More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_2535 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_1811  phytoene dehydrogenase-related protein  87.58 
 
 		 502 aa  828    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000642179  normal  0.0141145 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2535  zeta-phytoene desaturase  100 
 
 		 491 aa  994    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00482984  unclonable  0.000000000435247 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2983  phytoene desaturase  62.17 
 
 		 495 aa  570  1e-161  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00166806  normal  0.0111696 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0609  zeta-phytoene desaturase  54.39 
 
 		 495 aa  498  1e-139  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.392694  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5031  phytoene desaturase  37.94 
 
 		 509 aa  322  7e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1598  phytoene desaturase  38.65 
 
 		 505 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0845  amine oxidase  41.31 
 
 		 492 aa  317  2e-85  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3156  phytoene desaturase  37.77 
 
 		 509 aa  313  4.999999999999999e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.205158  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3745  phytoene desaturase  35.76 
 
 		 512 aa  312  7.999999999999999e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3436  phytoene desaturase  35.96 
 
 		 512 aa  311  1e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3632  phytoene desaturase  35.76 
 
 		 512 aa  311  2e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.109765  normal  0.0371662 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2740  phytoene desaturase  37.37 
 
 		 518 aa  306  7e-82  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5197  phytoene desaturase  36.46 
 
 		 525 aa  301  1e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2586  zeta-phytoene desaturase  34.31 
 
 		 497 aa  299  7e-80  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2640  zeta-phytoene desaturase  34.31 
 
 		 497 aa  299  7e-80  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  34.36 
 
 		 492 aa  292  1e-77  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1289  FAD dependent oxidoreductase  37.15 
 
 		 516 aa  290  4e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.571457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2128  phytoene desaturase  33.13 
 
 		 504 aa  285  1.0000000000000001e-75  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.423753  decreased coverage  0.0000406201 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3760  FAD dependent oxidoreductase  36.96 
 
 		 524 aa  282  1e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569391 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3833  hydroxyneurosporene dehydrogenase  39.58 
 
 		 471 aa  282  1e-74  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0251377 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3637  phytoene desaturase  34.25 
 
 		 530 aa  280  6e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.197726  normal  0.0326307 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2742  phytoene desaturase  33.4 
 
 		 553 aa  278  1e-73  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3225  Zeta-phytoene desaturase  38.66 
 
 		 475 aa  278  1e-73  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.328594  hitchhiker  0.00724213 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4005  FAD dependent oxidoreductase  37 
 
 		 516 aa  278  2e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.665607  hitchhiker  0.00234507 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  33.54 
 
 		 511 aa  278  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  34.72 
 
 		 508 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3441  phytoene desaturase  34.41 
 
 		 530 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.826621  normal  0.0554878 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  32.85 
 
 		 511 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2546  phytoene desaturase  39.92 
 
 		 496 aa  273  4.0000000000000004e-72  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.343335  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2970  phytoene desaturase  34.16 
 
 		 493 aa  273  5.000000000000001e-72  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000576965 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3577  zeta-phytoene desaturase  34.29 
 
 		 504 aa  271  1e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  35.56 
 
 		 507 aa  271  2e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3750  phytoene desaturase  34.21 
 
 		 530 aa  271  2e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2045  phytoene desaturase  35.23 
 
 		 490 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.716362  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  31.95 
 
 		 511 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1046  phytoene dehydrogenase  29.07 
 
 		 494 aa  268  1e-70  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.586405  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2268  phytoene desaturase  33.74 
 
 		 497 aa  268  2e-70  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  33.13 
 
 		 511 aa  267  4e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0796  phytoene desaturase  36.4 
 
 		 475 aa  265  1e-69  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  35.04 
 
 		 508 aa  262  1e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0493  phytoene desaturase  32.92 
 
 		 507 aa  259  1e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.145536  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1387  amine oxidase  36.14 
 
 		 503 aa  258  1e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.600466  hitchhiker  0.00651843 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1712  phytoene desaturase  33.33 
 
 		 504 aa  258  1e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.678565  normal  0.384259 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2583  squalene synthase  29.06 
 
 		 502 aa  258  2e-67  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.063443  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2984  CrtD protein  38.02 
 
 		 503 aa  258  2e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5038  phytoene desaturase  33.05 
 
 		 529 aa  258  2e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1706  phytoene desaturase  36.64 
 
 		 519 aa  258  2e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2637  squalene synthase  29.06 
 
 		 502 aa  258  2e-67  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359925  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6441  hydroxyneurosporene and rhodopin dehydrogenase  35.68 
 
 		 509 aa  258  2e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  32.99 
 
 		 512 aa  258  2e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2048  phytoene desaturase  37.76 
 
 		 515 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.51701 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3248  phytoene dehydrogenase-related protein  37.94 
 
 		 495 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.242639  normal  0.13988 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1619  phytoene dehydrogenase-related protein  32.33 
 
 		 508 aa  254  3e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1108  phytoene desaturase  38.36 
 
 		 500 aa  253  7e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.556955  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3236  phytoene desaturase  33.55 
 
 		 508 aa  252  9.000000000000001e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.689878  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2211  phytoene desaturase  32.59 
 
 		 531 aa  252  1e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.931782  normal  0.130578 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3011  phytoene desaturase  33.33 
 
 		 508 aa  251  3e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.194152  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1897  phytoene desaturase  33.05 
 
 		 499 aa  250  3e-65  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.29228 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1614  phytoene dehydrogenase-related protein  37.27 
 
 		 520 aa  251  3e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5620  phytoene desaturase  31.87 
 
 		 497 aa  250  5e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.476172 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2953  phytoene desaturase  37.58 
 
 		 499 aa  248  1e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294845 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02162  phytoene dehydrogenase  30.1 
 
 		 537 aa  248  2e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5128  zeta-phytoene desaturase  36.29 
 
 		 506 aa  248  2e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.146602 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3475  zeta-phytoene desaturase  37.83 
 
 		 495 aa  248  2e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.419175  normal  0.0366285 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2704  phytoene desaturase  32.17 
 
 		 498 aa  247  4e-64  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2726  phytoene desaturase  37.09 
 
 		 499 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171136  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2029  phytoene desaturase  33.91 
 
 		 496 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  31.4 
 
 		 519 aa  244  3e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0943  phytoene dehydrogenase-related protein  35.29 
 
 		 495 aa  243  3.9999999999999997e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.988075 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3573  phytoene desaturase  33.13 
 
 		 509 aa  240  2.9999999999999997e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3075  putative phytoene desaturase  34.02 
 
 		 506 aa  240  4e-62  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.873802  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0116  phytoene dehydrogenase-related protein  32.12 
 
 		 491 aa  240  5e-62  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3693  phytoene desaturase  35.27 
 
 		 499 aa  239  8e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357896 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1360  phytoene desaturase  32.93 
 
 		 500 aa  238  2e-61  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.259348 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2848  phytoene desaturase  38.44 
 
 		 512 aa  237  3e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.984953  normal  0.88934 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1585  zeta-phytoene desaturase  34.27 
 
 		 492 aa  237  4e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1024  phytoene dehydrogenase-related protein  32.24 
 
 		 518 aa  237  4e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2822  phytoene desaturase  36 
 
 		 511 aa  236  9e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.429882  normal  0.241296 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5960  phytoene desaturase  32.34 
 
 		 490 aa  234  2.0000000000000002e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2502  phytoene desaturase  36.58 
 
 		 494 aa  233  6e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000691138  hitchhiker  0.00865975 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4929  zeta-phytoene desaturase  32.98 
 
 		 492 aa  232  9e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.258823  normal  0.799895 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3228  Zeta-phytoene desaturase  31.85 
 
 		 519 aa  231  2e-59  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.285222  normal  0.0185992 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1810  phytoene dehydrogenase family protein  27.27 
 
 		 499 aa  231  3e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.149228  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00915  CrtI1  29.74 
 
 		 488 aa  228  1e-58  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185647  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4439  phytoene dehydrogenase-related protein  33.19 
 
 		 492 aa  228  2e-58  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1392  FAD dependent oxidoreductase  37.01 
 
 		 495 aa  227  3e-58  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.243697  hitchhiker  0.000446309 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0057  phytoene dehydrogenase-related protein  29.71 
 
 		 488 aa  227  4e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2030  phytoene desaturase  29.81 
 
 		 501 aa  227  4e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2373  phytoene desaturase  30.81 
 
 		 519 aa  225  1e-57  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.145608  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2820  phytoene desaturase  31.3 
 
 		 498 aa  224  2e-57  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3827  phytoene desaturase  33.13 
 
 		 489 aa  224  3e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.47122  normal  0.0454978 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3134  amine oxidase  31.78 
 
 		 492 aa  224  3e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.954476  normal  0.604257 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0183  amine oxidase  34.27 
 
 		 523 aa  223  6e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1001  phytoene desaturase  31.12 
 
 		 527 aa  222  9.999999999999999e-57  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.917372  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3309  phytoene desaturase  33.88 
 
 		 494 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3508  phytoene dehydrogenase  29.88 
 
 		 524 aa  219  6e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.691648  normal  0.885719 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1847  phytoene dehydrogenase-related protein  31.84 
 
 		 503 aa  219  7e-56  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5124  zeta-phytoene desaturase  36.14 
 
 		 452 aa  218  2e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.229738  normal  0.0794369 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5075  amine oxidase  31.59 
 
 		 512 aa  216  9.999999999999999e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5454  phytoene dehydrogenase-related protein  31.45 
 
 		 512 aa  215  9.999999999999999e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>