More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1363 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1363  pseudouridine synthase Rlu family protein  100 
 
 		 238 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0824413  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1929  pseudouridine synthase Rlu family protein  48.21 
 
 		 223 aa  211  1e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.975546 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1142  RNA psedouridine synthase  46.64 
 
 		 228 aa  207  1e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0099  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.15 
 
 		 224 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000500513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1273  pseudouridine synthase Rlu family protein  44.93 
 
 		 235 aa  201  9.999999999999999e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4781  pseudouridine synthase Rlu family protein  47.09 
 
 		 224 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134814  unclonable  0.0000000101532 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003802  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  43.17 
 
 		 230 aa  196  4.0000000000000005e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02690  hypothetical protein  43.61 
 
 		 230 aa  194  8.000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4080  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.37 
 
 		 230 aa  194  9e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4390  pseudouridine synthase Rlu family protein  44.84 
 
 		 224 aa  193  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000480203 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4108  pseudouridine synthase Rlu family protein  44.3 
 
 		 229 aa  188  7e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0284  pseudouridine synthase Rlu family protein  47.11 
 
 		 229 aa  188  7e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000244017  hitchhiker  0.0000000309962 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  42.92 
 
 		 238 aa  187  2e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0295  pseudouridine synthase Rlu family protein  47.35 
 
 		 230 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.859464  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0111  pseudouridine synthase RluA-like protein  45.95 
 
 		 226 aa  185  6e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0296  pseudouridine synthase Rlu family protein  47.35 
 
 		 230 aa  185  6e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0300  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  46.9 
 
 		 230 aa  184  9e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0288  pseudouridine synthase Rlu family protein  47.35 
 
 		 230 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0092  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.33 
 
 		 225 aa  183  3e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.752208  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3738  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.13 
 
 		 228 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.605712  normal  0.0272703 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1290  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  43.26 
 
 		 237 aa  181  6e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.392817 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0283  pseudouridine synthase Rlu family protein  44.69 
 
 		 228 aa  180  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000123479 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0399  pseudouridine synthase Rlu family protein  44.89 
 
 		 229 aa  176  3e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0325553  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1318  pseudouridine synthase Rlu family protein  44.69 
 
 		 242 aa  175  4e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1914  copper-resistance protein CopA  45.59 
 
 		 209 aa  175  5e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.290092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3536  pseudouridine synthase RluA-like protein  45.7 
 
 		 224 aa  175  6e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3245  pseudouridine synthase  41.44 
 
 		 232 aa  169  5e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02767  tRNA pseudouridine synthase A  43.5 
 
 		 279 aa  161  7e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_10480  predicted protein  44.32 
 
 		 178 aa  148  7e-35  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.00789821 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3178  pseudouridine synthase, RluA family  36.32 
 
 		 295 aa  106  3e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.61 
 
 		 307 aa  104  1e-21  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  35.52 
 
 		 306 aa  103  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.17 
 
 		 308 aa  100  2e-20  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_48756  predicted protein  33.82 
 
 		 383 aa  100  2e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0290752  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  37.84 
 
 		 224 aa  98.2  9e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0375  RluA family pseudouridine synthase  28.77 
 
 		 299 aa  97.8  1e-19  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000429003  hitchhiker  0.000000000105454 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  37.76 
 
 		 293 aa  96.3  4e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09301  putative pseudouridylate synthase  34.41 
 
 		 207 aa  96.3  4e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.47365 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.37 
 
 		 300 aa  95.9  5e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.58 
 
 		 314 aa  95.5  6e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  35.32 
 
 		 264 aa  95.5  7e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2148  pseudouridine synthase  32.43 
 
 		 222 aa  94.4  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00375326  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  37.71 
 
 		 469 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0912  pseudouridine synthase, RluA family  31.53 
 
 		 308 aa  94  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  36.27 
 
 		 227 aa  93.6  2e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  34.81 
 
 		 307 aa  93.2  3e-18  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  31.06 
 
 		 325 aa  93.2  3e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3623  pseudouridine synthase, RluA family  31.44 
 
 		 297 aa  93.2  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3557  pseudouridine synthase, RluA family  31.44 
 
 		 297 aa  93.2  3e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1649  RluA family pseudouridine synthase  32.98 
 
 		 297 aa  92.4  5e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  37.14 
 
 		 457 aa  92  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  35.87 
 
 		 302 aa  92  7e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  38.85 
 
 		 297 aa  92  7e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  35.52 
 
 		 301 aa  92  7e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  32.55 
 
 		 327 aa  92  7e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  29.61 
 
 		 235 aa  90.9  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  38.92 
 
 		 364 aa  90.9  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  34.88 
 
 		 239 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  31.47 
 
 		 246 aa  90.5  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  29.46 
 
 		 313 aa  90.5  2e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  30.89 
 
 		 226 aa  90.5  2e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.73 
 
 		 309 aa  90.1  3e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.26 
 
 		 330 aa  90.1  3e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  35.36 
 
 		 468 aa  89.7  4e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  35.36 
 
 		 468 aa  89.4  4e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  33.5 
 
 		 299 aa  89.4  4e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  32.11 
 
 		 349 aa  89  6e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  32.43 
 
 		 299 aa  89  6e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0195  pseudouridine synthase, RluD  35.87 
 
 		 299 aa  88.6  8e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0653986  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0049  RNA pseudouridine synthase family protein  28.4 
 
 		 300 aa  88.6  8e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.48 
 
 		 300 aa  88.2  9e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0004  pseudouridine synthase  29.79 
 
 		 307 aa  88.6  9e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000105413 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0022  RNA pseudouridylate synthase family protein  28.81 
 
 		 300 aa  87.8  1e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0315  pseudouridine synthase  32.66 
 
 		 264 aa  88.2  1e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.49 
 
 		 543 aa  88.2  1e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3776  pseudouridine synthase  28.63 
 
 		 243 aa  88.2  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0584  RluA family pseudouridine synthase  31.75 
 
 		 298 aa  88.2  1e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.460121  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  30.1 
 
 		 302 aa  87.4  2e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0023  putative ribosomal pseudouridine synthase  30.26 
 
 		 300 aa  87  2e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.835317  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  34.88 
 
 		 239 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  34.18 
 
 		 305 aa  87.4  2e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  34.08 
 
 		 471 aa  86.7  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  41.54 
 
 		 346 aa  87  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  36 
 
 		 217 aa  87  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1813  pseudouridine synthase, RluA family  37.01 
 
 		 526 aa  86.7  3e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000000964916  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.65 
 
 		 327 aa  86.7  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1453  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  34.59 
 
 		 285 aa  86.7  3e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 560 aa  86.7  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  32.24 
 
 		 446 aa  86.3  4e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0212  RluA family pseudouridine synthase  35.87 
 
 		 298 aa  86.3  4e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.935896  normal  0.204158 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0583  pseudouridine synthase, RluA family  32.5 
 
 		 305 aa  86.3  4e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0556  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.68 
 
 		 305 aa  86.3  4e-16  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0046  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  27.89 
 
 		 297 aa  86.3  4e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  27.19 
 
 		 309 aa  85.9  5e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  30.3 
 
 		 320 aa  85.5  6e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  34.43 
 
 		 249 aa  85.5  7e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  30.77 
 
 		 376 aa  85.5  7e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2148  pseudouridine synthase  33.54 
 
 		 216 aa  85.1  8e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0024  RNA pseudouridine synthase family protein  28.69 
 
 		 300 aa  85.1  9e-16  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1654  pseudouridine synthase  28.22 
 
 		 286 aa  85.1  9e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.142786 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>