258 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1220 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1220  ABC transporter substrate binding protein (iron)  100 
 
 		 383 aa  788    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0484482  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4418  periplasmic binding protein  52.05 
 
 		 377 aa  386  1e-106  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.468441 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1221  ABC transporter substrate binding protein (iron)  50 
 
 		 406 aa  368  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1235  periplasmic binding protein  48.25 
 
 		 375 aa  359  4e-98  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3040  periplasmic binding protein  48.5 
 
 		 375 aa  358  9e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.174043  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3089  periplasmic binding protein  48.14 
 
 		 375 aa  352  4e-96  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1097  periplasmic binding protein  48.03 
 
 		 373 aa  349  4e-95  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.508447  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2027  periplasmic binding protein  49.04 
 
 		 378 aa  349  4e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.683361  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2249  periplasmic binding protein  48.49 
 
 		 378 aa  347  2e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.254495 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2758  periplasmic binding protein  47.75 
 
 		 373 aa  345  5e-94  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.593995  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3900  periplasmic binding protein  40.21 
 
 		 386 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4077  periplasmic binding protein  39.78 
 
 		 383 aa  299  5e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2669  putative ABC transporter, periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  37.29 
 
 		 389 aa  254  1.0000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1538  putative ABC transporter periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  37.29 
 
 		 381 aa  254  1.0000000000000001e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.204367 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2751  periplasmic binding protein  37.29 
 
 		 389 aa  254  1.0000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.369256  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2696  periplasmic binding protein  37.8 
 
 		 377 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.773462  normal  0.636131 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0283  periplasmic binding protein  37.11 
 
 		 383 aa  238  2e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.996344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3531  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  34.48 
 
 		 382 aa  227  3e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.826718  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7105  ABC Fe3+-hydroxamate transporter, periplasmic ligand binding protein  37.06 
 
 		 401 aa  219  5e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.320123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4771  periplasmic binding protein  32.71 
 
 		 370 aa  219  7e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3141  periplasmic binding protein  29.08 
 
 		 371 aa  215  9.999999999999999e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1693  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  36.61 
 
 		 370 aa  212  9e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0467  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  31.38 
 
 		 384 aa  211  2e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2735  putative iron complex transport system substrate-binding protein  34.97 
 
 		 427 aa  211  2e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0180927  decreased coverage  0.0000609348 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3611  periplasmic binding protein  33.99 
 
 		 380 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486041  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2140  periplasmic binding protein  31.34 
 
 		 394 aa  203  3e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.07383  normal  0.925288 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2567  periplasmic binding protein  36.16 
 
 		 365 aa  202  9e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0204616  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1015  periplasmic binding protein  31.77 
 
 		 371 aa  202  9.999999999999999e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.543354 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1058  periplasmic binding protein  31.37 
 
 		 370 aa  199  5e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.530502  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1240  periplasmic binding protein  30.34 
 
 		 372 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3035  periplasmic binding protein  29.78 
 
 		 372 aa  196  7e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.938947  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0797  periplasmic binding protein  35.98 
 
 		 367 aa  188  1e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0161104  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1127  periplasmic binding protein  31.91 
 
 		 368 aa  188  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3000  periplasmic binding protein  30.5 
 
 		 369 aa  186  7e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.796809  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1100  ABC transporter, substrate binding protein  29.17 
 
 		 374 aa  181  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0595516  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0573  ABC transporter, substrate binding protein  30.36 
 
 		 374 aa  181  2e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.470776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2755  ABC transporter, substrate binding protein  28.36 
 
 		 375 aa  177  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0000138231  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0816  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.1 
 
 		 366 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0154  hypothetical protein  29.1 
 
 		 366 aa  171  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000656293 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0816  periplasmic binding protein  29.1 
 
 		 366 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0919646  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2194  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  29.14 
 
 		 377 aa  169  6e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.301282  normal  0.0100465 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4137  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  31.44 
 
 		 365 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2718  periplasmic binding protein  29.4 
 
 		 360 aa  163  5.0000000000000005e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.410203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0745  periplasmic binding protein  31.22 
 
 		 407 aa  162  9e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300436 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1702  periplasmic binding protein  31.01 
 
 		 364 aa  159  1e-37  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2539  periplasmic binding protein  30.54 
 
 		 368 aa  150  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7622  ABC transporter substrate binding protein (iron)  28.77 
 
 		 429 aa  150  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1701  periplasmic binding protein  29.74 
 
 		 365 aa  141  1.9999999999999998e-32  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1708  periplasmic binding protein  25.71 
 
 		 392 aa  140  4.999999999999999e-32  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1774  periplasmic binding protein  29.82 
 
 		 363 aa  137  3.0000000000000003e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0025  FMN-binding domain protein  27.79 
 
 		 517 aa  125  1e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1314  periplasmic binding protein  30.97 
 
 		 380 aa  116  5e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0394754 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2635  iron chelate ABC transporter periplasmic iron/siderophore-binding protein  25.14 
 
 		 363 aa  116  5e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  3.97529e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2720  periplasmic binding protein  24.86 
 
 		 363 aa  116  6e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000254593  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1321  periplasmic binding protein  27.62 
 
 		 366 aa  114  3e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.77394  normal  0.0125945 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1591  periplasmic binding protein  28.37 
 
 		 377 aa  109  7.000000000000001e-23  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0970823  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0528  periplasmic binding protein  28.74 
 
 		 361 aa  103  6e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.147263  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1645  periplasmic binding protein  26.89 
 
 		 354 aa  97.1  5e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.399451  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1597  periplasmic binding protein  25.44 
 
 		 409 aa  97.1  5e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.465677  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0972  periplasmic binding protein  26.14 
 
 		 429 aa  92.8  9e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  27.41 
 
 		 483 aa  92.8  9e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0444  periplasmic binding protein  26.67 
 
 		 356 aa  91.3  2e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  27.32 
 
 		 478 aa  90.9  4e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2098  periplasmic binding protein  26.1 
 
 		 402 aa  89.7  8e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0024  periplasmic binding protein  26.12 
 
 		 360 aa  87.4  3e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0435  periplasmic binding protein  27.54 
 
 		 362 aa  87.4  4e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  hitchhiker  0.0000278634  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0836  periplasmic binding protein  26.24 
 
 		 397 aa  85.5  0.000000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00603144  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1593  periplasmic binding protein  25.67 
 
 		 372 aa  85.1  0.000000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0653353  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1673  ferrichrome-binding periplasmic protein  26.65 
 
 		 353 aa  84  0.000000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.723004  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0286  periplasmic binding protein  24.29 
 
 		 338 aa  83.6  0.000000000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.234357  normal  0.193996 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1218  periplasmic binding protein  25.37 
 
 		 358 aa  83.2  0.000000000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0017043  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2617  periplasmic binding protein  23.32 
 
 		 380 aa  82  0.00000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1042  periplasmic binding protein  27.53 
 
 		 354 aa  82.4  0.00000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1185  periplasmic binding protein  26.12 
 
 		 354 aa  82.8  0.00000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.306422  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1151  hypothetical protein  27.06 
 
 		 333 aa  82.4  0.00000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0547  periplasmic binding protein  23.84 
 
 		 359 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2396  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  23.23 
 
 		 375 aa  82  0.00000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.507465 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0890  ABC-transporter periplasmic-binding component  24.73 
 
 		 344 aa  76.6  0.0000000000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00338938  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2734  periplasmic binding protein  25.97 
 
 		 363 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.148787  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1422  periplasmic binding protein  23.08 
 
 		 333 aa  75.5  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.158314 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0500  ABC Fe3+-siderophore transporter, substrate binding subunit  21.9 
 
 		 362 aa  75.5  0.000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3702  periplasmic binding protein  27.37 
 
 		 348 aa  75.9  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1316  periplasmic binding protein  25.06 
 
 		 390 aa  75.5  0.000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.867732  normal  0.0135564 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1481  periplasmic binding protein  23.83 
 
 		 354 aa  75.1  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0248  periplasmic binding protein  24.93 
 
 		 375 aa  74.3  0.000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0774691  normal  0.65467 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1559  iron chelatin ABC transporter, substrate binding protein  25.71 
 
 		 337 aa  73.6  0.000000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.307142  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2097  periplasmic binding protein  26.71 
 
 		 376 aa  72.4  0.00000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.328694  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0513  ABC transporter, solute-binding protein  20.45 
 
 		 365 aa  71.6  0.00000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1286  ABC transporter, solute-binding protein  21.94 
 
 		 370 aa  71.6  0.00000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2263  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  24.02 
 
 		 360 aa  71.6  0.00000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.128024  normal  0.494414 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3396  periplasmic binding protein  24.61 
 
 		 350 aa  71.2  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2847  periplasmic binding protein  23.58 
 
 		 354 aa  71.6  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0227  periplasmic binding protein  30.42 
 
 		 682 aa  72  0.00000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0299459  normal  0.536447 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0377  periplasmic binding protein  30.42 
 
 		 682 aa  71.2  0.00000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.786135  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3395  periplasmic binding protein  23.87 
 
 		 350 aa  71.2  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.182926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1690  periplasmic binding protein  22.28 
 
 		 366 aa  70.1  0.00000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00951352  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0426  periplasmic binding protein  23.16 
 
 		 375 aa  69.7  0.00000000009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3324  periplasmic binding protein  23.87 
 
 		 350 aa  69.7  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3315  periplasmic binding protein  23.87 
 
 		 350 aa  69.7  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000205912  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  26.55 
 
 		 293 aa  69.7  0.00000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>