More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4020 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4020  cyclic nucleotide-binding  100 
 
 		 367 aa  723    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.109231  normal  0.727114 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5210  cyclic nucleotide-binding protein  41.57 
 
 		 355 aa  226  6e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.465426  normal  0.688608 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1358  Ion transport protein  38.55 
 
 		 419 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4712  cyclic nucleotide-binding protein  37.96 
 
 		 412 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.566577  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1378  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  39.58 
 
 		 408 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5447  voltage-dependent potassium channel  39.07 
 
 		 409 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.532768  normal  0.0697598 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4038  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  37.1 
 
 		 409 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4567  cyclic nucleotide-binding protein  32.28 
 
 		 385 aa  158  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0724971  normal  0.278006 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0044  Ion transport 2 domain protein  31.82 
 
 		 316 aa  115  7.999999999999999e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03944  putative potassium channel protein  31 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2779  Ion transport protein  33.48 
 
 		 357 aa  114  3e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00211831 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2640  potassium channel protein  28.12 
 
 		 277 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1342  Ion transport protein  36.49 
 
 		 269 aa  106  6e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0543607  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0167  Ion transport protein  32.09 
 
 		 273 aa  104  3e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.177755  normal  0.634812 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0861  Ion transport protein  33.82 
 
 		 231 aa  101  3e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2388  Ion transport protein  31.22 
 
 		 302 aa  99.8  6e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.971604 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21361  potassium channel, VIC family protein  32.11 
 
 		 212 aa  97.8  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.5958 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0024  Ion transport protein  28.57 
 
 		 265 aa  98.2  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0306194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1325  VIC family potassium channel protein  31.49 
 
 		 325 aa  96.7  6e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.266187  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3842  cyclic nucleotide-binding protein  35.21 
 
 		 582 aa  96.3  9e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.306863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3549  cyclic nucleotide-binding protein  35.46 
 
 		 582 aa  95.5  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.864417 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2771  Ion transport protein  31.31 
 
 		 292 aa  95.5  1e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.415569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1053  Ion transport protein  30.77 
 
 		 325 aa  95.1  2e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1898  Ion transport protein  31.73 
 
 		 308 aa  92  1e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000138161 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0387  Ion transport protein  26.38 
 
 		 269 aa  89.7  6e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1402  Ion transport protein  28.65 
 
 		 331 aa  89.7  7e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0277452  hitchhiker  0.00237581 
 
 
-
 
NC_002936  DET0408  cation channel family protein  25.96 
 
 		 269 aa  88.6  2e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1005  Ion transport protein  40 
 
 		 267 aa  88.2  2e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5417  cyclic nucleotide-binding protein  40.59 
 
 		 419 aa  87.8  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0881735  normal  0.0681678 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_351  cation channel protein  25.54 
 
 		 269 aa  86.3  7e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3804  MscS Mechanosensitive ion channel  35.45 
 
 		 495 aa  81.3  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1941  Ion transport protein  26.32 
 
 		 265 aa  79.3  0.0000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0124996 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0600  Ion transport protein  32.5 
 
 		 228 aa  77.8  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.90662  normal  0.0268571 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0236  Ion transport 2 domain protein  30.3 
 
 		 256 aa  77.8  0.0000000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.317103 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2579  hypothetical protein  28.38 
 
 		 298 aa  77.8  0.0000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.932967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4944  cyclic nucleotide-binding protein  25.11 
 
 		 454 aa  77  0.0000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0658137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03020  hypothetical protein  27.49 
 
 		 282 aa  76.3  0.0000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0929  Ion transport protein  50.72 
 
 		 274 aa  75.9  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.765221  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002929  possible potassium channel VIC family  28.97 
 
 		 287 aa  75.1  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000118679  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00471  hypothetical protein  23.77 
 
 		 265 aa  74.3  0.000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3370  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.4 
 
 		 425 aa  73.6  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2923  Ion transport protein  33.33 
 
 		 271 aa  73.6  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.136204  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3674  cyclic nucleotide-binding protein  35.71 
 
 		 788 aa  73.6  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.301148 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2732  cyclic nucleotide-binding protein  37.4 
 
 		 425 aa  73.6  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0178  VIC family potassium channel protein  30.81 
 
 		 282 aa  73.6  0.000000000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1368  Kef-type K+ transporter NAD-binding component  23.77 
 
 		 264 aa  73.2  0.000000000007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0091  Ion transport protein  25.91 
 
 		 299 aa  72.4  0.00000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2444  Ion transport protein  29.73 
 
 		 271 aa  71.6  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1854  putative ion transport protein  25.11 
 
 		 282 aa  71.2  0.00000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.807615  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0664  cyclic nucleotide-binding  31.82 
 
 		 449 aa  70.9  0.00000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0101822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2281  Ion transport protein  32.58 
 
 		 289 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.87963  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1869  Ion transport protein  27.43 
 
 		 278 aa  69.7  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.275809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3166  cyclic nucleotide-binding protein  36.45 
 
 		 482 aa  68.9  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00363184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1821  ion transport protein  26.82 
 
 		 279 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2108  hypothetical protein  38.32 
 
 		 835 aa  69.3  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3053  Ion transport protein  29.05 
 
 		 288 aa  69.3  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2640  Ion transport protein  31.18 
 
 		 284 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.512871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2520  Ion transport protein  31.18 
 
 		 284 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1824  Ion transport protein  31.18 
 
 		 284 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0249663  normal  0.467552 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1586  Ion transport protein  26.99 
 
 		 278 aa  68.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.580145  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1932  Ion transport protein  26.99 
 
 		 278 aa  68.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595369  normal  0.0211569 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4039  cyclic nucleotide-binding protein  38.14 
 
 		 161 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.17311  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.29 
 
 		 230 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 228 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1404  Ion transport protein  26.99 
 
 		 278 aa  68.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2527  Ion transport protein  31.18 
 
 		 284 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09508  potassium channel protein  30.3 
 
 		 288 aa  68.6  0.0000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.993518  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1875  Ion transport protein  26.99 
 
 		 278 aa  67.8  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.354062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7320  cyclic nucleotide-binding protein  41.05 
 
 		 169 aa  67.4  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.376819  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.07 
 
 		 225 aa  67.4  0.0000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1491  Ion transport protein  32.81 
 
 		 275 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1332  TrkA-N:Ion transport protein  24.55 
 
 		 517 aa  67  0.0000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.478947  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2209  Ion transport protein  30.3 
 
 		 289 aa  67  0.0000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.427173 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 225 aa  67  0.0000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1814  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  38.32 
 
 		 242 aa  66.6  0.0000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.38579  normal  0.245711 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2286  Ion transport protein  30.3 
 
 		 289 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.630315  normal  0.644367 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2112  ion transport protein  32.03 
 
 		 295 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2419  Ion transport protein  30.3 
 
 		 289 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3345  cyclic nucleotide-binding protein  37.11 
 
 		 417 aa  66.2  0.0000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.254717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_86010  VIC family transporter: potassium ion channel subfamily B VIC  47.46 
 
 		 513 aa  65.5  0.000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1991  potassium channel protein  29.27 
 
 		 279 aa  65.5  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.46 
 
 		 226 aa  65.9  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2679  putative ion transport protein  25.89 
 
 		 253 aa  65.9  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0253286  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1557  Ion transport protein  26.94 
 
 		 277 aa  65.9  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2766  Ion transport protein  26.76 
 
 		 279 aa  65.9  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0676384  normal  0.308489 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2780  Ion transport protein  30 
 
 		 284 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.715663  normal  0.450959 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3910  cyclic nucleotide-binding protein  35.48 
 
 		 167 aa  65.1  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.34683  normal  0.175845 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1590  Ion transport protein  28.88 
 
 		 276 aa  65.1  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3225  Ion transport protein  29.13 
 
 		 258 aa  65.1  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3692  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.5 
 
 		 146 aa  64.7  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0841  cyclic nucleotide-binding protein  34.21 
 
 		 160 aa  63.9  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.108052 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2082  cyclic nucleotide-binding protein  34.23 
 
 		 832 aa  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.584605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  36.73 
 
 		 220 aa  63.5  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0426  Na+/H+ antiporter  34.23 
 
 		 832 aa  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 226 aa  63.5  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2894  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 		 482 aa  63.5  0.000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00660929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0694  Ion transport 2  32.03 
 
 		 276 aa  63.5  0.000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000792601  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1108  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.97 
 
 		 1075 aa  63.2  0.000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000733786  normal  0.267995 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_10571  potassium channel, VIC family protein  23.79 
 
 		 259 aa  63.2  0.000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2375  Ion transport protein  27.91 
 
 		 276 aa  62.4  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>