More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2081 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
394 aa  793    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3303  extracellular ligand-binding receptor  72.01 
 
 
393 aa  562  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  69.25 
 
 
395 aa  553  1e-156  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1966  Extracellular ligand-binding receptor  66.92 
 
 
396 aa  545  1e-154  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0542442 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  67.96 
 
 
396 aa  544  1e-154  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  67.44 
 
 
396 aa  544  1e-153  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2165  extracellular ligand-binding receptor  67.01 
 
 
390 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3366  extracellular ligand-binding receptor  37.98 
 
 
397 aa  231  1e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.453868  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3767  Extracellular ligand-binding receptor  37.73 
 
 
397 aa  230  4e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.191669 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  35.64 
 
 
400 aa  223  4.9999999999999996e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  36.01 
 
 
399 aa  220  3e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4060  extracellular ligand-binding receptor  37.27 
 
 
400 aa  220  3e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  36.08 
 
 
404 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4053  extracellular ligand-binding receptor  35.41 
 
 
406 aa  216  4e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  34.43 
 
 
412 aa  215  9.999999999999999e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  35.32 
 
 
405 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.06 
 
 
405 aa  212  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  35.94 
 
 
394 aa  211  2e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1798  extracellular ligand-binding receptor  34.32 
 
 
402 aa  207  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.637603  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3194  Extracellular ligand-binding receptor  35.55 
 
 
415 aa  204  2e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03165  Extracellular ligand-binding receptor  33.71 
 
 
364 aa  198  2.0000000000000003e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0299  extracellular ligand-binding receptor  34.03 
 
 
403 aa  194  2e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102439  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1549  extracellular ligand-binding receptor  34.75 
 
 
392 aa  193  5e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.000137786  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2647  extracellular ligand-binding receptor  31.65 
 
 
397 aa  192  6e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.154433  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0291  extracellular ligand-binding receptor  34.6 
 
 
401 aa  192  8e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.512826 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2712  extracellular ligand-binding receptor  30.29 
 
 
405 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.620726  hitchhiker  0.00485368 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3577  extracellular ligand-binding receptor  32.01 
 
 
412 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3230  extracellular ligand-binding receptor  32.4 
 
 
400 aa  155  9e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.293864  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.51 
 
 
376 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0089  Extracellular ligand-binding receptor  28.98 
 
 
396 aa  144  4e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  29.27 
 
 
373 aa  142  8e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0070  extracellular ligand-binding receptor  28.98 
 
 
396 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
374 aa  140  3e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  30.71 
 
 
385 aa  140  6e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  31.65 
 
 
376 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0096  extracellular ligand-binding receptor  29.12 
 
 
416 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.809601 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 
383 aa  132  1.0000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  30.72 
 
 
386 aa  131  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0150  extracellular ligand-binding receptor  28.16 
 
 
417 aa  130  6e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  27.75 
 
 
379 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  26.85 
 
 
394 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  28.69 
 
 
379 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3260  hypothetical protein  28.57 
 
 
424 aa  127  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.128123  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  26.05 
 
 
394 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 
382 aa  126  6e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  26.83 
 
 
384 aa  126  6e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  26.7 
 
 
382 aa  126  6e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  29.23 
 
 
381 aa  125  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  30.61 
 
 
399 aa  124  3e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.66 
 
 
396 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  25.63 
 
 
411 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  27.64 
 
 
392 aa  119  7e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  25.32 
 
 
411 aa  119  7e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  28.7 
 
 
382 aa  119  7e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0893  extracellular ligand-binding receptor  28.33 
 
 
396 aa  119  9e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.71 
 
 
399 aa  119  9e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 
379 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  26.78 
 
 
402 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  25.69 
 
 
397 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  25.69 
 
 
397 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  29.06 
 
 
398 aa  117  5e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  26.07 
 
 
397 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.57 
 
 
378 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  25.06 
 
 
383 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  26.12 
 
 
397 aa  114  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  25.64 
 
 
404 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.07 
 
 
397 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25.64 
 
 
404 aa  114  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  28.78 
 
 
393 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 
376 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  29.05 
 
 
379 aa  113  7.000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 
382 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  28.35 
 
 
384 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  30.18 
 
 
399 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 
404 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  24.3 
 
 
389 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  26.35 
 
 
397 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  30.54 
 
 
397 aa  111  2.0000000000000002e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1682  extracellular ligand-binding receptor  26.25 
 
 
410 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000183641  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  25.29 
 
 
373 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3501  extracellular ligand-binding receptor  31.68 
 
 
448 aa  111  3e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  28.79 
 
 
378 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  28.16 
 
 
386 aa  110  4.0000000000000004e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1650  extracellular ligand-binding receptor  31.6 
 
 
393 aa  109  7.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  29.36 
 
 
397 aa  109  7.000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3686  extracellular ligand-binding receptor  31.62 
 
 
383 aa  109  8.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  26.46 
 
 
381 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.18 
 
 
399 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1137  Extracellular ligand-binding receptor  27.15 
 
 
393 aa  109  9.000000000000001e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0165472  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1848  extracellular ligand-binding receptor  31.14 
 
 
389 aa  109  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0671771  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  25.29 
 
 
390 aa  108  2e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0611  Extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 
371 aa  108  2e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  25.37 
 
 
395 aa  108  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3025  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
382 aa  108  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.4 
 
 
402 aa  107  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2179  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.42 
 
 
410 aa  107  5e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.138394  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  27.73 
 
 
379 aa  106  6e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  29.51 
 
 
406 aa  106  6e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0480  Extracellular ligand-binding receptor  26.25 
 
 
407 aa  106  6e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1770  Extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 
410 aa  106  6e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.718343  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>