64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2626 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2626  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 137 aa  274  3e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0239529  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2310  XRE family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 130 aa  107  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000103087  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1627  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 135 aa  72.4  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00124147  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2710  XRE family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 116 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3025  DNA-binding protein, putative  51.52 
 
 		 120 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111076  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3673  XRE family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 129 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.151534  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4866  XRE family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 179 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.894538  normal  0.194277 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3376  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 129 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0405  hypothetical protein  38.39 
 
 		 118 aa  56.6  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.000114125  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3316  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 126 aa  56.6  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0996495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2619  XRE family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 110 aa  55.1  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000698613  hitchhiker  0.000000000219561 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2585  XRE family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 110 aa  55.1  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00026111  hitchhiker  0.00000611184 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4100  Cro/CI family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 129 aa  54.7  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.394089  normal  0.0554933 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1764  helix-turn-helix domain-containing protein  46.97 
 
 		 129 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00226226 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2652  putative transcriptional regulator  35 
 
 		 86 aa  53.5  0.0000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.114649  hitchhiker  0.0000105294 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2905  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 134 aa  53.5  0.0000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0131008  normal  0.248064 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2265  hypothetical protein  36.96 
 
 		 147 aa  53.5  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01337  phage-related protei  28.81 
 
 		 143 aa  51.6  0.000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.317958  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3742  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 130 aa  50.1  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0294477  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1608  XRE family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 185 aa  49.7  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2276  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 214 aa  49.3  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220665 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2086  helix-turn-helix domain protein  40 
 
 		 327 aa  48.9  0.00003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0272363  normal  0.126806 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2790  transcriptional regulator, XRE family  29.11 
 
 		 133 aa  46.6  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000203467  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2058  transcriptional repressor DicA  29.25 
 
 		 135 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.211333  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2073  transcriptional regulator, XRE family  29.25 
 
 		 135 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0932046  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0918  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 229 aa  46.6  0.0001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000791351  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3608  XRE family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 130 aa  45.8  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  33.33 
 
 		 240 aa  45.4  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  33.33 
 
 		 240 aa  45.4  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1907  putative DNA-binding repressor transcription regulator protein  37.35 
 
 		 173 aa  45.4  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0629084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2457  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 380 aa  45.1  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  32.81 
 
 		 296 aa  44.7  0.0004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1365  putative phage repressor  38.24 
 
 		 227 aa  45.1  0.0004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5225  XRE family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 140 aa  44.3  0.0005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3324  Cro/CI family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 212 aa  43.9  0.0007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15990  predicted transcriptional regulator  32.26 
 
 		 196 aa  43.1  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000020134 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6405  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 189 aa  42.7  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146143  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3047  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  40.32 
 
 		 149 aa  42.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0185896 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0344  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 161 aa  42.4  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000026589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2898  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  39.39 
 
 		 120 aa  42.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.270535  normal  0.294834 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3076  transcriptional regulator  34.38 
 
 		 219 aa  42  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.0011023  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4463  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 117 aa  42  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0710  putative phage repressor  34.38 
 
 		 238 aa  42  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  35.19 
 
 		 146 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0504  transcriptional regulator  36.36 
 
 		 75 aa  41.6  0.004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  39.29 
 
 		 459 aa  41.6  0.004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2793  transcriptional regulator, XRE family  33.77 
 
 		 108 aa  41.6  0.004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000236555  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  31.58 
 
 		 163 aa  41.6  0.004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0177  putative DNA-binding repressor transcription regulator protein  36.99 
 
 		 149 aa  41.2  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  31.91 
 
 		 118 aa  41.2  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0686  helix-turn-helix domain protein  35.29 
 
 		 349 aa  40.8  0.006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0820462  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1916  transcriptional regulator, XRE family  29.29 
 
 		 128 aa  40.8  0.006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0812721  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3371  putative phage repressor  30.77 
 
 		 229 aa  40.8  0.007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000119805  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  33.78 
 
 		 112 aa  40.8  0.007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0026  XRE family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 144 aa  40.4  0.007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153059  normal  0.660956 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 137 aa  40.4  0.008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2103  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 191 aa  40.4  0.008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  30.77 
 
 		 229 aa  40.4  0.008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000058003  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2460  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 142 aa  40  0.009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2958  transcriptional regulator HTH family  32.35 
 
 		 134 aa  40.4  0.009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1248  helix-turn-helix domain protein  33.33 
 
 		 109 aa  40  0.009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000139831  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0097  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 163 aa  40.4  0.009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000770328  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4829  XRE family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 123 aa  40  0.01  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.584136  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3337  XRE family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 123 aa  40  0.01  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.98805  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>