271 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3460 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3460  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  100 
 
 		 644 aa  1270    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011893  Mnod_8810  Tetratricopeptide domain protein  37.61 
 
 		 724 aa  120  6e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.872699  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6113  hypothetical protein  37.5 
 
 		 596 aa  113  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6111  hypothetical protein  34.47 
 
 		 599 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3125  Tetratricopeptide domain protein  36.36 
 
 		 1141 aa  104  5e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4958  TPR repeat-containing protein  33 
 
 		 1621 aa  90.9  7e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0542  TPR repeat-containing protein  31.37 
 
 		 994 aa  85.9  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.397005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0381  TPR repeat-containing protein  38.36 
 
 		 422 aa  85.9  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4136  Tetratricopeptide domain protein  34.83 
 
 		 1219 aa  84.3  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2765  TPR repeat-containing protein  32.52 
 
 		 1083 aa  82.4  0.00000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0270  hypothetical protein  29.52 
 
 		 560 aa  79.7  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0400509 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2335  copper amine oxidase domain protein  26.83 
 
 		 934 aa  79  0.0000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3607  hypothetical protein  24.93 
 
 		 393 aa  78.6  0.0000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.496069  normal  0.349432 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2760  hypothetical protein  31.73 
 
 		 445 aa  77.4  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1546  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 1779 aa  75.1  0.000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.362162  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0209  Tetratricopeptide domain protein  31.12 
 
 		 552 aa  74.3  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000260586 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2763  TPR repeat-containing protein  34.4 
 
 		 1711 aa  72.8  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1977  hypothetical protein  28.97 
 
 		 714 aa  71.6  0.00000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.574809 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3677  TPR repeat-containing protein  33.77 
 
 		 1448 aa  71.2  0.00000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.114945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2219  hypothetical protein  26.47 
 
 		 720 aa  68.2  0.0000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0983083 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  39.6 
 
 		 148 aa  66.2  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1816  hypothetical protein  28.11 
 
 		 326 aa  66.2  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0210  hypothetical protein  31.87 
 
 		 476 aa  65.1  0.000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3883  hypothetical protein  31.58 
 
 		 501 aa  65.1  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.879407 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0144  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.62 
 
 		 227 aa  64.7  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.993696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0466  hypothetical protein  27.85 
 
 		 341 aa  64.7  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.447492  normal  0.0433853 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3019  cyclic nucleotide-binding protein  37.61 
 
 		 149 aa  64.3  0.000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.852704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0848  Tetratricopeptide domain protein  30.53 
 
 		 992 aa  64.3  0.000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0302645  normal  0.423245 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3758  hypothetical protein  30.71 
 
 		 337 aa  63.9  0.000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4460  TPR repeat-containing protein  36.59 
 
 		 1247 aa  63.5  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0317978  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4791  hypothetical protein  24.38 
 
 		 720 aa  63.2  0.00000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2009  TPR repeat-containing protein  29.67 
 
 		 1502 aa  62.8  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0574678  decreased coverage  0.000390887 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1398  cyclic nucleotide-binding protein  40.57 
 
 		 157 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.908167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2481  TPR repeat-containing protein  34.18 
 
 		 1321 aa  63.2  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.834883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1908  copper amine oxidase-like protein  24.6 
 
 		 962 aa  62.8  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.510602  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5013  cyclic nucleotide-binding protein  37.61 
 
 		 147 aa  62.4  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.32822  normal  0.191008 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4959  TPR repeat-containing protein  35.11 
 
 		 1544 aa  62.4  0.00000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.117684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  38.19 
 
 		 224 aa  62.4  0.00000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3302  Tetratricopeptide domain protein  22.99 
 
 		 982 aa  62  0.00000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2896  cyclic nucleotide-binding  36.7 
 
 		 194 aa  62  0.00000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.633977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1936  TPR repeat-containing protein  23.12 
 
 		 1911 aa  61.6  0.00000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.261102  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3122  cyclic nucleotide-binding protein  37.27 
 
 		 149 aa  61.6  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.196103 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.39 
 
 		 225 aa  61.6  0.00000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3221  hypothetical protein  31.48 
 
 		 737 aa  60.8  0.00000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 225 aa  60.8  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  38.74 
 
 		 225 aa  60.5  0.0000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1074  hypothetical protein  28.65 
 
 		 416 aa  58.9  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0537877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.25 
 
 		 219 aa  58.5  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3831  cyclic nucleotide-binding protein  33.01 
 
 		 435 aa  58.2  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0387698 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3867  hypothetical protein  26.7 
 
 		 327 aa  58.5  0.0000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 236 aa  58.2  0.0000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3761  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 227 aa  58.2  0.0000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0509841  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0707  hypothetical protein  30.61 
 
 		 326 aa  57.8  0.0000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0855  hypothetical protein  30.61 
 
 		 326 aa  57.8  0.0000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 236 aa  57.8  0.0000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0139  cAMP-regulatory protein  23.6 
 
 		 214 aa  57  0.0000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2719  cyclic nucleotide-binding protein  35.34 
 
 		 151 aa  56.6  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460468  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  36.61 
 
 		 225 aa  57  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.31 
 
 		 236 aa  57  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 214 aa  56.2  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 226 aa  55.5  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1194  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.97 
 
 		 127 aa  55.8  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3942  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  32.73 
 
 		 154 aa  55.1  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.644852  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0299  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 247 aa  55.1  0.000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  35.4 
 
 		 225 aa  55.1  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.62 
 
 		 225 aa  54.3  0.000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0718  cyclic nucleotide-binding  33.33 
 
 		 747 aa  54.3  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00567448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3364  hypothetical protein  28.57 
 
 		 325 aa  54.3  0.000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.175832  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4798  cyclic nucleotide-binding protein  28.97 
 
 		 227 aa  53.9  0.000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1494  cyclic nucleotide-binding protein  34.55 
 
 		 119 aa  53.9  0.000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00548568  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1037  cyclic nucleotide-binding protein  29.63 
 
 		 227 aa  53.9  0.000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.272663 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.43 
 
 		 228 aa  53.5  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  32.11 
 
 		 220 aa  53.9  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4601  cyclic nucleotide-binding protein  30.28 
 
 		 154 aa  53.5  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.930738 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3203  hypothetical protein  29.03 
 
 		 332 aa  53.5  0.00001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0781  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 236 aa  53.1  0.00001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0113537  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.58 
 
 		 222 aa  53.1  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1167  cyclic nucleotide-binding protein  30.09 
 
 		 127 aa  52.8  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3190  cAMP-regulatory protein  24.84 
 
 		 211 aa  52.8  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000213612  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1374  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.15 
 
 		 624 aa  52.8  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.138128  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0722  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.14 
 
 		 243 aa  52.8  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.000366193  normal  0.731263 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0757  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 236 aa  52.8  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100726  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2593  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 254 aa  52  0.00003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.296758 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4796  cyclic nucleotide-binding (cNMP-bd) protein  26.61 
 
 		 263 aa  52.4  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000370555  unclonable  0.0000216721 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4853  TPR repeat-containing protein  29.24 
 
 		 421 aa  52  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.712178  normal  0.175346 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 248 aa  51.6  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1926  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.29 
 
 		 168 aa  52  0.00004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.04 
 
 		 225 aa  52  0.00004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2607  cyclic nucleotide-binding protein  31.53 
 
 		 215 aa  51.6  0.00004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2700  cyclic nucleotide-binding protein  31.09 
 
 		 215 aa  51.2  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00108848  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4550  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.33 
 
 		 238 aa  51.6  0.00005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1570  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.09 
 
 		 424 aa  51.2  0.00006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1866  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.91 
 
 		 182 aa  51.2  0.00006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4599  hypothetical protein  26.75 
 
 		 325 aa  51.2  0.00006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.934593  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3296  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.85 
 
 		 229 aa  51.2  0.00006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.721133  normal  0.844961 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1358  Ion transport protein  40 
 
 		 419 aa  51.2  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2804  cyclic nucleotide-binding protein  30.85 
 
 		 229 aa  51.2  0.00006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.97 
 
 		 226 aa  51.2  0.00007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0624  cAMP-regulatory protein  24.84 
 
 		 211 aa  50.8  0.00008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0652  cAMP-regulatory protein  24.84 
 
 		 211 aa  50.8  0.00008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000433673  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>