More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0017 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_0458  amidohydrolase  50.95 
 
 		 1138 aa  1129    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.455594 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0011  amidohydrolase  90.27 
 
 		 1062 aa  1994    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0015  amidohydrolase  90.27 
 
 		 1062 aa  1991    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000711997 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2573  amidohydrolase family protein  60.44 
 
 		 1071 aa  1345    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.186395  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0018  amidohydrolase  78.2 
 
 		 1081 aa  1769    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000272228 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0017  amidohydrolase  100 
 
 		 1049 aa  2166    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0009  amidohydrolase  90.28 
 
 		 1062 aa  2000    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0015  amidohydrolase  91.3 
 
 		 598 aa  1157    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0015  amidohydrolase  90.55 
 
 		 1062 aa  2001    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0180602 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0011  amidohydrolase  80.89 
 
 		 1065 aa  1793    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000114616  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0016  WD40 domain-containing protein  88.71 
 
 		 445 aa  798    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0010  amidohydrolase  78.43 
 
 		 1066 aa  1755    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1098  amidohydrolase  44.86 
 
 		 1078 aa  982    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0013  amidohydrolase  79.79 
 
 		 1067 aa  1782    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.137513 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0466  amidohydrolase  47.45 
 
 		 1113 aa  1024    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.83396  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0011  amidohydrolase  94.47 
 
 		 1062 aa  2068    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000193716 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03499  amidohydrolase  48.96 
 
 		 1111 aa  1059    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0011  amidohydrolase  94.18 
 
 		 1062 aa  2063    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0957331 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0009  amidohydrolase  80.42 
 
 		 1060 aa  1790    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1680  amidohydrolase  45.42 
 
 		 1062 aa  993    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.345185  normal  0.0835555 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0015  amidohydrolase  77.71 
 
 		 1069 aa  1742    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000661642 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0019  amidohydrolase  94.28 
 
 		 1062 aa  2065    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000934915 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1901  amidohydrolase  45.99 
 
 		 1084 aa  989    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0028  amidohydrolase  78.71 
 
 		 1062 aa  1759    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.847177  hitchhiker  0.00656795 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1803  amidohydrolase  26.87 
 
 		 1052 aa  361  5e-98  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000234818 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0745  amidohydrolase  25.1 
 
 		 1005 aa  246  1.9999999999999999e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19660  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  24.33 
 
 		 1059 aa  227  1e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.26793  hitchhiker  0.00572239 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2230  hypothetical protein  25.88 
 
 		 1042 aa  225  3e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.752909  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1717  amidohydrolase  25.59 
 
 		 1040 aa  225  4e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.654125  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1644  amidohydrolase  24.95 
 
 		 1042 aa  219  1e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0718903  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1774  amidohydrolase  24.98 
 
 		 1014 aa  208  3e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0234293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1775  amidohydrolase  23.5 
 
 		 1010 aa  176  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0563559  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5049  amidohydrolase  23.24 
 
 		 1031 aa  171  9e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.424824  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5713  peptidase S41  26.43 
 
 		 1097 aa  99.8  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0183414 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3153  peptidase S41  24.14 
 
 		 1090 aa  95.1  6e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2825  amidohydrolase  26.33 
 
 		 433 aa  92.4  4e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.886429  normal  0.061566 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0618  amidohydrolase  23.82 
 
 		 496 aa  92  5e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.210154 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2310  peptidase S41  23.62 
 
 		 1067 aa  91.3  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0089  tricorn protease  23.85 
 
 		 1084 aa  89  4e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000582269  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3036  amidohydrolase  24.76 
 
 		 407 aa  88.6  6e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2312  peptidase S41  23.15 
 
 		 1082 aa  88.2  8e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.481981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4304  amidohydrolase  23.39 
 
 		 470 aa  87.8  9e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  24.34 
 
 		 717 aa  86.3  0.000000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04041  Xaa-Pro dipeptidase family enzyme  23.76 
 
 		 430 aa  85.1  0.000000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2365  amidohydrolase  25.98 
 
 		 470 aa  84  0.00000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3987  amidohydrolase  25.25 
 
 		 435 aa  83.6  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.589739 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1967  amidohydrolase  23.65 
 
 		 405 aa  82.8  0.00000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1984  translocation protein TolB  33.33 
 
 		 426 aa  82  0.00000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.517365  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5294  peptidase S41  22.56 
 
 		 1167 aa  81.3  0.00000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0136  WD40 domain protein beta Propeller  27.38 
 
 		 419 aa  80.9  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0434  putative secreted hydrolase  23.21 
 
 		 430 aa  80.9  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0025  tolB protein  31.02 
 
 		 432 aa  79.7  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0382531  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2354  amidohydrolase  25.28 
 
 		 420 aa  80.5  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0975  translocation protein TolB  34.36 
 
 		 445 aa  79.7  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0670772  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1790  amidohydrolase  24.41 
 
 		 440 aa  79.3  0.0000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0203  WD40 domain-containing protein  29.53 
 
 		 427 aa  78.2  0.0000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000381605  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1597  amidohydrolase  24.19 
 
 		 477 aa  78.2  0.0000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.080388  normal  0.526129 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2224  amidohydrolase  24.94 
 
 		 459 aa  78.2  0.0000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.331693  normal  0.75215 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0629  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  28.2 
 
 		 1028 aa  77.8  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4565  amidohydrolase  25 
 
 		 423 aa  77.8  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.244661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3323  WD40 domain-containing protein  31.31 
 
 		 435 aa  77.4  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000401957  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2716  amidohydrolase  24.1 
 
 		 407 aa  76.6  0.000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2206  translocation protein TolB  28.7 
 
 		 427 aa  76.6  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00281817 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5302  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  33.99 
 
 		 446 aa  76.6  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.842711 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5227  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  33.33 
 
 		 446 aa  77  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.175544  normal  0.115662 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4760  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  33.33 
 
 		 446 aa  77  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.577654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3782  amidohydrolase  25.23 
 
 		 413 aa  77  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0062486  decreased coverage  0.00131434 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0801  amidohydrolase  23.11 
 
 		 437 aa  76.6  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5623  WD40 domain protein beta Propeller  29.53 
 
 		 956 aa  76.3  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.101899 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0303  translocation protein TolB  33.99 
 
 		 403 aa  75.9  0.000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.307961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6483  peptidase S41  23.43 
 
 		 1125 aa  75.9  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2416  amidohydrolase  22.42 
 
 		 702 aa  75.1  0.000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.0066037  normal  0.0385776 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3741  amidohydrolase  25 
 
 		 413 aa  75.1  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0189588 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2515  amidohydrolase  24.05 
 
 		 426 aa  74.7  0.000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4129  WD40 domain-containing protein  28.3 
 
 		 572 aa  74.3  0.00000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000900599 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2932  amidohydrolase  23.4 
 
 		 431 aa  73.9  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1915  WD40 domain-containing protein  32.75 
 
 		 567 aa  73.6  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00146751  unclonable  0.0000119274 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6416  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  27.69 
 
 		 362 aa  73.2  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3741  amidohydrolase  24.42 
 
 		 444 aa  73.2  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2675  translocation protein TolB  32.94 
 
 		 446 aa  73.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.202485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1561  WD40 domain-containing protein  26.06 
 
 		 375 aa  72.8  0.00000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2092  translocation protein TolB  34.87 
 
 		 425 aa  73.2  0.00000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.626129  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0275  translocation protein TolB  32.68 
 
 		 436 aa  72.4  0.00000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00839364  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0795  translocation protein TolB  31.76 
 
 		 450 aa  72  0.00000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0859  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  25 
 
 		 296 aa  72  0.00000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0926  peptidase S41  20.61 
 
 		 1075 aa  72  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2750  peptidase S41  24.15 
 
 		 1076 aa  72  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.956539  normal  0.394913 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0590  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV subunit  21.66 
 
 		 590 aa  72  0.00000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3470  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  28.8 
 
 		 430 aa  71.6  0.00000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0247936  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0966  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV subunit  27.68 
 
 		 976 aa  71.2  0.00000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000198927  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2339  TolB-like protein  31.43 
 
 		 415 aa  71.6  0.00000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000041462  normal  0.0677463 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0857  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  24.54 
 
 		 670 aa  71.2  0.00000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0686  translocation protein TolB  31.85 
 
 		 461 aa  71.2  0.00000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.223253  normal  0.228867 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2161  WD40 domain protein beta Propeller  23.88 
 
 		 440 aa  71.2  0.00000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000041437  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2455  translocation protein TolB  29.19 
 
 		 430 aa  71.2  0.00000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328002  normal  0.860267 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0432  amidohydrolase  22.56 
 
 		 421 aa  70.9  0.0000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0144  translocation protein TolB  28.8 
 
 		 442 aa  70.9  0.0000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4277  amidohydrolase  22.79 
 
 		 431 aa  70.9  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0800  translocation protein TolB  25.81 
 
 		 431 aa  70.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.665253  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2801  amidohydrolase  22.54 
 
 		 585 aa  69.7  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>