232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1576 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 179 aa  347  5e-95  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  46.11 
 
 		 184 aa  140  9.999999999999999e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  45.51 
 
 		 184 aa  134  9e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  42.05 
 
 		 184 aa  127  7.000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  38.92 
 
 		 182 aa  123  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  41.95 
 
 		 179 aa  120  9e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  42.13 
 
 		 186 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  32.77 
 
 		 178 aa  108  5e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  39.89 
 
 		 183 aa  107  1e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0832  2'-5' RNA ligase  35.59 
 
 		 177 aa  105  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.658836  normal  0.059604 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  38.98 
 
 		 199 aa  104  6e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  36.31 
 
 		 178 aa  103  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  34.83 
 
 		 178 aa  103  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  37.85 
 
 		 195 aa  103  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  35.59 
 
 		 178 aa  102  2e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  38.76 
 
 		 184 aa  103  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  38.07 
 
 		 189 aa  101  5e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  34.27 
 
 		 178 aa  101  7e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  36.72 
 
 		 199 aa  100  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  35.52 
 
 		 194 aa  100  1e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  34.55 
 
 		 193 aa  99.8  2e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0084  hypothetical protein  38.42 
 
 		 196 aa  100  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.514694  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  36.47 
 
 		 179 aa  99.4  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0096  2'-5' RNA ligase  38.42 
 
 		 196 aa  99.8  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0081  2'-5' RNA ligase  38.42 
 
 		 196 aa  100  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.589946  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0283  2',5' RNA ligase  36.26 
 
 		 188 aa  99  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0277228 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  34.09 
 
 		 183 aa  98.6  4e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0172  2'-5' RNA ligase  31.03 
 
 		 182 aa  97.8  7e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  35.59 
 
 		 197 aa  97.8  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1388  2',5' RNA ligase  32.97 
 
 		 183 aa  96.7  1e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.482192  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  35.59 
 
 		 197 aa  97.1  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2529  2'-5' RNA ligase  35.68 
 
 		 190 aa  96.7  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0231  2'-5' RNA ligase  36.22 
 
 		 185 aa  95.1  4e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4176  2'-5' RNA ligase  36.72 
 
 		 195 aa  95.5  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0620865  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  37.08 
 
 		 193 aa  94.7  6e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0814  2',5' RNA ligase  36 
 
 		 204 aa  93.2  2e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429947  hitchhiker  0.00104301 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  34.46 
 
 		 181 aa  92.8  2e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0390  putative 2'-5' RNA ligase  32.77 
 
 		 179 aa  92.8  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117956  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  39.23 
 
 		 184 aa  90.5  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1825  2'-5' RNA ligase  35.68 
 
 		 187 aa  90.1  2e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  33.51 
 
 		 190 aa  90.1  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  29.32 
 
 		 193 aa  89.7  2e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4476  2'-5' RNA ligase  37.43 
 
 		 191 aa  90.1  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  31.07 
 
 		 177 aa  89  3e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  38.67 
 
 		 184 aa  88.6  4e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1775  2'-5' RNA ligase  36.31 
 
 		 179 aa  88.2  6e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  36.31 
 
 		 179 aa  86.3  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  35.12 
 
 		 182 aa  86.7  2e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  35.52 
 
 		 177 aa  86.3  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5472  2'-5' RNA ligase  35.48 
 
 		 180 aa  84.7  6e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  37.11 
 
 		 179 aa  84.3  8e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4995  2'-5' RNA ligase  31.07 
 
 		 178 aa  84.3  8e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2724  2'-5' RNA ligase  34.55 
 
 		 190 aa  83.6  0.000000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0408  2'-5' RNA ligase  34.46 
 
 		 176 aa  84  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.328982  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  26.78 
 
 		 189 aa  84  0.000000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  38.12 
 
 		 183 aa  83.6  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2364  hypothetical protein  36.11 
 
 		 207 aa  83.2  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.156809 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0369  2'-5' RNA ligase  34.81 
 
 		 187 aa  82.8  0.000000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.863227  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  35.39 
 
 		 188 aa  82  0.000000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4364  2'-5' RNA ligase  35 
 
 		 188 aa  81.3  0.000000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3995  2'-5' RNA ligase  35.56 
 
 		 188 aa  81.3  0.000000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0173651  normal  0.591095 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3960  2',5' RNA ligase  38.02 
 
 		 194 aa  80.1  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.250579  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1002  2'-5' RNA ligase  34.43 
 
 		 185 aa  80.5  0.00000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0973  2'-5' RNA ligase  31.49 
 
 		 194 aa  80.1  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15722  hitchhiker  0.0000262624 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4070  2'-5' RNA ligase  37.5 
 
 		 194 aa  79.7  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4103  2'-5' RNA ligase  38.02 
 
 		 194 aa  79.7  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  28.27 
 
 		 193 aa  79.7  0.00000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1078  2',5' RNA ligase  33.71 
 
 		 185 aa  79  0.00000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2011  2'-5' RNA ligase  26.14 
 
 		 194 aa  78.2  0.00000000000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  29.83 
 
 		 194 aa  78.2  0.00000000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0322  2'-5' RNA ligase  34.66 
 
 		 179 aa  77.8  0.00000000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  27.32 
 
 		 189 aa  76.3  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  28.42 
 
 		 187 aa  76.3  0.0000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0528  2',5' RNA ligase  32.58 
 
 		 178 aa  76.3  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2282  2'-5' RNA ligase  30.54 
 
 		 188 aa  75.5  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216572  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3055  2',5' RNA ligase  36.07 
 
 		 180 aa  75.9  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  32.58 
 
 		 183 aa  75.5  0.0000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3040  2'-5' RNA ligase  28.19 
 
 		 189 aa  75.1  0.0000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.308422 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0571  2'-5' RNA ligase  30.73 
 
 		 187 aa  74.7  0.0000000000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.223285  hitchhiker  0.00111432 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1580  2'-5' RNA ligase  29.78 
 
 		 181 aa  74.3  0.0000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  29.21 
 
 		 187 aa  74.3  0.0000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0012  2'-5' RNA ligase  30.46 
 
 		 179 aa  74.3  0.0000000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0833472 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1266  2'-5' RNA ligase  28.8 
 
 		 193 aa  73.2  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0332104  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1962  2'-5' RNA ligase  29.89 
 
 		 186 aa  72.4  0.000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000287299  normal  0.896193 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1484  2'-5' RNA ligase  21.79 
 
 		 173 aa  72.8  0.000000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1290  2'-5' RNA ligase  26.67 
 
 		 190 aa  72.4  0.000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.189928  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3716  2'-5' RNA ligase  32.12 
 
 		 200 aa  72  0.000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.784361  hitchhiker  0.00258994 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1636  2'-5' RNA ligase  31.38 
 
 		 195 aa  71.6  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1707  2'-5' RNA ligase  30.86 
 
 		 183 aa  71.6  0.000000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.553995  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1327  2'-5' RNA ligase  25.29 
 
 		 171 aa  71.6  0.000000000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.243857  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1781  2'-5' RNA ligase  27.93 
 
 		 180 aa  71.2  0.000000000007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2055  2'-5' RNA ligase  29.28 
 
 		 184 aa  71.2  0.000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.180735  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3539  2'-5' RNA ligase  31.96 
 
 		 201 aa  70.5  0.00000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.146255 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5153  2'-5' RNA ligase  36.3 
 
 		 192 aa  70.9  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.198908  normal  0.46298 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4845  2'-5' RNA ligase  29.19 
 
 		 181 aa  70.5  0.00000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2404  2'-5' RNA ligase  32.67 
 
 		 192 aa  70.5  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2754  2'-5' RNA ligase  28.89 
 
 		 184 aa  70.9  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1238  2'-5' RNA ligase  32.97 
 
 		 186 aa  70.5  0.00000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  41.82 
 
 		 190 aa  69.7  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1728  2'-5' RNA ligase  37.78 
 
 		 192 aa  69.7  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.747406  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>