More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3491 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3491  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 325 aa  659    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  46.67 
 
 		 298 aa  229  5e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  46.85 
 
 		 298 aa  228  7e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4581  LysR family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 298 aa  221  9e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2577  LysR family transcriptional regulator  45.8 
 
 		 315 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  44.6 
 
 		 296 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  44.98 
 
 		 298 aa  220  3e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2721  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 322 aa  219  7e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0997  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 315 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1988  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 302 aa  214  1.9999999999999998e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2989  transcriptional regulator, LysR family  44.07 
 
 		 299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0878749 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0127  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 		 295 aa  213  2.9999999999999995e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2728  transcriptional regulator, LysR family  41.84 
 
 		 299 aa  212  7.999999999999999e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0822  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 309 aa  211  1e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895804 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5772  LysR family transcriptional regulator  46.39 
 
 		 299 aa  211  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189164  normal  0.699702 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1637  transcriptional regulator, LysR family  44.95 
 
 		 298 aa  206  4e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0972264 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4697  LysR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 299 aa  206  5e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.990453 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4790  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 328 aa  206  5e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5492  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 300 aa  205  7e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.28545 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4175  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.825344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3145  transcriptional regulator LysR family  41.2 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.813565  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0649  LysR family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 301 aa  199  5e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.550389  normal  0.33789 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0921  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 300 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1459  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 313 aa  199  7.999999999999999e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.761246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3810  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.418833  hitchhiker  0.00695796 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0798  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.748427  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5666  LysR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 306 aa  193  4e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.381574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1512  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 307 aa  188  1e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.607249  normal  0.542943 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1748  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.056741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0511  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 293 aa  179  5.999999999999999e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02817  transcriptional regulator LysR family  40.07 
 
 		 304 aa  173  3.9999999999999995e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3213  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 294 aa  159  5e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.772963  normal  0.565798 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2937  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 318 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 301 aa  149  8e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 315 aa  149  8e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 315 aa  149  8e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0055  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000554839 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1979  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 318 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00673932 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 293 aa  147  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  32.06 
 
 		 294 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 295 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 315 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 295 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 291 aa  142  6e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 316 aa  142  7e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 301 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 297 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 322 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 332 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3357  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 295 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.485418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 290 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1363  LysR family transcriptional regulator  53.1 
 
 		 152 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1559  LysR family transcriptional regulator  53.1 
 
 		 152 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1763  HTH-type transcriptional regulator  31.25 
 
 		 300 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0412  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 319 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0555  transcriptional regulator LysR family  34.86 
 
 		 280 aa  135  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 295 aa  133  3e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  31.62 
 
 		 291 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 294 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 307 aa  133  5e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 291 aa  133  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  32.38 
 
 		 300 aa  132  6e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 313 aa  132  6e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 315 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 291 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 317 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  30.39 
 
 		 298 aa  130  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1608  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0270866 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2965  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 295 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 332 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 293 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3293  hypothetical protein  32.52 
 
 		 312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1348  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.283314  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3972  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 313 aa  127  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 313 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 313 aa  126  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  31.6 
 
 		 293 aa  126  4.0000000000000003e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 301 aa  126  5e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 305 aa  126  5e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1390  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 297 aa  126  6e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 293 aa  125  7e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  34.97 
 
 		 293 aa  125  9e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1498  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1449  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1665  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4928  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1335  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 290 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 288 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>