290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0998 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0998  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 		 265 aa  537  9.999999999999999e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000000222196  unclonable  1.0277600000000001e-18 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62260  hypothetical protein  78.46 
 
 		 265 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000560596  normal  0.205453 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5420  hypothetical protein  79.77 
 
 		 265 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00117771  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4796  cyclic nucleotide-binding (cNMP-bd) protein  57.98 
 
 		 263 aa  305  6e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000370555  unclonable  0.0000216721 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  33.93 
 
 		 148 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3692  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.38 
 
 		 146 aa  73.2  0.000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2719  cyclic nucleotide-binding protein  33.93 
 
 		 151 aa  73.2  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460468  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1954  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 141 aa  72.4  0.000000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7131  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.14 
 
 		 155 aa  70.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.331754 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5981  cyclic nucleotide-binding protein  35.14 
 
 		 155 aa  70.5  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4601  cyclic nucleotide-binding protein  32.43 
 
 		 154 aa  67  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.930738 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5013  cyclic nucleotide-binding protein  30.36 
 
 		 147 aa  65.1  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.32822  normal  0.191008 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5607  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  32.41 
 
 		 154 aa  63.9  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2082  cyclic nucleotide-binding protein  37.76 
 
 		 832 aa  63.9  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.584605  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3370  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.63 
 
 		 425 aa  63.5  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0426  Na+/H+ antiporter  37.76 
 
 		 832 aa  63.9  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2732  cyclic nucleotide-binding protein  37.63 
 
 		 425 aa  63.5  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3345  cyclic nucleotide-binding protein  29.73 
 
 		 417 aa  63.2  0.000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.254717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0772  cyclic nucleotide-binding protein  26.71 
 
 		 164 aa  63.2  0.000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2350  cyclic nucleotide-binding protein  36.73 
 
 		 832 aa  62.8  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1892  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 		 147 aa  62.4  0.000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.326195  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5417  cyclic nucleotide-binding protein  27.93 
 
 		 419 aa  62  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0881735  normal  0.0681678 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0841  cyclic nucleotide-binding protein  27.27 
 
 		 160 aa  61.6  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.108052 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1298  cyclic nucleotide binding domain-containing protein  29.06 
 
 		 177 aa  60.8  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000825589  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3019  cyclic nucleotide-binding protein  27.27 
 
 		 149 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.852704  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2725  cyclic nucleotide binding/GGDEF domain-containing protein  30.77 
 
 		 322 aa  59.7  0.00000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.792666  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2303  MscS Mechanosensitive ion channel  31 
 
 		 512 aa  60.1  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.697138  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2905  cyclic nucleotide-binding protein  25.96 
 
 		 157 aa  60.1  0.00000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0600936 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3122  cyclic nucleotide-binding protein  27.27 
 
 		 149 aa  59.7  0.00000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.196103 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.17 
 
 		 219 aa  59.7  0.00000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2896  cyclic nucleotide-binding  27.27 
 
 		 194 aa  59.3  0.00000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.633977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1570  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  26.92 
 
 		 424 aa  59.3  0.00000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1374  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  25.9 
 
 		 624 aa  58.9  0.00000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.138128  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  23.97 
 
 		 220 aa  58.2  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1108  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.25 
 
 		 1075 aa  58.5  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000733786  normal  0.267995 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2645  cyclic nucleotide-binding protein  29.91 
 
 		 123 aa  58.5  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.597241 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1598  hypothetical protein  25.83 
 
 		 407 aa  57.4  0.0000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.303519  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0602  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.96 
 
 		 225 aa  57.8  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.628877 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1194  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.19 
 
 		 127 aa  57  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.19 
 
 		 223 aa  57.4  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6450  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.52 
 
 		 253 aa  57  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2455  cyclic nucleotide-binding protein  30.91 
 
 		 594 aa  57  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1494  cyclic nucleotide-binding protein  28.32 
 
 		 119 aa  56.6  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00548568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_3120  predicted protein  27.84 
 
 		 241 aa  56.6  0.0000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_11563  predicted protein  30.36 
 
 		 238 aa  56.2  0.0000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.684972  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.32 
 
 		 229 aa  55.8  0.0000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3546  cyclic nucleotide-binding  31.37 
 
 		 124 aa  55.8  0.0000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.194157 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.09 
 
 		 251 aa  55.5  0.0000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0972  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  24.76 
 
 		 122 aa  55.5  0.0000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0589137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 224 aa  55.1  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0086  cyclic nucleotide-binding protein  34.34 
 
 		 160 aa  54.7  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.929528  normal  0.0740226 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.27 
 
 		 231 aa  54.7  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2894  cyclic nucleotide-binding protein  24.62 
 
 		 482 aa  53.9  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00660929  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  28.97 
 
 		 563 aa  53.9  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3340  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 207 aa  53.5  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0648445 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 226 aa  53.9  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3831  cyclic nucleotide-binding protein  22.61 
 
 		 435 aa  53.9  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0387698 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 225 aa  53.9  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1398  cyclic nucleotide-binding protein  28.45 
 
 		 157 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.908167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0093  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.32 
 
 		 149 aa  53.1  0.000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.132878  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1167  cyclic nucleotide-binding protein  30.28 
 
 		 127 aa  53.1  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2921  acetate kinase  24.79 
 
 		 772 aa  52.8  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.602994 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1513  cyclic nucleotide-binding protein  31.58 
 
 		 308 aa  53.1  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00604424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3249  cyclic nucleotide-binding protein  29.36 
 
 		 171 aa  53.1  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1291  cyclic nucleotide-binding protein  30.36 
 
 		 164 aa  53.1  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.234039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3891  cyclic nucleotide-binding protein  25.62 
 
 		 155 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0664  cyclic nucleotide-binding  25.49 
 
 		 449 aa  52.8  0.000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0101822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1583  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 198 aa  52.8  0.000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.547464  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1482  hypothetical protein  28.57 
 
 		 401 aa  52.4  0.000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0257  transcriptional regulator NnrR  27.78 
 
 		 232 aa  52.4  0.000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2573  cyclic nucleotide-binding protein  27.27 
 
 		 132 aa  52.4  0.000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1501  hypothetical protein  29.37 
 
 		 401 aa  52  0.000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  27.78 
 
 		 243 aa  52  0.000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  27.68 
 
 		 226 aa  52  0.000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.71 
 
 		 225 aa  51.6  0.00001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 		 228 aa  52  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0049  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 252 aa  51.6  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.422683  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2357  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.07 
 
 		 212 aa  51.6  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 		 225 aa  51.2  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  27.78 
 
 		 225 aa  51.6  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3550  cAMP-regulatory protein  28.07 
 
 		 217 aa  52  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1878  cyclic nucleotide-binding protein  24.73 
 
 		 275 aa  51.6  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.116046  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3873  cAMP-regulatory protein  26.79 
 
 		 211 aa  50.8  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000105148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3771  cAMP-regulatory protein  27.68 
 
 		 210 aa  50.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.275024  normal  0.523362 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3663  cAMP-regulatory protein  27.68 
 
 		 210 aa  50.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.185514  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4909  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.27 
 
 		 221 aa  51.2  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.385812  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0369  cAMP-regulatory protein  27.68 
 
 		 210 aa  51.2  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 214 aa  50.8  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3834  cAMP-regulatory protein  27.68 
 
 		 210 aa  50.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.429858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3784  cAMP-regulatory protein  27.68 
 
 		 210 aa  50.8  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0916512  hitchhiker  0.00483948 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0475  bacteriocin-processing peptidase  23.78 
 
 		 1018 aa  51.2  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.977404  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3421  Crp/Fnr family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 232 aa  51.2  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 222 aa  50.8  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3663  cAMP-regulatory protein  27.68 
 
 		 210 aa  50.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3737  cAMP-regulatory protein  27.68 
 
 		 210 aa  50.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0176942 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0662  cAMP-regulatory protein  26.79 
 
 		 211 aa  50.8  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000339306  hitchhiker  0.000137041 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 228 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 		 225 aa  51.2  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 227 aa  50.8  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2002  cyclic nucleotide-binding protein  28 
 
 		 641 aa  50.4  0.00003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>