117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1774 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1774  periplasmic binding protein  100 
 
 		 363 aa  708    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3611  periplasmic binding protein  40 
 
 		 380 aa  215  9e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486041  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2567  periplasmic binding protein  38.18 
 
 		 365 aa  206  4e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0204616  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1538  putative ABC transporter periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  34.56 
 
 		 381 aa  201  9.999999999999999e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.204367 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2669  putative ABC transporter, periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  34.56 
 
 		 389 aa  201  1.9999999999999998e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2751  periplasmic binding protein  34.56 
 
 		 389 aa  201  1.9999999999999998e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.369256  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2696  periplasmic binding protein  33.7 
 
 		 377 aa  189  5e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.773462  normal  0.636131 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4137  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  31.03 
 
 		 365 aa  171  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4771  periplasmic binding protein  31.73 
 
 		 370 aa  167  4e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1058  periplasmic binding protein  29.41 
 
 		 370 aa  160  3e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.530502  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0816  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.57 
 
 		 366 aa  157  3e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0154  hypothetical protein  32.57 
 
 		 366 aa  157  3e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000656293 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0816  periplasmic binding protein  32.57 
 
 		 366 aa  157  3e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0919646  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0283  periplasmic binding protein  32.29 
 
 		 383 aa  157  3e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.996344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2194  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  29.79 
 
 		 377 aa  153  4e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.301282  normal  0.0100465 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3089  periplasmic binding protein  29.97 
 
 		 375 aa  152  8e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1015  periplasmic binding protein  28.45 
 
 		 371 aa  152  8.999999999999999e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.543354 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3040  periplasmic binding protein  27.13 
 
 		 375 aa  152  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.174043  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3000  periplasmic binding protein  31.06 
 
 		 369 aa  151  2e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.796809  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0797  periplasmic binding protein  34.77 
 
 		 367 aa  150  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0161104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1235  periplasmic binding protein  27.13 
 
 		 375 aa  150  3e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7105  ABC Fe3+-hydroxamate transporter, periplasmic ligand binding protein  32.68 
 
 		 401 aa  149  7e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.320123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3531  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  29.49 
 
 		 382 aa  147  3e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.826718  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1097  periplasmic binding protein  26.7 
 
 		 373 aa  146  6e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.508447  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1221  ABC transporter substrate binding protein (iron)  27.81 
 
 		 406 aa  146  7.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4418  periplasmic binding protein  26.98 
 
 		 377 aa  145  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.468441 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1220  ABC transporter substrate binding protein (iron)  29.82 
 
 		 383 aa  143  4e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0484482  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2758  periplasmic binding protein  25.75 
 
 		 373 aa  140  4.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.593995  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2249  periplasmic binding protein  28.17 
 
 		 378 aa  139  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.254495 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2140  periplasmic binding protein  28.45 
 
 		 394 aa  138  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.07383  normal  0.925288 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1693  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  29.73 
 
 		 370 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1240  periplasmic binding protein  26.89 
 
 		 372 aa  136  5e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2027  periplasmic binding protein  27.32 
 
 		 378 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.683361  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0467  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  24.64 
 
 		 384 aa  134  3e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3141  periplasmic binding protein  28.57 
 
 		 371 aa  134  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2755  ABC transporter, substrate binding protein  27.62 
 
 		 375 aa  133  5e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0000138231  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1100  ABC transporter, substrate binding protein  26.3 
 
 		 374 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0595516  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0573  ABC transporter, substrate binding protein  26.01 
 
 		 374 aa  129  8.000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.470776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3035  periplasmic binding protein  27.62 
 
 		 372 aa  127  3e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.938947  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1127  periplasmic binding protein  26.46 
 
 		 368 aa  126  5e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4077  periplasmic binding protein  25.6 
 
 		 383 aa  125  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3900  periplasmic binding protein  25.98 
 
 		 386 aa  122  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2735  putative iron complex transport system substrate-binding protein  22.4 
 
 		 427 aa  106  8e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0180927  decreased coverage  0.0000609348 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2718  periplasmic binding protein  23.5 
 
 		 360 aa  94.4  3e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.410203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7622  ABC transporter substrate binding protein (iron)  24.93 
 
 		 429 aa  92.8  9e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1702  periplasmic binding protein  23.58 
 
 		 364 aa  89.4  9e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0745  periplasmic binding protein  22.62 
 
 		 407 aa  88.2  2e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300436 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1701  periplasmic binding protein  22.83 
 
 		 365 aa  83.6  0.000000000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1314  periplasmic binding protein  23.99 
 
 		 380 aa  77.4  0.0000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0394754 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2539  periplasmic binding protein  22.52 
 
 		 368 aa  76.3  0.0000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1708  periplasmic binding protein  18.57 
 
 		 392 aa  75.5  0.000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0972  periplasmic binding protein  23.43 
 
 		 429 aa  72.8  0.00000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2720  periplasmic binding protein  21.53 
 
 		 363 aa  68.9  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000254593  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2635  iron chelate ABC transporter periplasmic iron/siderophore-binding protein  21.53 
 
 		 363 aa  68.6  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  3.97529e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2617  periplasmic binding protein  23.26 
 
 		 380 aa  68.2  0.0000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0547  periplasmic binding protein  25.86 
 
 		 359 aa  65.5  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1675  hypothetical protein  27.6 
 
 		 368 aa  62.8  0.000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1321  periplasmic binding protein  24.8 
 
 		 366 aa  62.8  0.00000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.77394  normal  0.0125945 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  24.64 
 
 		 483 aa  62  0.00000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  22.86 
 
 		 478 aa  62.4  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3530  periplasmic binding protein  27.24 
 
 		 332 aa  60.1  0.00000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.374472  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2734  periplasmic binding protein  29.17 
 
 		 363 aa  59.3  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.148787  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0148  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  26.22 
 
 		 349 aa  57.4  0.0000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0440522  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0890  ABC-transporter periplasmic-binding component  22.41 
 
 		 344 aa  56.6  0.0000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00338938  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  30.19 
 
 		 300 aa  54.7  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2396  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  22.02 
 
 		 375 aa  55.1  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.507465 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  23.98 
 
 		 331 aa  55.5  0.000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1499  periplasmic binding protein  28.21 
 
 		 382 aa  55.1  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1747  periplasmic binding protein  24.51 
 
 		 334 aa  54.7  0.000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0033  periplasmic binding protein  27.13 
 
 		 351 aa  53.9  0.000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1597  periplasmic binding protein  23.99 
 
 		 409 aa  53.5  0.000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.465677  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4565  periplasmic binding protein  27.31 
 
 		 342 aa  53.5  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2195  periplasmic binding protein  30 
 
 		 294 aa  52.8  0.000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0123698  normal  0.456206 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0426  periplasmic binding protein  23.91 
 
 		 375 aa  52.8  0.000009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1218  periplasmic binding protein  23.85 
 
 		 358 aa  52.8  0.00001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0017043  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3204  periplasmic binding protein  24.61 
 
 		 333 aa  51.6  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0444  periplasmic binding protein  22.13 
 
 		 356 aa  50.8  0.00004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1185  periplasmic binding protein  24.1 
 
 		 354 aa  50.8  0.00004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.306422  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1213  periplasmic binding protein  29.88 
 
 		 319 aa  50.8  0.00004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  24.18 
 
 		 335 aa  50.4  0.00004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0219  periplasmic binding protein  23.74 
 
 		 370 aa  50.4  0.00005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.293771  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1195  periplasmic binding protein  22.91 
 
 		 374 aa  50.1  0.00006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1354  periplasmic binding protein  27.09 
 
 		 371 aa  49.7  0.00008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2551  periplasmic binding protein  28.81 
 
 		 361 aa  49.7  0.00008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.391022  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1042  periplasmic binding protein  24.29 
 
 		 354 aa  48.9  0.0001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2309  periplasmic binding protein  24.78 
 
 		 358 aa  48.9  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.66047  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30870  periplasmic solute binding protein of iron siderophore transporter  31.1 
 
 		 349 aa  48.1  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.359995  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  25.69 
 
 		 356 aa  47.8  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1612  iron chelatin ABC transporter, substrate binding protein  28.21 
 
 		 344 aa  47.8  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2074  periplasmic binding protein  25.68 
 
 		 340 aa  47.4  0.0004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  24.05 
 
 		 341 aa  47  0.0005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1093  V-type ATPase, 116 kDa subunit  21.83 
 
 		 376 aa  46.2  0.0008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1492  periplasmic binding protein  22.32 
 
 		 362 aa  46.2  0.0008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.104614  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  24.71 
 
 		 338 aa  46.2  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  24.71 
 
 		 338 aa  46.2  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  27.97 
 
 		 300 aa  45.8  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3702  periplasmic binding protein  24.4 
 
 		 348 aa  45.8  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1481  periplasmic binding protein  21.43 
 
 		 354 aa  45.4  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  27.04 
 
 		 299 aa  45.1  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  25.57 
 
 		 296 aa  45.1  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>