288 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0003 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A0003  recombination protein F  100 
 
 		 375 aa  715    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0005  DNA replication and repair protein RecF  51.72 
 
 		 412 aa  294  1e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0464034  hitchhiker  1.0596299999999999e-21 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0003  recombination protein F  45.91 
 
 		 391 aa  274  2.0000000000000002e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.671854  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0311  recombination protein F  46.03 
 
 		 374 aa  272  6e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.406883  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0004  recombination protein F  45.43 
 
 		 378 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0003  recombination protein F  44.85 
 
 		 385 aa  260  2e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3395  recombination protein F  45.79 
 
 		 409 aa  259  4e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0003  recombination protein F  44.85 
 
 		 379 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0003  recombination protein F  45.17 
 
 		 378 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.552608  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4092  recombination protein F  43.83 
 
 		 374 aa  257  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4412  recombination protein F  44.5 
 
 		 374 aa  257  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.92335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0003  recombination protein F  44.47 
 
 		 379 aa  255  7e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2240  DNA replication and repair protein RecF  46.95 
 
 		 384 aa  253  3e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.123005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0003  recombination protein F  46.84 
 
 		 378 aa  251  1e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.322535  hitchhiker  0.000000874576 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0004  DNA replication and repair protein RecF  45.08 
 
 		 385 aa  249  4e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.350342  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3222  DNA replication and repair protein RecF  45.69 
 
 		 398 aa  249  8e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000505165 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0004  DNA replication and repair protein RecF  44.42 
 
 		 385 aa  248  9e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.615543  normal  0.382944 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0003  recombination protein F  45.12 
 
 		 379 aa  248  2e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0714428  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0003  DNA replication and repair protein RecF  44.5 
 
 		 384 aa  245  8e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.64703  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0003  recombination protein F  43.65 
 
 		 384 aa  245  9.999999999999999e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0003  recombination protein F  43.39 
 
 		 384 aa  243  6e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0080717  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0003  DNA replication and repair protein RecF  44.88 
 
 		 382 aa  242  7e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  0.393317 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0004  recombination protein F  43.92 
 
 		 378 aa  241  1e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.914523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0003  DNA replication and repair protein RecF  45.81 
 
 		 382 aa  241  2e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241044  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1277  recombination protein F  42.37 
 
 		 378 aa  239  5.999999999999999e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.19843e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0005  recombination protein F  41.8 
 
 		 387 aa  235  8e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0158  recombination protein F  44.18 
 
 		 392 aa  233  4.0000000000000004e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.43131  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0003  DNA replication and repair protein RecF  45.74 
 
 		 384 aa  232  9e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000323741  normal  0.930359 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0003  recombination protein F  41.05 
 
 		 375 aa  229  5e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0582  recombination protein F  47.44 
 
 		 379 aa  228  1e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.829059  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2800  recombination protein F  46.93 
 
 		 356 aa  228  1e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.127366 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0003  recombination protein F  42.32 
 
 		 357 aa  226  6e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0791811  normal  0.40226 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3146  DNA replication and repair protein RecF  41.62 
 
 		 403 aa  222  9e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.522741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3375  recombination protein F  40.82 
 
 		 361 aa  220  3e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2835  recombination protein F  41.82 
 
 		 358 aa  218  2e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0013  recombination protein F  43.51 
 
 		 363 aa  216  5e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1344  recombination protein F  42.97 
 
 		 368 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1707  recombination protein F  44.53 
 
 		 369 aa  213  3.9999999999999995e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.812314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0004  recombination protein F  43.09 
 
 		 363 aa  211  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000368793 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0003  recombination protein F  44.18 
 
 		 373 aa  202  6e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1153  recombination protein F  42.89 
 
 		 357 aa  197  4.0000000000000005e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.409843  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1286  recombination protein F  29.49 
 
 		 365 aa  184  3e-45  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0045  recombination protein F  28.16 
 
 		 372 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.498392  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0076  recombination protein F  26.94 
 
 		 372 aa  176  5e-43  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0199  putative DNA replication and repair protein RecF  28.61 
 
 		 349 aa  118  1.9999999999999998e-25  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00154503  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  22.65 
 
 		 376 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  22.37 
 
 		 369 aa  116  5e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  28.5 
 
 		 364 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  31.16 
 
 		 392 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  35.96 
 
 		 380 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  24.68 
 
 		 386 aa  110  4.0000000000000004e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  35.96 
 
 		 380 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  25.41 
 
 		 369 aa  110  6e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  35.96 
 
 		 380 aa  109  7.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  23.02 
 
 		 360 aa  109  9.000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.57 
 
 		 364 aa  109  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  22.22 
 
 		 372 aa  108  2e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  29.2 
 
 		 370 aa  105  9e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  31.31 
 
 		 398 aa  105  1e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  21.88 
 
 		 362 aa  104  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  27.15 
 
 		 370 aa  105  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  33.67 
 
 		 377 aa  102  9e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.07 
 
 		 363 aa  102  1e-20  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  20.83 
 
 		 361 aa  102  1e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  20.83 
 
 		 361 aa  102  1e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  34.82 
 
 		 386 aa  102  1e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  26.58 
 
 		 371 aa  101  2e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  24.55 
 
 		 374 aa  101  2e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  32.64 
 
 		 401 aa  101  2e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5508  DNA replication and repair protein RecF  26.21 
 
 		 368 aa  101  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.87 
 
 		 378 aa  100  5e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0003  recombination protein F  28.9 
 
 		 360 aa  100  5e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00706398  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0003  RecF protein  29.34 
 
 		 367 aa  100  5e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0312936  normal  0.12892 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0003  recombination protein F  28.73 
 
 		 360 aa  100  6e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0851424  hitchhiker  0.00000000117147 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  28.28 
 
 		 365 aa  99.8  7e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0398  recF protein  25.45 
 
 		 364 aa  99.8  7e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0003  recombination protein F  28.73 
 
 		 360 aa  99.8  7e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  hitchhiker  0.0042678 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  33.61 
 
 		 389 aa  99.8  7e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0003  recombination protein F  28.73 
 
 		 360 aa  99.8  7e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.133569  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  33.33 
 
 		 401 aa  99.4  8e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  25.29 
 
 		 365 aa  99.4  9e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0003  recombination protein F  28.73 
 
 		 360 aa  98.6  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0977543  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  32.38 
 
 		 402 aa  97.8  3e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0015  recombination protein F  28.93 
 
 		 360 aa  97.4  3e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00214178  hitchhiker  0.000779425 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1225  DNA replication and repair protein RecF  29.97 
 
 		 349 aa  97.4  3e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.193168  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  32.35 
 
 		 390 aa  97.1  5e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  17.71 
 
 		 362 aa  96.7  6e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000115018  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10003  recombination protein F  33.33 
 
 		 385 aa  96.3  7e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  25.97 
 
 		 374 aa  94.4  3e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.3 
 
 		 372 aa  94  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  27.09 
 
 		 371 aa  94  4e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.35 
 
 		 397 aa  93.6  5e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  24.64 
 
 		 359 aa  93.6  5e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  23.24 
 
 		 371 aa  93.2  7e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.9 
 
 		 346 aa  92.4  1e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.82 
 
 		 382 aa  92.4  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0004  recombination protein F  32.56 
 
 		 376 aa  91.7  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.366352  unclonable  0.0000000175389 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0003  recombination protein F  28.05 
 
 		 360 aa  91.7  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.029356  unclonable  0.0000000000200533 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0011  recombination protein F  28.05 
 
 		 360 aa  91.3  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00668622  hitchhiker  0.00000000141072 
 
 
-
 
NC_002620  TC0346  recombination protein F  25.72 
 
 		 365 aa  90.9  3e-17  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>