98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E1248 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E1248  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 
109 aa  223  6e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000139831  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2073  transcriptional regulator, XRE family  36.59 
 
 
135 aa  55.5  2e-07  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0932046  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2058  transcriptional repressor DicA  36.59 
 
 
135 aa  55.5  2e-07  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.211333  normal 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4635  putative phage repressor  32.39 
 
 
214 aa  52.4  2e-06  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.671239 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1025  helix-turn-helix domain-containing protein  36.76 
 
 
130 aa  51.6  3e-06  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00102853  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2252  transcriptional repressor DicA  33.73 
 
 
131 aa  51.2  4e-06  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  2.18001e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2653  XRE family transcriptional regulator  36 
 
 
133 aa  50.8  6e-06  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0271139  normal  0.0108721 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2421  helix-turn-helix domain-containing protein  31.25 
 
 
132 aa  50.4  8e-06  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.195917  normal  0.223738 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0762  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 
132 aa  50.4  8e-06  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  30 
 
 
240 aa  50.1  1e-05  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2034  transcriptional regulator, XRE family  33.8 
 
 
96 aa  49.3  2e-05  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0413  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 
132 aa  49.3  2e-05  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  28.89 
 
 
240 aa  48.9  2e-05  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1887  XRE family transcriptional regulator  32.5 
 
 
104 aa  47.8  4e-05  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603654  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
118 aa  47.8  5e-05  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  6.79525e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1733  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 
133 aa  47.8  5e-05  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0219  putative phage repressor  34.33 
 
 
235 aa  47.4  7e-05  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.449525  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3482  XRE family transcriptional regulator  31.65 
 
 
104 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.411907  normal  0.584278 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4971  helix-turn-helix domain protein  38.33 
 
 
111 aa  46.6  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  31.51 
 
 
233 aa  46.2  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  38.81 
 
 
227 aa  46.6  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0921  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 
132 aa  46.6  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  8.30973e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1423  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
195 aa  46.2  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  32 
 
 
105 aa  46.2  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  31.94 
 
 
233 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
115 aa  45.8  0.0002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  1.42648e-12  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 
68 aa  45.8  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1965  putative phage repressor  32.39 
 
 
263 aa  45.4  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.526038  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  31.51 
 
 
233 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01531  hypothetical protein  36.51 
 
 
135 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0356913  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4115  putative phage repressor  37.84 
 
 
248 aa  45.8  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.396113  hitchhiker  2.11881e-06 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01539  prophage CP-9330 DicA-like protein  36.51 
 
 
135 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0413815  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
115 aa  45.8  0.0002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  1.52617e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3268  transciptional regulator  34.25 
 
 
229 aa  45.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  9.53974e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1142  transcriptional regulator, XRE family  35.9 
 
 
141 aa  44.7  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.343255  normal  0.597064 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  35.38 
 
 
296 aa  44.7  0.0004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3686  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 
133 aa  44.3  0.0005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0763  transcriptional regulator  32.88 
 
 
130 aa  44.3  0.0005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.305784 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5294  transcriptional regulator, XRE family  31.18 
 
 
194 aa  44.7  0.0005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0617  hypothetical protein  39.68 
 
 
71 aa  44.3  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.455371  hitchhiker  2.89495e-06 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0552  transcriptional regulator, XRE family  32.14 
 
 
71 aa  43.9  0.0007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.162215  hitchhiker  8.52105e-05 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0322  helix-turn-helix/peptidase S24-like domain-containing protein  33.33 
 
 
213 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.274392  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4106  transcriptional regulator, XRE family  34.67 
 
 
207 aa  43.9  0.0007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0938506  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0152  XRE family transcriptional regulator  30.26 
 
 
93 aa  43.9  0.0007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0400  putative HTH-type transcriptional regulator  27.03 
 
 
127 aa  43.9  0.0007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.06586  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0134  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 
152 aa  43.5  0.0009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000191075  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3371  putative phage repressor  34.29 
 
 
229 aa  43.5  0.0009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  1.19805e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0440  DNA-binding protein  31.43 
 
 
91 aa  43.5  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  3.74773e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  34.29 
 
 
229 aa  43.5  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  5.8003e-08  unclonable  8.89639e-06 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0382  P22 repressor protein c2  30.77 
 
 
216 aa  42.7  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.103014  hitchhiker  6.07321e-13 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10021  Repressor protein C2  34.92 
 
 
216 aa  43.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2256  Cro/CI family transcriptional regulator  30 
 
 
104 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1274  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 
152 aa  43.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.222413  normal  0.176639 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0289  P22 repressor protein c2  34.92 
 
 
216 aa  43.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1247  transcriptional regulator, XRE family  33.77 
 
 
165 aa  43.1  0.001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.797623  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0278  XRE family transcriptional regulator  28.43 
 
 
128 aa  42.7  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  6.72654e-05  normal  0.646275 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0078  hypothetical protein  37.7 
 
 
73 aa  43.5  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0568  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 
304 aa  43.5  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.415819  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  32.31 
 
 
256 aa  42.4  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  2.31765e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3707  molybdate metabolism transcriptional regulator  32.22 
 
 
374 aa  42.4  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.487138  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  31.75 
 
 
183 aa  42.4  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03443  transcriptional regulator, HTH_3 family protein  28.05 
 
 
208 aa  42.4  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2171  transcriptional regulator  34.29 
 
 
184 aa  42  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.809699 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4243  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 
229 aa  42  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  31.52 
 
 
201 aa  41.6  0.003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0800  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 
97 aa  42  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06215  hypothetical protein  37.7 
 
 
68 aa  42  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3445  helix-turn-helix domain-containing protein  41.18 
 
 
335 aa  42  0.003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3955  hypothetical protein  35.71 
 
 
400 aa  42  0.003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2775  putative phage repressor  34.92 
 
 
264 aa  41.2  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1500  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  34.92 
 
 
220 aa  41.6  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  4.3506e-09  normal  0.0115826 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2924  putative phage repressor  34.92 
 
 
264 aa  41.6  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12537  hypothetical protein  44.68 
 
 
415 aa  41.6  0.004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  7.9395e-37  hitchhiker  0.00258051 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8701  transcriptional regulator, XRE family  37.74 
 
 
200 aa  41.6  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.257362 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1696  transcriptional regulator, XRE family  38.57 
 
 
371 aa  41.2  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324356  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  33.93 
 
 
169 aa  41.2  0.005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 
252 aa  41.2  0.005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  29.85 
 
 
255 aa  41.2  0.005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  1.93278e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2113  transcriptional regulator, putative  36.84 
 
 
143 aa  40.8  0.006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2349  hypothetical protein  35 
 
 
69 aa  40.8  0.006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0008  XRE family transcriptional regulator  32.88 
 
 
107 aa  40.8  0.006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000363546  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4076  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 
157 aa  40.8  0.006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.541899 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2710  XRE family transcriptional regulator  32.61 
 
 
116 aa  40.8  0.006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0378  transcriptional regulator, XRE family  32.14 
 
 
120 aa  40.8  0.006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.309443  hitchhiker  0.00198984 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3076  transcriptional regulator  37.7 
 
 
219 aa  40.8  0.007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.0011023  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  35.14 
 
 
504 aa  40.4  0.007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4055  molybdate metabolism transcriptional regulator  30.3 
 
 
377 aa  40.4  0.008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00182658  normal  0.26319 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2958  transcriptional regulator HTH family  30.56 
 
 
134 aa  40.4  0.008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0405  hypothetical protein  29.87 
 
 
118 aa  40.4  0.008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.000114125  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0002  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 
184 aa  40.4  0.008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.138514 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0955  XRE family transcriptional regulator  32.76 
 
 
232 aa  40.4  0.008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2626  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
137 aa  40.4  0.008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0239529  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  33.87 
 
 
188 aa  40.4  0.009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4418  putative phage repressor  34.92 
 
 
213 aa  40  0.009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000888993  normal  0.473724 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0037  hypothetical protein  33.33 
 
 
68 aa  40.4  0.009  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4444  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
109 aa  40  0.01  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 
187 aa  40  0.01  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0512  XRE family transcriptional regulator  32.31 
 
 
72 aa  40  0.01  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.994286 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>