290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_0003 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_0003  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 		 346 aa  661    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  32.85 
 
 		 364 aa  155  7e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.36 
 
 		 364 aa  155  8e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  27.62 
 
 		 362 aa  155  1e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  31.29 
 
 		 365 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0003  recombination protein F  29.22 
 
 		 368 aa  140  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000843052  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  26.63 
 
 		 361 aa  140  3e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  26.63 
 
 		 361 aa  140  3e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  31.2 
 
 		 370 aa  139  4.999999999999999e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.98 
 
 		 358 aa  138  2e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0398  recF protein  31.53 
 
 		 364 aa  136  4e-31  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  28.12 
 
 		 364 aa  136  7.000000000000001e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  27.93 
 
 		 370 aa  135  7.000000000000001e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  27.93 
 
 		 370 aa  135  7.000000000000001e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09773  putative DNA replication and repair protein  27.95 
 
 		 359 aa  135  8e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.753312  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  23.77 
 
 		 376 aa  135  9e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.83 
 
 		 372 aa  133  3.9999999999999996e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  27.07 
 
 		 374 aa  133  5e-30  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.2 
 
 		 360 aa  132  6.999999999999999e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.33 
 
 		 374 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000920069  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0214  DNA replication and repair protein RecF  29.75 
 
 		 359 aa  130  3e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.613838  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.66 
 
 		 359 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0003  recombination protein F  34.04 
 
 		 361 aa  129  7.000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.2 
 
 		 382 aa  129  7.000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  28.42 
 
 		 371 aa  129  9.000000000000001e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.52 
 
 		 372 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.98 
 
 		 386 aa  127  2.0000000000000002e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0005  recombination protein F  28.4 
 
 		 367 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.43 
 
 		 372 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2998  DNA replication and repair protein RecF  30.64 
 
 		 357 aa  127  3e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0957887  normal  0.356139 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.96 
 
 		 370 aa  127  3e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.13 
 
 		 360 aa  126  5e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0698954  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  28.26 
 
 		 369 aa  126  6e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00030  recombination protein F  31.29 
 
 		 365 aa  126  7e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.53 
 
 		 367 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  32.6 
 
 		 365 aa  125  8.000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  27.15 
 
 		 375 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0003  recombination protein F  28.53 
 
 		 367 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.801088  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  30.72 
 
 		 371 aa  125  1e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  27.04 
 
 		 373 aa  125  1e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0003  recombination protein F  28.4 
 
 		 367 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113705  normal  0.121048 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  26.38 
 
 		 369 aa  124  2e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  26.22 
 
 		 375 aa  124  2e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  26.22 
 
 		 375 aa  124  2e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  26.22 
 
 		 375 aa  124  2e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0012  recombination protein F  28.1 
 
 		 367 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000250595 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0003  recombination protein F  29.79 
 
 		 367 aa  124  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  28.75 
 
 		 359 aa  124  3e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  30 
 
 		 374 aa  124  4e-27  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  25.95 
 
 		 375 aa  123  5e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  25.95 
 
 		 375 aa  123  5e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  25.95 
 
 		 375 aa  123  5e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5456  DNA replication and repair protein RecF  26.14 
 
 		 360 aa  123  5e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0003  recombination protein F  28 
 
 		 367 aa  123  5e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000153172  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  25.95 
 
 		 375 aa  123  5e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  27.54 
 
 		 375 aa  123  5e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  25.95 
 
 		 375 aa  123  6e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  25.95 
 
 		 375 aa  122  9e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.88 
 
 		 363 aa  122  9e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0003  recombination protein F  25.08 
 
 		 360 aa  122  9e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0188151  hitchhiker  0.0000523089 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.21 
 
 		 373 aa  121  9.999999999999999e-27  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  26.01 
 
 		 372 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.68 
 
 		 369 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0008  recombination protein F  26.67 
 
 		 360 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0621721  hitchhiker  0.00000000274736 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0003  recombination protein F  27.79 
 
 		 367 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.510695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  31.04 
 
 		 370 aa  121  1.9999999999999998e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0003  recombination protein F  25.89 
 
 		 360 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0384357  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00030  recF protein  29.14 
 
 		 378 aa  120  3e-26  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.172429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  30.77 
 
 		 377 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0003  DNA replication and repair protein RecF  28.4 
 
 		 357 aa  120  3.9999999999999996e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167718  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.93 
 
 		 365 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0010  recombination protein F  26.13 
 
 		 360 aa  119  6e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  29.21 
 
 		 401 aa  119  6e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0003  recombination protein F  26.05 
 
 		 365 aa  119  6e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00186248  hitchhiker  0.000000180359 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.81 
 
 		 397 aa  119  7e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1620  recombination protein F  30.2 
 
 		 358 aa  118  9.999999999999999e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.251361 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0003  recombination protein F  25.98 
 
 		 360 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.316978  hitchhiker  0.00705664 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00030  recombination protein F  28.48 
 
 		 369 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0011  recombination protein F  25.9 
 
 		 360 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00668622  hitchhiker  0.00000000141072 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0003  DNA replication and repair protein  28.4 
 
 		 357 aa  118  9.999999999999999e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0109066  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.76 
 
 		 363 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0003  recombination protein F  26.05 
 
 		 360 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00706398  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0003  RecF protein  27.84 
 
 		 364 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.056932  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0003  recombination protein F  25.9 
 
 		 360 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.029356  unclonable  0.0000000000200533 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.02 
 
 		 420 aa  117  3.9999999999999997e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000011529  hitchhiker  0.000000444236 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0003  RecF protein  29.09 
 
 		 367 aa  116  5e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0312936  normal  0.12892 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0003  recombination protein F  26.87 
 
 		 360 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0977543  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3716  DNA replication and repair protein RecF  26.75 
 
 		 359 aa  116  6.9999999999999995e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.362635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0003  recombination protein F  26.87 
 
 		 360 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0851424  hitchhiker  0.00000000117147 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00005  Recombinational DNA repair ATPase  24.84 
 
 		 338 aa  115  7.999999999999999e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000571812  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.03 
 
 		 398 aa  115  7.999999999999999e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  26.53 
 
 		 371 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0003  recombination protein F  26.87 
 
 		 360 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.133569  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0003  recombination protein F  26.87 
 
 		 360 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  hitchhiker  0.0042678 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.48 
 
 		 377 aa  114  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.39 
 
 		 363 aa  115  2.0000000000000002e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002007  DNA recombination and repair protein RecF  25.99 
 
 		 359 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0003677  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0003  recombination protein F  27.88 
 
 		 369 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  26.09 
 
 		 374 aa  114  2.0000000000000002e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00444  recombination protein F  26.23 
 
 		 357 aa  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>