More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4771 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4771  periplasmic binding protein  100 
 
 		 370 aa  751    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2669  putative ABC transporter, periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  43.2 
 
 		 389 aa  337  1.9999999999999998e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1538  putative ABC transporter periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  43.2 
 
 		 381 aa  337  1.9999999999999998e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.204367 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2751  periplasmic binding protein  43.2 
 
 		 389 aa  337  1.9999999999999998e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.369256  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7105  ABC Fe3+-hydroxamate transporter, periplasmic ligand binding protein  49.28 
 
 		 401 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.320123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0283  periplasmic binding protein  43.77 
 
 		 383 aa  311  1e-83  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.996344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4418  periplasmic binding protein  37.54 
 
 		 377 aa  268  1e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.468441 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2696  periplasmic binding protein  42.21 
 
 		 377 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.773462  normal  0.636131 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1221  ABC transporter substrate binding protein (iron)  35.59 
 
 		 406 aa  259  4e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3531  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  40.88 
 
 		 382 aa  256  5e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.826718  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3040  periplasmic binding protein  36.54 
 
 		 375 aa  249  8e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.174043  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1235  periplasmic binding protein  36.54 
 
 		 375 aa  248  1e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2249  periplasmic binding protein  34.18 
 
 		 378 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.254495 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1097  periplasmic binding protein  36.36 
 
 		 373 aa  241  2e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.508447  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0797  periplasmic binding protein  40.35 
 
 		 367 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0161104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3611  periplasmic binding protein  36.9 
 
 		 380 aa  237  3e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486041  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2027  periplasmic binding protein  33.15 
 
 		 378 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.683361  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3089  periplasmic binding protein  34.68 
 
 		 375 aa  233  5e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1015  periplasmic binding protein  35.55 
 
 		 371 aa  232  6e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.543354 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2758  periplasmic binding protein  35.9 
 
 		 373 aa  232  9e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.593995  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1240  periplasmic binding protein  37 
 
 		 372 aa  231  2e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2755  ABC transporter, substrate binding protein  35.23 
 
 		 375 aa  231  2e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0000138231  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3035  periplasmic binding protein  34.73 
 
 		 372 aa  229  7e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.938947  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1058  periplasmic binding protein  34.63 
 
 		 370 aa  228  2e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.530502  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2567  periplasmic binding protein  38.15 
 
 		 365 aa  226  4e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0204616  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0154  hypothetical protein  35.84 
 
 		 366 aa  226  6e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000656293 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0816  periplasmic binding protein  35.84 
 
 		 366 aa  226  6e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0919646  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0816  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.84 
 
 		 366 aa  226  6e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1100  ABC transporter, substrate binding protein  35.25 
 
 		 374 aa  224  2e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0595516  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3000  periplasmic binding protein  36.01 
 
 		 369 aa  222  7e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.796809  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2140  periplasmic binding protein  33.05 
 
 		 394 aa  222  7e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.07383  normal  0.925288 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1693  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  37.78 
 
 		 370 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1127  periplasmic binding protein  36 
 
 		 368 aa  219  5e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4077  periplasmic binding protein  33.71 
 
 		 383 aa  219  5e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1220  ABC transporter substrate binding protein (iron)  32.71 
 
 		 383 aa  219  6e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0484482  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4137  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  36.23 
 
 		 365 aa  214  9.999999999999999e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3900  periplasmic binding protein  32.05 
 
 		 386 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0573  ABC transporter, substrate binding protein  33.13 
 
 		 374 aa  206  6e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.470776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2194  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  33.91 
 
 		 377 aa  202  9e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.301282  normal  0.0100465 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3141  periplasmic binding protein  31.61 
 
 		 371 aa  202  9.999999999999999e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0467  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  27.65 
 
 		 384 aa  181  2e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2735  putative iron complex transport system substrate-binding protein  28.61 
 
 		 427 aa  176  7e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0180927  decreased coverage  0.0000609348 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1774  periplasmic binding protein  31.73 
 
 		 363 aa  154  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1702  periplasmic binding protein  29.51 
 
 		 364 aa  142  7e-33  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7622  ABC transporter substrate binding protein (iron)  28.12 
 
 		 429 aa  132  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0745  periplasmic binding protein  26.7 
 
 		 407 aa  129  7.000000000000001e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300436 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2617  periplasmic binding protein  26.83 
 
 		 380 aa  124  2e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2718  periplasmic binding protein  26.78 
 
 		 360 aa  124  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.410203  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1708  periplasmic binding protein  23.12 
 
 		 392 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2539  periplasmic binding protein  27.63 
 
 		 368 aa  117  3.9999999999999997e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  28.32 
 
 		 483 aa  112  9e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  29.48 
 
 		 478 aa  110  5e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1701  periplasmic binding protein  24.72 
 
 		 365 aa  108  1e-22  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1591  periplasmic binding protein  28.53 
 
 		 377 aa  102  1e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0970823  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1185  periplasmic binding protein  27.1 
 
 		 354 aa  101  2e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.306422  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1314  periplasmic binding protein  23.77 
 
 		 380 aa  100  3e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0394754 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1597  periplasmic binding protein  26.83 
 
 		 409 aa  96.3  8e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.465677  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0547  periplasmic binding protein  24.72 
 
 		 359 aa  92.4  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0972  periplasmic binding protein  24.65 
 
 		 429 aa  92.4  1e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1042  periplasmic binding protein  23.78 
 
 		 354 aa  92  2e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2720  periplasmic binding protein  25.81 
 
 		 363 aa  91.7  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000254593  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2635  iron chelate ABC transporter periplasmic iron/siderophore-binding protein  25.7 
 
 		 363 aa  90.9  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  3.97529e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0273  periplasmic binding protein  27.01 
 
 		 381 aa  90.5  4e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000312893  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2396  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  24.71 
 
 		 375 aa  90.1  6e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.507465 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1422  periplasmic binding protein  26.42 
 
 		 333 aa  86.3  9e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.158314 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1321  periplasmic binding protein  23.08 
 
 		 366 aa  85.5  0.000000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.77394  normal  0.0125945 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1132  periplasmic binding protein  26.11 
 
 		 378 aa  84.3  0.000000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0148173  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0388  periplasmic binding protein  28.2 
 
 		 396 aa  81.3  0.00000000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2734  periplasmic binding protein  28.92 
 
 		 363 aa  80.1  0.00000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.148787  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1645  periplasmic binding protein  23.94 
 
 		 354 aa  79  0.0000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.399451  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1218  periplasmic binding protein  26.77 
 
 		 358 aa  79  0.0000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0017043  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1195  periplasmic binding protein  25.73 
 
 		 374 aa  79  0.0000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0219  periplasmic binding protein  22.59 
 
 		 370 aa  78.6  0.0000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.293771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1316  periplasmic binding protein  24.44 
 
 		 390 aa  77.8  0.0000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.867732  normal  0.0135564 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0978  periplasmic binding protein  26.59 
 
 		 689 aa  77.4  0.0000000000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.194046 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0513  ABC transporter, solute-binding protein  23.35 
 
 		 365 aa  77  0.0000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  25.08 
 
 		 318 aa  76.6  0.0000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1151  hypothetical protein  23.46 
 
 		 333 aa  76.3  0.0000000000008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0286  periplasmic binding protein  25.86 
 
 		 338 aa  76.3  0.0000000000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.234357  normal  0.193996 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0025  FMN-binding domain protein  24.72 
 
 		 517 aa  75.5  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0251  periplasmic binding protein  24.5 
 
 		 369 aa  75.9  0.000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0216  periplasmic binding protein  28.07 
 
 		 393 aa  75.5  0.000000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.941778  normal  0.148136 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1286  ABC transporter, solute-binding protein  23.85 
 
 		 370 aa  74.7  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0059  periplasmic binding protein  27.78 
 
 		 688 aa  75.1  0.000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.932595  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  25.47 
 
 		 307 aa  73.9  0.000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1492  periplasmic binding protein  23.62 
 
 		 362 aa  73.9  0.000000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.104614  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1283  periplasmic binding protein  28.4 
 
 		 409 aa  73.2  0.000000000007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.907  normal  0.591849 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0428  periplasmic binding protein  23.75 
 
 		 375 aa  72.8  0.000000000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0409  periplasmic binding protein  22.48 
 
 		 375 aa  72.8  0.000000000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.14115  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0555  periplasmic binding protein  25.5 
 
 		 317 aa  72  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2098  periplasmic binding protein  22.29 
 
 		 402 aa  72  0.00000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  26.73 
 
 		 315 aa  71.6  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  26.71 
 
 		 337 aa  71.2  0.00000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  27.41 
 
 		 315 aa  71.6  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1047  Fe3+-hydroxamate binding protein  23.5 
 
 		 370 aa  70.9  0.00000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.271921  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5522  periplasmic binding protein  29.53 
 
 		 361 aa  70.9  0.00000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.979273  normal  0.0605852 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  25.79 
 
 		 341 aa  70.1  0.00000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0428  periplasmic binding protein  21.51 
 
 		 375 aa  69.7  0.00000000008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1499  periplasmic binding protein  27.81 
 
 		 382 aa  69.3  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0528  periplasmic binding protein  25.66 
 
 		 361 aa  69.3  0.0000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.147263  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>