine synthase Rlu family protein  49.33 
 
 
224 aa  211  5.999999999999999e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000500513  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1318  pseudouridine synthase Rlu family protein  43.56 
 
 
242 aa  211  1e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4781  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.22 
 
 
224 aa  204  8e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134814  unclonable  0.0000000101532 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4080  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.85 
 
 
230 aa  203  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  46.54 
 
 
238 aa  195  4.0000000000000005e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0399  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.52 
 
 
229 aa  193  2e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0325553  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4390  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.64 
 
 
224 aa  193  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000480203 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0284  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.09 
 
 
229 aa  192  3e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000244017  hitchhiker  0.0000000309962 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0092  pseudouridine synthase Rlu family protein  41.59 
 
 
225 aa  191  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.752208  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1142  RNA psedouridine synthase  44.2 
 
 
228 aa  190  2e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0111  pseudouridine synthase RluA-like protein  47.52 
 
 
226 aa  190  2e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0283  pseudouridine synthase Rlu family protein  47.37 
 
 
228 aa  190  2e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000123479 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0300  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  45.45 
 
 
230 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0296  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.89 
 
 
230 aa  189  4e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0295  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.45 
 
 
230 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.859464  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3738  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.49 
 
 
228 aa  188  8e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.605712  normal  0.0272703 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0288  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.65 
 
 
230 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4108  pseudouridine synthase Rlu family protein  43.5 
 
 
229 aa  186  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1273  pseudouridine synthase Rlu family protein  44.35 
 
 
235 aa  186  2e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1914  copper-resistance protein CopA  46.31 
 
 
209 aa  185  5e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.290092  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3536  pseudouridine synthase RluA-like protein  45.33 
 
 
224 aa  182  6e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003802  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  41.3 
 
 
230 aa  179  2.9999999999999997e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02690  hypothetical protein  40.87 
 
 
230 aa  174  7e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1363  pseudouridine synthase Rlu family protein  41.44 
 
 
238 aa  169  5e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0824413  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02767  tRNA pseudouridine synthase A  42.71 
 
 
279 aa  150  1e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1929  pseudouridine synthase Rlu family protein  38.67 
 
 
223 aa  148  6e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.975546 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_10480  predicted protein  44.71 
 
 
178 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00789821 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.79 
 
 
300 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  35.38 
 
 
302 aa  107  1e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.91 
 
 
300 aa  105  5e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2148  pseudouridine synthase  35.26 
 
 
222 aa  100  2e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00375326  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  34.2 
 
 
560 aa  94.7  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_48756  predicted protein  38.71 
 
 
383 aa  93.6  2e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0290752  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.61 
 
 
307 aa  90.9  2e-17  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  35.06 
 
 
217 aa  90.5  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  31.66 
 
 
223 aa  89.7  4e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.14 
 
 
308 aa  88.6  7e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  30.52 
 
 
244 aa  87.8  1e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.67 
 
 
223 aa  88.2  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  33.5 
 
 
327 aa  87.4  2e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1600  pseudouridine synthase, RluA family  36.2 
 
 
525 aa  87.4  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220651  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  35.39 
 
 
224 aa  87  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  33.01 
 
 
225 aa  86.7  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.36 
 
 
543 aa  86.3  4e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  30 
 
 
293 aa  85.9  5e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  33.16 
 
 
299 aa  85.9  5e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.97 
 
 
218 aa  84.7  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0035  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.83 
 
 
221 aa  84.3  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.01 
 
 
214 aa  84.7  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  37.06 
 
 
306 aa  84.7  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  31.84 
 
 
217 aa  84  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  34.78 
 
 
325 aa  84  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0583  pseudouridine synthase, RluA family  33.12 
 
 
305 aa  84  0.000000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.1 
 
 
301 aa  83.6  0.000000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3519  pseudouridine synthase  31.61 
 
 
234 aa  84  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.108825 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  31.68 
 
 
223 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 
331 aa  83.2  0.000000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  33.8 
 
 
204 aa  82.8  0.000000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1047  pseudouridine synthase  35.23 
 
 
222 aa  83.2  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.703498  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  41.73 
 
 
329 aa  82.8  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.77 
 
 
345 aa  82.4  0.000000000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  32.6 
 
 
346 aa  82.8  0.000000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1276  pseudouridine synthase  35.47 
 
 
233 aa  82.4  0.000000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.220673  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.33 
 
 
321 aa  82.4  0.000000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.27015  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0459  pseudouridine synthase  29.35 
 
 
305 aa  82  0.000000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.28 
 
 
296 aa  82.4  0.000000000000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  32.7 
 
 
219 aa  82  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0433  pseudouridine synthase  29.35 
 
 
305 aa  82  0.000000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  31 
 
 
223 aa  82  0.000000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  32.18 
 
 
223 aa  82  0.000000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  28.36 
 
 
364 aa  81.3  0.00000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.89 
 
 
332 aa  81.3  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  33.66 
 
 
648 aa  81.3  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  32.23 
 
 
219 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  33.11 
 
 
307 aa  80.5  0.00000000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  35.21 
 
 
219 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.28 
 
 
323 aa  80.5  0.00000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.91 
 
 
315 aa  80.5  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0912  pseudouridine synthase, RluA family  33.94 
 
 
558 aa  80.1  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00634483 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2303  RluA family pseudouridine synthase  30.1 
 
 
323 aa  80.9  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0572  pseudouridine synthase  31.19 
 
 
306 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  35.59 
 
 
246 aa  80.9  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10900  pseudouridine synthase, RluA family  34.29 
 
 
320 aa  80.9  0.00000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.631494  unclonable  0.00000000285325 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2893  pseudouridine synthase  34.91 
 
 
212 aa  80.5  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  32.23 
 
 
219 aa  80.1  0.00000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  32.23 
 
 
219 aa  80.1  0.00000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  32.23 
 
 
219 aa  80.1  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472444  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 
219 aa  80.1  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  32.49 
 
 
225 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  32.23 
 
 
219 aa  80.1  0.00000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  32.23 
 
 
219 aa  80.1  0.00000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000519589  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.33 
 
 
436 aa  79.7  0.00000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0445  pseudouridine synthase  28.36 
 
 
303 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  32.23 
 
 
219 aa  80.1  0.00000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  36.36 
 
 
364 aa  79.7  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  33.5 
 
 
215 aa  79.7  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.290818 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_15666  predicted protein  33.03 
 
 
235 aa  80.1  0.00000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  32.23 
 
 
219 aa  80.1  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>