250 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0816 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A0154  hypothetical protein  100 
 
 		 366 aa  750    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000656293 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0816  periplasmic binding protein  100 
 
 		 366 aa  750    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0919646  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0816  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  100 
 
 		 366 aa  750    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1015  periplasmic binding protein  60.62 
 
 		 371 aa  449  1e-125  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.543354 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1058  periplasmic binding protein  57.45 
 
 		 370 aa  438  9.999999999999999e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.530502  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3000  periplasmic binding protein  59.35 
 
 		 369 aa  423  1e-117  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.796809  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1127  periplasmic binding protein  58.69 
 
 		 368 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1538  putative ABC transporter periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  40.92 
 
 		 381 aa  306  3e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.204367 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2669  putative ABC transporter, periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  40.92 
 
 		 389 aa  306  4.0000000000000004e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2751  periplasmic binding protein  40.92 
 
 		 389 aa  306  4.0000000000000004e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.369256  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0283  periplasmic binding protein  40.58 
 
 		 383 aa  279  5e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.996344  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1097  periplasmic binding protein  33.43 
 
 		 373 aa  233  3e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.508447  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2696  periplasmic binding protein  37.5 
 
 		 377 aa  233  3e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.773462  normal  0.636131 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3089  periplasmic binding protein  33.71 
 
 		 375 aa  231  1e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1235  periplasmic binding protein  32.33 
 
 		 375 aa  231  2e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3040  periplasmic binding protein  32.05 
 
 		 375 aa  230  3e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.174043  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4771  periplasmic binding protein  35.65 
 
 		 370 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2758  periplasmic binding protein  32.85 
 
 		 373 aa  226  7e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.593995  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3531  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  34.72 
 
 		 382 aa  220  3e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.826718  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2567  periplasmic binding protein  39.07 
 
 		 365 aa  219  7.999999999999999e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0204616  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1221  ABC transporter substrate binding protein (iron)  31.82 
 
 		 406 aa  218  2e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1693  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  33.51 
 
 		 370 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1240  periplasmic binding protein  34.93 
 
 		 372 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3035  periplasmic binding protein  34.63 
 
 		 372 aa  215  9e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.938947  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4077  periplasmic binding protein  30.96 
 
 		 383 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0797  periplasmic binding protein  38.18 
 
 		 367 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0161104  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2027  periplasmic binding protein  32.12 
 
 		 378 aa  212  9e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.683361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4418  periplasmic binding protein  30.36 
 
 		 377 aa  211  2e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.468441 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3900  periplasmic binding protein  30.97 
 
 		 386 aa  209  4e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2249  periplasmic binding protein  31.56 
 
 		 378 aa  208  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.254495 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7105  ABC Fe3+-hydroxamate transporter, periplasmic ligand binding protein  36.31 
 
 		 401 aa  208  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.320123  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1100  ABC transporter, substrate binding protein  33.73 
 
 		 374 aa  206  4e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0595516  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3611  periplasmic binding protein  33.72 
 
 		 380 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486041  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2755  ABC transporter, substrate binding protein  33.43 
 
 		 375 aa  200  3.9999999999999996e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0000138231  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3141  periplasmic binding protein  30.58 
 
 		 371 aa  199  7.999999999999999e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0573  ABC transporter, substrate binding protein  31.29 
 
 		 374 aa  195  9e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.470776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2194  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  30.72 
 
 		 377 aa  193  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.301282  normal  0.0100465 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4137  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  33.04 
 
 		 365 aa  192  7e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2140  periplasmic binding protein  29.69 
 
 		 394 aa  189  5e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.07383  normal  0.925288 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1220  ABC transporter substrate binding protein (iron)  28.65 
 
 		 383 aa  174  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0484482  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0467  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  30.29 
 
 		 384 aa  160  5e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2735  putative iron complex transport system substrate-binding protein  28.12 
 
 		 427 aa  155  9e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0180927  decreased coverage  0.0000609348 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0745  periplasmic binding protein  28.16 
 
 		 407 aa  150  4e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300436 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1774  periplasmic binding protein  32.16 
 
 		 363 aa  147  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2718  periplasmic binding protein  27.47 
 
 		 360 aa  140  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.410203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7622  ABC transporter substrate binding protein (iron)  29.24 
 
 		 429 aa  135  8e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1702  periplasmic binding protein  28.84 
 
 		 364 aa  134  1.9999999999999998e-30  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1701  periplasmic binding protein  27.12 
 
 		 365 aa  127  3e-28  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2539  periplasmic binding protein  27.6 
 
 		 368 aa  122  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2720  periplasmic binding protein  26.91 
 
 		 363 aa  118  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000254593  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2635  iron chelate ABC transporter periplasmic iron/siderophore-binding protein  26.91 
 
 		 363 aa  118  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  3.97529e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1708  periplasmic binding protein  20.11 
 
 		 392 aa  93.6  5e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2847  periplasmic binding protein  26.83 
 
 		 354 aa  92.8  9e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1424  periplasmic binding protein  27.3 
 
 		 354 aa  92.4  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  25.79 
 
 		 478 aa  92.4  1e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  27.35 
 
 		 309 aa  89  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2617  periplasmic binding protein  22.9 
 
 		 380 aa  89.4  1e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1597  periplasmic binding protein  26.28 
 
 		 409 aa  87.4  3e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.465677  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0219  periplasmic binding protein  23.86 
 
 		 370 aa  85.1  0.000000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.293771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0426  periplasmic binding protein  25.14 
 
 		 375 aa  84.3  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  25.87 
 
 		 483 aa  84  0.000000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0029  periplasmic binding protein  26.59 
 
 		 361 aa  82  0.00000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0547  periplasmic binding protein  23.56 
 
 		 359 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2486  ferrichrome-binding periplasmic protein  23.16 
 
 		 370 aa  79.3  0.0000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1042  periplasmic binding protein  22.77 
 
 		 354 aa  79  0.0000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0890  ABC-transporter periplasmic-binding component  24.21 
 
 		 344 aa  78.6  0.0000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00338938  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1481  periplasmic binding protein  26.42 
 
 		 354 aa  78.2  0.0000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1591  periplasmic binding protein  26.16 
 
 		 377 aa  78.2  0.0000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0970823  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1870  iron(III) dicitrate-binding protein  25.48 
 
 		 403 aa  77.8  0.0000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.874813  normal  0.198975 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0972  periplasmic binding protein  23.63 
 
 		 429 aa  77.8  0.0000000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0273  periplasmic binding protein  25.51 
 
 		 381 aa  77.4  0.0000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000312893  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0427  periplasmic binding protein  23.56 
 
 		 373 aa  76.3  0.0000000000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0148  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  23.4 
 
 		 349 aa  76.3  0.0000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0440522  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1493  periplasmic binding protein  25 
 
 		 386 aa  75.5  0.000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.277986  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5706  periplasmic binding protein  24.21 
 
 		 351 aa  74.7  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2396  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  25.34 
 
 		 375 aa  74.7  0.000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.507465 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0500  ABC Fe3+-siderophore transporter, substrate binding subunit  19.88 
 
 		 362 aa  74.3  0.000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1823  periplasmic binding protein  27.53 
 
 		 366 aa  73.9  0.000000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.717749  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0409  periplasmic binding protein  23.56 
 
 		 375 aa  73.9  0.000000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.14115  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1492  periplasmic binding protein  24.72 
 
 		 362 aa  73.6  0.000000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.104614  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1314  periplasmic binding protein  24.66 
 
 		 380 aa  73.6  0.000000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0394754 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1218  periplasmic binding protein  24.57 
 
 		 358 aa  72.4  0.00000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0017043  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0410  periplasmic binding protein  22.99 
 
 		 373 aa  72  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.579049  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0496  periplasmic binding protein  23.7 
 
 		 372 aa  71.2  0.00000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.296202  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3389  periplasmic binding protein  24.31 
 
 		 350 aa  71.6  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.47835 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1047  Fe3+-hydroxamate binding protein  23.42 
 
 		 370 aa  71.2  0.00000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.271921  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1195  periplasmic binding protein  24.48 
 
 		 374 aa  70.9  0.00000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3315  periplasmic binding protein  24.31 
 
 		 350 aa  70.9  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000205912  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3324  periplasmic binding protein  24.31 
 
 		 350 aa  70.9  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1283  periplasmic binding protein  27.4 
 
 		 409 aa  70.5  0.00000000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.907  normal  0.591849 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2098  periplasmic binding protein  23.96 
 
 		 402 aa  70.9  0.00000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2147  periplasmic binding protein  25.35 
 
 		 387 aa  70.5  0.00000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.985671  normal  0.111935 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1185  periplasmic binding protein  22.79 
 
 		 354 aa  70.5  0.00000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.306422  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0513  ABC transporter, solute-binding protein  23.77 
 
 		 365 aa  69.7  0.00000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0428  periplasmic binding protein  23.33 
 
 		 375 aa  68.9  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0735  periplasmic binding protein  21.7 
 
 		 358 aa  68.6  0.0000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000243949  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1489  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  26.65 
 
 		 343 aa  68.6  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.236067  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1653  periplasmic binding protein  25.21 
 
 		 386 aa  68.2  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1204  periplasmic binding protein  26.65 
 
 		 352 aa  68.6  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.96916  hitchhiker  0.000051068 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3396  periplasmic binding protein  24.47 
 
 		 350 aa  67.4  0.0000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>