249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3900 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_4077  periplasmic binding protein  91.71 
 
 		 383 aa  736    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3900  periplasmic binding protein  100 
 
 		 386 aa  798    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1221  ABC transporter substrate binding protein (iron)  55.78 
 
 		 406 aa  423  1e-117  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3089  periplasmic binding protein  53.62 
 
 		 375 aa  415  9.999999999999999e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4418  periplasmic binding protein  52.46 
 
 		 377 aa  416  9.999999999999999e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.468441 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1235  periplasmic binding protein  43.58 
 
 		 375 aa  361  1e-98  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3040  periplasmic binding protein  43.58 
 
 		 375 aa  358  9.999999999999999e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.174043  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1097  periplasmic binding protein  43.05 
 
 		 373 aa  350  2e-95  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.508447  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2758  periplasmic binding protein  45.38 
 
 		 373 aa  348  7e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.593995  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2249  periplasmic binding protein  43.24 
 
 		 378 aa  328  8e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.254495 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2027  periplasmic binding protein  43.24 
 
 		 378 aa  324  1e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.683361  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1220  ABC transporter substrate binding protein (iron)  40.21 
 
 		 383 aa  308  1.0000000000000001e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0484482  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2696  periplasmic binding protein  37.53 
 
 		 377 aa  256  6e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.773462  normal  0.636131 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2751  periplasmic binding protein  34.22 
 
 		 389 aa  241  1e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.369256  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2669  putative ABC transporter, periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  34.22 
 
 		 389 aa  241  1e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1538  putative ABC transporter periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  34.22 
 
 		 381 aa  241  1e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.204367 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0283  periplasmic binding protein  34.47 
 
 		 383 aa  238  2e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.996344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1693  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  34.96 
 
 		 370 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1015  periplasmic binding protein  32.49 
 
 		 371 aa  216  4e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.543354 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3141  periplasmic binding protein  31.82 
 
 		 371 aa  216  4e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1058  periplasmic binding protein  33.24 
 
 		 370 aa  215  9e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.530502  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3611  periplasmic binding protein  31.3 
 
 		 380 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486041  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4771  periplasmic binding protein  32.05 
 
 		 370 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2194  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  32.47 
 
 		 377 aa  210  3e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.301282  normal  0.0100465 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7105  ABC Fe3+-hydroxamate transporter, periplasmic ligand binding protein  34.77 
 
 		 401 aa  210  3e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.320123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0154  hypothetical protein  30.97 
 
 		 366 aa  209  6e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000656293 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0816  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.97 
 
 		 366 aa  209  6e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0816  periplasmic binding protein  30.97 
 
 		 366 aa  209  6e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0919646  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1240  periplasmic binding protein  30.71 
 
 		 372 aa  206  8e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3035  periplasmic binding protein  29.89 
 
 		 372 aa  204  2e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.938947  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3000  periplasmic binding protein  32.45 
 
 		 369 aa  197  3e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.796809  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3531  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  33.16 
 
 		 382 aa  194  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.826718  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1127  periplasmic binding protein  31.52 
 
 		 368 aa  191  1e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1100  ABC transporter, substrate binding protein  28.8 
 
 		 374 aa  191  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0595516  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4137  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  31.53 
 
 		 365 aa  188  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2755  ABC transporter, substrate binding protein  28.26 
 
 		 375 aa  188  2e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0000138231  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0797  periplasmic binding protein  33.24 
 
 		 367 aa  187  2e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0161104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2735  putative iron complex transport system substrate-binding protein  30.09 
 
 		 427 aa  186  8e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0180927  decreased coverage  0.0000609348 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2567  periplasmic binding protein  30.81 
 
 		 365 aa  186  8e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0204616  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0573  ABC transporter, substrate binding protein  29.79 
 
 		 374 aa  185  1.0000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.470776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0467  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  24.94 
 
 		 384 aa  175  9.999999999999999e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2140  periplasmic binding protein  25.28 
 
 		 394 aa  167  4e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.07383  normal  0.925288 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2718  periplasmic binding protein  30.43 
 
 		 360 aa  158  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.410203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0745  periplasmic binding protein  26.32 
 
 		 407 aa  149  7e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300436 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1701  periplasmic binding protein  28.78 
 
 		 365 aa  147  3e-34  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7622  ABC transporter substrate binding protein (iron)  26.37 
 
 		 429 aa  130  5.0000000000000004e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1702  periplasmic binding protein  25.99 
 
 		 364 aa  129  8.000000000000001e-29  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2539  periplasmic binding protein  26.51 
 
 		 368 aa  127  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1708  periplasmic binding protein  22.97 
 
 		 392 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1774  periplasmic binding protein  25.98 
 
 		 363 aa  114  3e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2720  periplasmic binding protein  23.9 
 
 		 363 aa  108  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000254593  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2635  iron chelate ABC transporter periplasmic iron/siderophore-binding protein  23.9 
 
 		 363 aa  108  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  3.97529e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  25.89 
 
 		 478 aa  95.9  1e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1314  periplasmic binding protein  24.87 
 
 		 380 aa  92.8  9e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0394754 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0025  FMN-binding domain protein  23.85 
 
 		 517 aa  92.4  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  25.72 
 
 		 483 aa  92.8  1e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1591  periplasmic binding protein  22.97 
 
 		 377 aa  87.4  4e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0970823  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1321  periplasmic binding protein  26.14 
 
 		 366 aa  87  5e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.77394  normal  0.0125945 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2098  periplasmic binding protein  26.04 
 
 		 402 aa  82.4  0.00000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1195  periplasmic binding protein  28.67 
 
 		 374 aa  82  0.00000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2396  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  23.18 
 
 		 375 aa  80.9  0.00000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.507465 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0435  periplasmic binding protein  23.37 
 
 		 362 aa  80.9  0.00000000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  hitchhiker  0.0000278634  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0547  periplasmic binding protein  23.39 
 
 		 359 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1218  periplasmic binding protein  26.92 
 
 		 358 aa  80.1  0.00000000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0017043  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2617  periplasmic binding protein  20.59 
 
 		 380 aa  77.4  0.0000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1042  periplasmic binding protein  23.32 
 
 		 354 aa  76.6  0.0000000000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1597  periplasmic binding protein  24.71 
 
 		 409 aa  73.9  0.000000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.465677  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0343  periplasmic binding protein  26.76 
 
 		 373 aa  70.5  0.00000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2734  periplasmic binding protein  27.25 
 
 		 363 aa  70.5  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.148787  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0273  periplasmic binding protein  24.79 
 
 		 381 aa  70.5  0.00000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000312893  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0513  ABC transporter, solute-binding protein  22.55 
 
 		 365 aa  68.9  0.0000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1132  periplasmic binding protein  27.24 
 
 		 378 aa  68.6  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0148173  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0528  periplasmic binding protein  23.68 
 
 		 361 aa  68.2  0.0000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.147263  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0278  periplasmic binding family protein  27.06 
 
 		 331 aa  68.9  0.0000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.429982  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0444  periplasmic binding protein  24.21 
 
 		 356 aa  67.8  0.0000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0411  periplasmic binding protein  28.08 
 
 		 374 aa  67.8  0.0000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1185  periplasmic binding protein  22.48 
 
 		 354 aa  67.4  0.0000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.306422  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0059  periplasmic binding protein  25.14 
 
 		 688 aa  67  0.0000000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.932595  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1422  periplasmic binding protein  23.59 
 
 		 333 aa  66.6  0.0000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.158314 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1494  periplasmic binding protein  25.8 
 
 		 374 aa  65.5  0.000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  decreased coverage  0.00826016  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1286  ABC transporter, solute-binding protein  21.79 
 
 		 370 aa  64.7  0.000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1316  periplasmic binding protein  23.06 
 
 		 390 aa  64.7  0.000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.867732  normal  0.0135564 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0978  periplasmic binding protein  25.62 
 
 		 689 aa  64.7  0.000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.194046 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1985  periplasmic binding protein  26.27 
 
 		 352 aa  63.9  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0024  periplasmic binding protein  23.22 
 
 		 360 aa  63.9  0.000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0424  periplasmic binding protein  25.7 
 
 		 373 aa  63.5  0.000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.212243  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1645  periplasmic binding protein  22.34 
 
 		 354 aa  63.5  0.000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.399451  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0428  periplasmic binding protein  22.28 
 
 		 375 aa  63.5  0.000000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  26.67 
 
 		 307 aa  63.2  0.000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3842  periplasmic binding protein  25.8 
 
 		 349 aa  63.2  0.000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294669  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0247  periplasmic binding protein  25.94 
 
 		 345 aa  62.8  0.000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.779854  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  24.81 
 
 		 379 aa  61.6  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1283  periplasmic binding protein  24.2 
 
 		 409 aa  61.6  0.00000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.907  normal  0.591849 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4151  periplasmic binding protein  25.8 
 
 		 349 aa  61.6  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00557597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0029  periplasmic binding protein  23.24 
 
 		 361 aa  61.6  0.00000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2480  periplasmic binding protein  27.14 
 
 		 350 aa  61.6  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.388226 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1653  periplasmic binding protein  25.82 
 
 		 386 aa  61.2  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5751  periplasmic binding protein  25.85 
 
 		 313 aa  61.6  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48327  hitchhiker  0.000000000101276 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1093  V-type ATPase, 116 kDa subunit  24.82 
 
 		 376 aa  61.2  0.00000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1690  periplasmic binding protein  22.83 
 
 		 366 aa  60.5  0.00000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00951352  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>