More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4080 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_4080  pseudouridine synthase Rlu family protein  100 
 
 		 230 aa  479  1e-134  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4108  pseudouridine synthase Rlu family protein  53.91 
 
 		 229 aa  250  1e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0099  pseudouridine synthase Rlu family protein  53.28 
 
 		 224 aa  238  8e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000500513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4390  pseudouridine synthase Rlu family protein  50.66 
 
 		 224 aa  233  3e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000480203 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4781  pseudouridine synthase Rlu family protein  50.22 
 
 		 224 aa  228  8e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134814  unclonable  0.0000000101532 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1142  RNA psedouridine synthase  49.35 
 
 		 228 aa  227  1e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0111  pseudouridine synthase RluA-like protein  54.81 
 
 		 226 aa  227  1e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0288  pseudouridine synthase Rlu family protein  50.64 
 
 		 230 aa  224  8e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0295  pseudouridine synthase Rlu family protein  51.07 
 
 		 230 aa  223  2e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.859464  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  52.49 
 
 		 238 aa  223  3e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0300  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  51.07 
 
 		 230 aa  223  3e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0296  pseudouridine synthase Rlu family protein  50.21 
 
 		 230 aa  221  6e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1273  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.38 
 
 		 235 aa  221  9e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003802  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  45.11 
 
 		 230 aa  220  9.999999999999999e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0283  pseudouridine synthase Rlu family protein  50.21 
 
 		 228 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000123479 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0092  pseudouridine synthase Rlu family protein  50.22 
 
 		 225 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.752208  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3738  pseudouridine synthase Rlu family protein  49.79 
 
 		 228 aa  218  5e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.605712  normal  0.0272703 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0399  pseudouridine synthase Rlu family protein  50 
 
 		 229 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0325553  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02690  hypothetical protein  44.26 
 
 		 230 aa  217  1e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3536  pseudouridine synthase RluA-like protein  51.97 
 
 		 224 aa  217  1e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1290  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  48.28 
 
 		 237 aa  214  5.9999999999999996e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.392817 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0284  pseudouridine synthase Rlu family protein  49.79 
 
 		 229 aa  214  8e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000244017  hitchhiker  0.0000000309962 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1318  pseudouridine synthase Rlu family protein  47.21 
 
 		 242 aa  213  9.999999999999999e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3245  pseudouridine synthase  45.85 
 
 		 232 aa  203  2e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1363  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.37 
 
 		 238 aa  194  9e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0824413  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1929  pseudouridine synthase Rlu family protein  47.95 
 
 		 223 aa  184  9e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.975546 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1914  copper-resistance protein CopA  48.79 
 
 		 209 aa  179  4e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.290092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02767  tRNA pseudouridine synthase A  45.83 
 
 		 279 aa  159  5e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_10480  predicted protein  41.85 
 
 		 178 aa  146  3e-34  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.00789821 
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_48756  predicted protein  36.36 
 
 		 383 aa  100  3e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0290752  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  35.18 
 
 		 560 aa  100  3e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.27 
 
 		 332 aa  95.5  6e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  35.42 
 
 		 314 aa  89.4  5e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  33.17 
 
 		 351 aa  88.6  7e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2148  pseudouridine synthase  34.12 
 
 		 216 aa  88.6  8e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  30 
 
 		 299 aa  87.8  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1825  pseudouridine synthase  32.8 
 
 		 306 aa  87.8  1e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 250 aa  86.3  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  34.62 
 
 		 293 aa  85.9  5e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.73 
 
 		 322 aa  85.5  6e-16  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.45 
 
 		 330 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  32.65 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  31.55 
 
 		 376 aa  84.3  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  32.99 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  33.58 
 
 		 227 aa  82.8  0.000000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  33.87 
 
 		 306 aa  82.8  0.000000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3776  pseudouridine synthase  31.31 
 
 		 243 aa  82.4  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  32.35 
 
 		 234 aa  82  0.000000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  31.13 
 
 		 327 aa  82  0.000000000000007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1208  RluA family pseudouridine synthase  32.12 
 
 		 307 aa  81.6  0.000000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1184  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  32.11 
 
 		 307 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  29.06 
 
 		 301 aa  81.3  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  31.84 
 
 		 252 aa  81.6  0.00000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.05 
 
 		 314 aa  80.9  0.00000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  34.25 
 
 		 246 aa  81.3  0.00000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0574  RluA family pseudouridine synthase  31.22 
 
 		 301 aa  80.5  0.00000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000115636  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1162  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.05 
 
 		 276 aa  80.5  0.00000000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0658766  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1405  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.11 
 
 		 307 aa  80.1  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  38.1 
 
 		 329 aa  80.1  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.11 
 
 		 307 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  31.72 
 
 		 304 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.04 
 
 		 323 aa  80.5  0.00000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1352  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  29.53 
 
 		 299 aa  80.1  0.00000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000522959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1446  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  32.11 
 
 		 307 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.08 
 
 		 322 aa  79.7  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0707  pseudouridine synthase  31.37 
 
 		 228 aa  79.7  0.00000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.265923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.96 
 
 		 368 aa  80.1  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0583  pseudouridine synthase, RluA family  30.37 
 
 		 305 aa  79.7  0.00000000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  33.14 
 
 		 332 aa  79.7  0.00000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  32.12 
 
 		 307 aa  79.3  0.00000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0122358 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.29 
 
 		 296 aa  79.3  0.00000000000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0047  pseudouridine synthase, RluD  32.45 
 
 		 295 aa  79.3  0.00000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.816819 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0584  RluA family pseudouridine synthase  28.88 
 
 		 298 aa  79.3  0.00000000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.460121  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1989  pseudouridine synthase  30.43 
 
 		 254 aa  79.3  0.00000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  31.62 
 
 		 306 aa  79  0.00000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  31.38 
 
 		 301 aa  79  0.00000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0035  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.87 
 
 		 221 aa  79  0.00000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  32.57 
 
 		 364 aa  79  0.00000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0176  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  32.39 
 
 		 302 aa  79  0.00000000000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_61490  DRAP deaminase and pseudouridylate synthase  28.33 
 
 		 425 aa  78.6  0.00000000000008  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2148  pseudouridine synthase  31.58 
 
 		 222 aa  78.6  0.00000000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00375326  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2838  pseudouridine synthase, RluD  29.57 
 
 		 296 aa  78.6  0.00000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000325771  decreased coverage  1.22587e-21 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  30.73 
 
 		 240 aa  78.6  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  30.52 
 
 		 314 aa  78.6  0.00000000000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.85 
 
 		 321 aa  78.2  0.00000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1014  RluA family pseudouridine synthase  30.61 
 
 		 307 aa  77.8  0.0000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  26.85 
 
 		 325 aa  78.2  0.0000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  28.9 
 
 		 326 aa  77.8  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.81 
 
 		 343 aa  77.8  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  32.7 
 
 		 306 aa  78.2  0.0000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10900  pseudouridine synthase, RluA family  31.18 
 
 		 320 aa  78.2  0.0000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.631494  unclonable  0.00000000285325 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  27.43 
 
 		 244 aa  77.4  0.0000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1206  RNA pseudouridylate synthase  31.05 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.575901  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  32.93 
 
 		 302 aa  77.4  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6830  pseudouridine synthase, RluA family  31.55 
 
 		 303 aa  77  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1304  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  31.05 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  31.87 
 
 		 345 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.5 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1382  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  31.05 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.53631 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0864  pseudouridine synthase  30.36 
 
 		 224 aa  77.4  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0335511  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>