110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3896 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  100 
 
 		 369 aa  731    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  89.97 
 
 		 353 aa  649    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000331419  unclonable  0.0000251685 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  84.82 
 
 		 365 aa  627  1e-178  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000436075  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  83.2 
 
 		 354 aa  611  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000255579  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  83.2 
 
 		 354 aa  611  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000049607  unclonable  0.00000000000354557 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  80.75 
 
 		 356 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000270281  hitchhiker  0.000000479229 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  78.78 
 
 		 359 aa  570  1e-161  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000551944  decreased coverage  0.0000318488 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  79.67 
 
 		 346 aa  568  1e-161  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129455  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0544  outer membrane porin, putative  71 
 
 		 361 aa  520  1e-146  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000269892  normal  0.0120764 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  69.09 
 
 		 348 aa  501  1e-141  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  67.73 
 
 		 342 aa  491  1e-137  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000138522  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  67.02 
 
 		 353 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000021464  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  64.32 
 
 		 342 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000245606  unclonable  0.000000000165223 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4152  porin  61.02 
 
 		 342 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0544389  normal  0.155829 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  64.78 
 
 		 344 aa  442  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000486852  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0503  porin  61.74 
 
 		 347 aa  432  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  52.66 
 
 		 352 aa  362  7.0000000000000005e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000145814  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  53.17 
 
 		 354 aa  361  9e-99  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  0.000000000146698 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  53.03 
 
 		 354 aa  360  2e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  53.3 
 
 		 354 aa  360  2e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  53.03 
 
 		 354 aa  360  3e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000041631  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  51.45 
 
 		 354 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000494692  decreased coverage  0.0000362774 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  53.17 
 
 		 354 aa  354  1e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  49.87 
 
 		 354 aa  349  5e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  0.000000540368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  50.13 
 
 		 354 aa  347  2e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000457647  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  51.59 
 
 		 354 aa  347  3e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000296209  hitchhiker  0.0000000599213 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  50.4 
 
 		 347 aa  341  9e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  50.4 
 
 		 372 aa  341  1e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  49.21 
 
 		 355 aa  339  5e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2587  porin  47.86 
 
 		 351 aa  322  6e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3239  outer membrane porin, putative  43.97 
 
 		 338 aa  276  6e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.922918 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2278  porin  34.29 
 
 		 346 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134296  normal  0.609479 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1973  porin  32.64 
 
 		 349 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.629836  normal  0.321076 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  33.52 
 
 		 351 aa  166  4e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1420  outer membrane porin, putative  32.9 
 
 		 345 aa  166  5e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2092  porin  32.51 
 
 		 346 aa  155  7e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.078027  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0811  outer membrane porin, putative  30.64 
 
 		 342 aa  151  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2690  porin  29.81 
 
 		 317 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000491313  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  32.61 
 
 		 314 aa  130  3e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000245677  hitchhiker  0.00000646129 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  32.61 
 
 		 314 aa  129  6e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000203454  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  33.05 
 
 		 321 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  32.25 
 
 		 314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000036835  hitchhiker  0.00000168324 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  33.92 
 
 		 314 aa  122  8e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  33.48 
 
 		 313 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  28.92 
 
 		 315 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  33.48 
 
 		 314 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  33.48 
 
 		 314 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  34.26 
 
 		 308 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  28.25 
 
 		 314 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  hitchhiker  0.00000130468 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  27.18 
 
 		 314 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  29.12 
 
 		 316 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000017597  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  25.07 
 
 		 340 aa  112  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  28.16 
 
 		 316 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000019899  unclonable  0.00000382336 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  29.51 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  26.72 
 
 		 302 aa  87.8  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  31.1 
 
 		 362 aa  81.6  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000207768  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  25.2 
 
 		 345 aa  73.6  0.000000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000937994  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1984  porin Gram-negative type  27.63 
 
 		 367 aa  71.6  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000864013  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3484  porin  24.27 
 
 		 357 aa  67.4  0.0000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000221125 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  30.09 
 
 		 342 aa  65.5  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  26.99 
 
 		 339 aa  65.5  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000063685  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5850  porin  23.82 
 
 		 366 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4097  outer membrane porin  21.99 
 
 		 374 aa  57  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.552753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1891  porin  27.24 
 
 		 349 aa  57  0.0000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0840152  normal  0.0627255 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1907  porin  21.36 
 
 		 371 aa  55.1  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.178405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0884  porin  30.68 
 
 		 362 aa  54.3  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.273334  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0743  outer membrane porin, putative  29.94 
 
 		 362 aa  53.1  0.000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000425296  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1244  porin  29.94 
 
 		 362 aa  53.1  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.289233  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2270  putative outer membrane porin  29.94 
 
 		 362 aa  53.1  0.000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3014  putative outer membrane porin  29.94 
 
 		 362 aa  53.1  0.000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000144829  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1086  putative outer membrane porin  29.94 
 
 		 362 aa  53.1  0.000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.420468  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1091  putative outer membrane porin  29.94 
 
 		 363 aa  53.1  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.432467  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1583  putative outer membrane porin  29.94 
 
 		 362 aa  53.1  0.000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0360665  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4385  porin  26.97 
 
 		 385 aa  53.1  0.000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.375427  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3981  porin  26.97 
 
 		 385 aa  52.4  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.886193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3547  porin  26.97 
 
 		 385 aa  52.4  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0594  porin  27.61 
 
 		 354 aa  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000227625  unclonable  3.1886500000000004e-18 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2679  putative outer membrane protein (porin)  24.8 
 
 		 394 aa  51.2  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2038  porin  25.1 
 
 		 360 aa  50.4  0.00005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2103  outer membrane protein (porin)  26.02 
 
 		 385 aa  48.1  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.938895  normal  0.317864 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1671  porin  26.97 
 
 		 363 aa  48.5  0.0002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5820  porin  24.49 
 
 		 338 aa  48.9  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.595518  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5307  porin Gram-negative type  33.88 
 
 		 361 aa  48.1  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0818  porin  30.09 
 
 		 356 aa  47.4  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.94844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  24.47 
 
 		 360 aa  47.4  0.0005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3020  outer membrane protein (porin)  25.26 
 
 		 365 aa  46.6  0.0008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.377594 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1755  outer membrane protein (porin)  29.53 
 
 		 344 aa  46.2  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2179  porin Gram-negative type  29.53 
 
 		 344 aa  46.2  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3876  porin  23.71 
 
 		 385 aa  45.8  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.311637  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2085  porin Gram-negative type  30.89 
 
 		 344 aa  45.4  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0843  OmpC family outer membrane porin  30.17 
 
 		 375 aa  45.1  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0712597 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1642  porin  27.17 
 
 		 365 aa  44.7  0.003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.0000000000000869717  unclonable  0.00000125637 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3374  porin  23.43 
 
 		 385 aa  44.7  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0154  porin  28.36 
 
 		 367 aa  44.7  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.167447  normal  0.122543 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  28.89 
 
 		 363 aa  44.3  0.004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  28.89 
 
 		 363 aa  44.3  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  28.89 
 
 		 363 aa  44.3  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  28.89 
 
 		 363 aa  44.3  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  28.89 
 
 		 363 aa  44.3  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4258  porin  22.88 
 
 		 344 aa  43.9  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  hitchhiker  0.000204948 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>