98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0722 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_0722  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 		 243 aa  498  1e-140  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.000366193  normal  0.731263 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0420  cyclic nucleotide-binding protein  32.89 
 
 		 255 aa  119  3e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.554509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 214 aa  60.1  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2700  cyclic nucleotide-binding protein  30.63 
 
 		 215 aa  58.2  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00108848  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2607  cyclic nucleotide-binding protein  30.63 
 
 		 215 aa  58.5  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.31 
 
 		 228 aa  57.8  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3166  cyclic nucleotide-binding protein  34.75 
 
 		 482 aa  57.4  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00363184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  30.84 
 
 		 224 aa  56.6  0.0000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2894  cyclic nucleotide-binding protein  35.92 
 
 		 482 aa  55.8  0.0000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00660929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4569  putative cyclic nucleotide binding protein  33.96 
 
 		 161 aa  55.1  0.0000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  31.13 
 
 		 563 aa  54.7  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  33.96 
 
 		 225 aa  54.7  0.000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6450  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.17 
 
 		 253 aa  55.1  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.01 
 
 		 231 aa  55.1  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2303  MscS Mechanosensitive ion channel  30 
 
 		 512 aa  54.3  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.697138  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 226 aa  54.3  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.41 
 
 		 225 aa  53.5  0.000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3460  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  37.14 
 
 		 644 aa  53.1  0.000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3345  cyclic nucleotide-binding protein  35.54 
 
 		 417 aa  52.8  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.254717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 225 aa  52.4  0.000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4020  cyclic nucleotide-binding  44.12 
 
 		 367 aa  52.8  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.109231  normal  0.727114 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1570  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  35.51 
 
 		 424 aa  52  0.000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1598  hypothetical protein  26.79 
 
 		 407 aa  51.6  0.00001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.303519  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0590  cyclic nucleotide-binding protein  23.74 
 
 		 801 aa  51.6  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120802  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2725  cyclic nucleotide binding/GGDEF domain-containing protein  29.46 
 
 		 322 aa  51.2  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.792666  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.86 
 
 		 219 aa  51.2  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0343  cyclic nucleotide-binding protein  31.25 
 
 		 811 aa  50.1  0.00003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0783507  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1256  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.93 
 
 		 215 aa  50.1  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0161  cyclic nucleotide-binding protein  31.25 
 
 		 161 aa  50.1  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0841  cyclic nucleotide-binding protein  33 
 
 		 160 aa  49.3  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.108052 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4014  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.84 
 
 		 233 aa  49.3  0.00006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4712  cyclic nucleotide-binding protein  31.86 
 
 		 412 aa  48.9  0.00006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.566577  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.3 
 
 		 224 aa  48.9  0.00006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.35 
 
 		 231 aa  48.9  0.00007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5695  cyclic nucleotide-binding protein  24.26 
 
 		 233 aa  48.9  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0746044  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3842  cyclic nucleotide-binding protein  26.67 
 
 		 582 aa  48.5  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.306863  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0102  cyclic nucleotide-binding protein  33.98 
 
 		 430 aa  48.9  0.00008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.77 
 
 		 225 aa  48.5  0.00009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3549  cyclic nucleotide-binding protein  31.68 
 
 		 582 aa  48.5  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.864417 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.73 
 
 		 226 aa  48.1  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1954  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 141 aa  48.1  0.0001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63653  Leucine rich repeat protein, contains F-box  28.16 
 
 		 868 aa  48.5  0.0001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.422768  normal  0.952681 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 229 aa  48.1  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3692  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30 
 
 		 146 aa  47.8  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5447  voltage-dependent potassium channel  28.57 
 
 		 409 aa  47.4  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.532768  normal  0.0697598 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.17 
 
 		 225 aa  47.8  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1378  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.06 
 
 		 408 aa  47.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0070  cyclic nucleotide-binding protein  27.2 
 
 		 227 aa  47.4  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.376283 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5417  cyclic nucleotide-binding protein  30.19 
 
 		 419 aa  47  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0881735  normal  0.0681678 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  42.86 
 
 		 637 aa  46.6  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2905  cyclic nucleotide-binding protein  29.2 
 
 		 157 aa  46.2  0.0004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0600936 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5783  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.86 
 
 		 212 aa  46.6  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00268451  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.39 
 
 		 228 aa  46.2  0.0005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4167  cyclic nucleotide-binding protein  27.07 
 
 		 570 aa  45.8  0.0007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1878  cyclic nucleotide-binding protein  29.13 
 
 		 275 aa  45.8  0.0007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.116046  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4796  cyclic nucleotide-binding (cNMP-bd) protein  29.63 
 
 		 263 aa  45.4  0.0008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000370555  unclonable  0.0000216721 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2616  cyclic nucleotide-binding protein  26.47 
 
 		 219 aa  45.1  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0079  hypothetical protein  42.42 
 
 		 169 aa  45.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.26747 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1374  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.69 
 
 		 624 aa  45.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.138128  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1358  Ion transport protein  29.2 
 
 		 419 aa  44.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2316  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.19 
 
 		 428 aa  44.7  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000260717  hitchhiker  0.000176219 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4038  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  35.63 
 
 		 409 aa  45.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.19 
 
 		 226 aa  44.7  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0664  cyclic nucleotide-binding  31 
 
 		 449 aa  44.7  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0101822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3368  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.28 
 
 		 503 aa  45.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00879958  normal  0.135189 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3489  cyclic nucleotide-binding protein  31.43 
 
 		 224 aa  44.7  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0998  cyclic nucleotide-binding protein  23.93 
 
 		 265 aa  45.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000000222196  unclonable  1.0277600000000001e-18 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4140  cyclic nucleotide-binding protein  33.66 
 
 		 243 aa  44.7  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1780  cyclic nucleotide-binding protein  31.5 
 
 		 156 aa  45.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.489231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5013  cyclic nucleotide-binding protein  28.24 
 
 		 147 aa  44.7  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.32822  normal  0.191008 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8335  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.41 
 
 		 209 aa  43.9  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.339186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3733  cyclic nucleotide-binding protein  25.66 
 
 		 416 aa  43.5  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0188297 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0067  cyclic nucleotide-binding protein  24.02 
 
 		 415 aa  43.5  0.003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.92 
 
 		 225 aa  43.5  0.003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5420  hypothetical protein  23.98 
 
 		 265 aa  43.5  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00117771  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4631  cyclic nucleotide-binding protein  25.66 
 
 		 416 aa  43.5  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0942105  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3788  cyclic nucleotide-binding protein  26.32 
 
 		 416 aa  43.5  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.32626  normal  0.0241309 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0617  cyclic nucleotide-binding protein  32.65 
 
 		 577 aa  43.1  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.340501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4137  cyclic nucleotide-binding protein  29.73 
 
 		 177 aa  43.1  0.004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.252066 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4298  cyclic nucleotide binding protein, putative  29.69 
 
 		 224 aa  43.1  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA05510  cAMP-dependent protein kinase inhibitor, putative  31.11 
 
 		 482 aa  43.1  0.004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  29.73 
 
 		 148 aa  43.1  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5506  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 246 aa  43.1  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.324567  normal  0.438631 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2360  cyclic nucleotide-binding protein  26.32 
 
 		 414 aa  43.1  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.394999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3689  cyclic nucleotide-binding protein  29.21 
 
 		 454 aa  43.1  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.120597  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2760  cyclic nucleotide-binding protein  27.84 
 
 		 174 aa  42.7  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.378531  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1194  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.83 
 
 		 127 aa  42.7  0.005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2357  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.33 
 
 		 212 aa  42.7  0.005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 225 aa  42.7  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 226 aa  42.7  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6138  cyclic nucleotide-binding  30.58 
 
 		 303 aa  42.7  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  31.37 
 
 		 225 aa  42.7  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1243  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.78 
 
 		 231 aa  42.7  0.006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00145976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1644  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 223 aa  42.4  0.007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.07 
 
 		 223 aa  42.4  0.008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0120826  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0150  ribonuclease BN-like family protein  29 
 
 		 435 aa  42  0.008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0067  cyclic nucleotide-binding protein  26.74 
 
 		 153 aa  42  0.009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.821564  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.78 
 
 		 242 aa  42  0.009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.24952 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>