More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4390 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4390  pseudouridine synthase Rlu family protein  100 
 
 		 224 aa  462  1e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000480203 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4781  pseudouridine synthase Rlu family protein  83.48 
 
 		 224 aa  401  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134814  unclonable  0.0000000101532 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0099  pseudouridine synthase Rlu family protein  75.45 
 
 		 224 aa  353  1e-96  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000500513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0283  pseudouridine synthase Rlu family protein  69.74 
 
 		 228 aa  330  1e-89  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000123479 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3738  pseudouridine synthase Rlu family protein  69.3 
 
 		 228 aa  328  4e-89  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.605712  normal  0.0272703 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0399  pseudouridine synthase Rlu family protein  69.87 
 
 		 229 aa  327  7e-89  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0325553  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0288  pseudouridine synthase Rlu family protein  70.61 
 
 		 230 aa  327  7e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4108  pseudouridine synthase Rlu family protein  68.3 
 
 		 229 aa  327  9e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0296  pseudouridine synthase Rlu family protein  70.61 
 
 		 230 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0284  pseudouridine synthase Rlu family protein  69.3 
 
 		 229 aa  325  3e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000244017  hitchhiker  0.0000000309962 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0295  pseudouridine synthase Rlu family protein  70.18 
 
 		 230 aa  325  5e-88  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.859464  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0300  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  69.3 
 
 		 230 aa  322  3e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0092  pseudouridine synthase Rlu family protein  66.22 
 
 		 225 aa  315  2e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.752208  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0111  pseudouridine synthase RluA-like protein  67.26 
 
 		 226 aa  311  3.9999999999999997e-84  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3536  pseudouridine synthase RluA-like protein  67.86 
 
 		 224 aa  296  1e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4080  pseudouridine synthase Rlu family protein  50.66 
 
 		 230 aa  233  2.0000000000000002e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1318  pseudouridine synthase Rlu family protein  48.67 
 
 		 242 aa  224  7e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1290  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  46.88 
 
 		 237 aa  221  4.9999999999999996e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.392817 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1142  RNA psedouridine synthase  47.11 
 
 		 228 aa  221  6e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003802  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  44.78 
 
 		 230 aa  208  5e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1273  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.22 
 
 		 235 aa  206  2e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  48.65 
 
 		 238 aa  205  6e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02690  hypothetical protein  43.91 
 
 		 230 aa  204  1e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1363  pseudouridine synthase Rlu family protein  44.84 
 
 		 238 aa  193  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0824413  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3245  pseudouridine synthase  46.64 
 
 		 232 aa  193  2e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1929  pseudouridine synthase Rlu family protein  44.1 
 
 		 223 aa  179  4e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.975546 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1914  copper-resistance protein CopA  46.31 
 
 		 209 aa  171  5.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.290092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02767  tRNA pseudouridine synthase A  43.28 
 
 		 279 aa  167  1e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_10480  predicted protein  43.33 
 
 		 178 aa  151  7e-36  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.00789821 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.47 
 
 		 218 aa  98.2  9e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.75 
 
 		 300 aa  97.8  1e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  41.18 
 
 		 306 aa  97.8  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.74 
 
 		 300 aa  95.9  4e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0023  putative ribosomal pseudouridine synthase  32.87 
 
 		 300 aa  95.5  6e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.835317  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND02470  conserved hypothetical protein  37.79 
 
 		 520 aa  95.1  7e-19  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0281406  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  31.88 
 
 		 302 aa  94  2e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0047  pseudouridine synthase, RluD  38.97 
 
 		 295 aa  93.2  3e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.816819 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  32.84 
 
 		 314 aa  93.2  3e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3557  pseudouridine synthase, RluA family  35.98 
 
 		 297 aa  92.8  4e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.65 
 
 		 307 aa  90.9  1e-17  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3623  pseudouridine synthase, RluA family  34.57 
 
 		 297 aa  91.3  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.75 
 
 		 368 aa  91.3  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0035  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.3 
 
 		 221 aa  91.3  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2148  pseudouridine synthase  33.68 
 
 		 222 aa  90.1  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00375326  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1162  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.1 
 
 		 276 aa  90.5  2e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0658766  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1184  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  31.28 
 
 		 307 aa  90.9  2e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.28 
 
 		 307 aa  90.1  2e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1446  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  31.28 
 
 		 307 aa  90.1  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0175  RluA family pseudouridine synthase  38.85 
 
 		 296 aa  90.5  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.408906  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3178  pseudouridine synthase, RluA family  38.67 
 
 		 295 aa  89.7  3e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  32.31 
 
 		 305 aa  89.7  3e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2968  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  29.5 
 
 		 224 aa  89  5e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.577134 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1405  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.93 
 
 		 307 aa  88.6  7e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  37.41 
 
 		 249 aa  88.6  7e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  34.83 
 
 		 306 aa  88.2  1e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  37.76 
 
 		 297 aa  87.8  1e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.93 
 
 		 322 aa  87  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3353  RNA pseudouridine synthase family protein  37.5 
 
 		 296 aa  87  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0622873  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  32.98 
 
 		 293 aa  87  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  37.84 
 
 		 224 aa  87  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  36.73 
 
 		 239 aa  87  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0347  pseudouridine synthase, RluA family  28.85 
 
 		 303 aa  87  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  32.2 
 
 		 548 aa  86.7  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  30.81 
 
 		 311 aa  85.9  4e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.47 
 
 		 322 aa  85.9  4e-16  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1931  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.22 
 
 		 195 aa  85.5  5e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.176665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.98 
 
 		 319 aa  85.9  5e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  36.88 
 
 		 227 aa  85.9  5e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  37.67 
 
 		 307 aa  85.5  6e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  29.38 
 
 		 246 aa  85.5  6e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0310  RluA family pseudouridine synthase  31.43 
 
 		 303 aa  85.5  6e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0707  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 228 aa  85.1  7e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.265923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  35.37 
 
 		 239 aa  85.1  8e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  37.5 
 
 		 204 aa  84.7  9e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  28.39 
 
 		 257 aa  84.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.16 
 
 		 308 aa  84.3  0.000000000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  28.39 
 
 		 257 aa  84.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  28.39 
 
 		 257 aa  84.7  0.000000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  33.15 
 
 		 219 aa  83.6  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  33.15 
 
 		 219 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.25 
 
 		 212 aa  84  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  33.15 
 
 		 219 aa  83.6  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  33.15 
 
 		 219 aa  83.6  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  31.9 
 
 		 263 aa  83.6  0.000000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  30.28 
 
 		 228 aa  84  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  33.15 
 
 		 219 aa  83.6  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  33.15 
 
 		 219 aa  83.6  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000519589  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  33.15 
 
 		 219 aa  83.6  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  37.59 
 
 		 217 aa  84  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1014  RluA family pseudouridine synthase  30.26 
 
 		 307 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  30.85 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_48756  predicted protein  33.33 
 
 		 383 aa  84  0.000000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0290752  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  38.57 
 
 		 250 aa  83.6  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3776  pseudouridine synthase  36.24 
 
 		 243 aa  83.2  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0658  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 211 aa  83.2  0.000000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  30.33 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  31.44 
 
 		 298 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  32.6 
 
 		 219 aa  83.2  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  32.63 
 
 		 560 aa  83.2  0.000000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.89 
 
 		 332 aa  82.8  0.000000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>